FHIR 环境设置指南

我很清楚对于那些完全不熟悉 VS Code、Git、Docker、FHIR 和其他工具的人来说，设置环境时会遇到一些困难。 所以我决定写这篇文章，详细介绍整个设置过程，以便大家能够轻松上手。

如果您能在本文最后留下评论，告诉我说明是否清楚，是否有遗漏，或者是否有其他您觉得有用的东西，我将不胜感激。

设置包括：

✅ VS Code – 代码编辑器
✅ Git – 版本控制系统
✅ Docker – 运行 IRIS for Health Community 的实例
✅ VS Code REST 客户端扩展程序 – 用于运行 FHIR API 查询
✅ Python – 用于编写基于 FHIR 的脚本
✅ Jupyter Notebook – 用于 AI 和 FHIR 任务

准备工作：确保您在系统上拥有管理员权限。

除了阅读本指南，您还可以按照视频中的步骤操作：

如果您是 Windows 系统（请注意：原文是YouTube视频，请跳转至EN原帖查看）

https://www.youtube.com/embed/IyvuHbxCwCY
[这是一个嵌入式链接，但由于您拒绝了访问嵌入式内容所需的 Cookie，您无法直接在网站上进行查看。要查看嵌入式内容，您需要在 Cookie 设置中接受所有 Cookie。]

如果您是 macOS 系统（请注意：原文是YouTube视频，请跳转至EN原帖查看）

https://www.youtube.com/embed/Ss7vU0l3JNU
[这是一个嵌入式链接，但由于您拒绝了访问嵌入式内容所需的 Cookie，您无法直接在网站上进行查看。要查看嵌入式内容，您需要在 Cookie 设置中接受所有 Cookie。]

本文结尾有一个调查，请分享您的心得，非常感谢您的反馈。

让我们开始吧！

1. 安装 Visual Studio Code (VS Code)

VS Code 是用于开发的主要编辑器。

Windows 和 macOS

1. 前往 VS Code 下载页面：https://code.visualstudio.com/
2. 下载适合您的操作系统的安装程序：
   • Windows：.exe 文件
   • macOS：.dmg 文件
3. 运行安装程序并按照提示操作。
4. （仅限 Windows）：安装过程中，勾选“添加到 PATH（Add to PATH）”。
5. 验证安装：

• 打开终端（命令提示符、PowerShell 或 macOS 终端）
• 运行：

code --version

• 您应该会看到版本号。

2. 安装 Git

Git 用于版本控制、克隆和管理代码仓库。

Windows

1. 从以下网址下载最新版本：https://git-scm.com/downloads
2. 运行安装程序：
   • 选择“从 Windows 命令提示符中使用 Git (Use Git from the Windows Command Prompt)”。
   • 保持默认设置并完成安装。
3. 验证安装：

git --version

macOS

1. 打开终端并运行：

git --version

如果未安装 Git，macOS 会提示您安装命令行工具。 按照说明操作。

3. 安装 Docker

运行 InterSystems IRIS for Health Community 需要 Docker。

Windows

1.    从以下网址下载 Docker Desktop：https://www.docker.com/products/docker-desktop
2.    运行安装程序并按照设置进行操作。
3.    安装后重启计算机。
4.    启用 WSL 2 后端（如果出现提示）。
5.    验证安装

请注意：安装 Docker 需要您计算机的管理员权限，并且至少需要重启一次。

macOS

1.    从以下网址下载 Docker Desktop for Mac：https://www.docker.com/products/docker-desktop
2.    将 Docker.app 拖动到“应用程序”文件夹进行安装。
3.    从“应用程序”菜单中打开 Docker。

为了确保 Docker Desktop 引擎在 Windows 或 macOS 上运行，请执行以下步骤：

启动 Docker Desktop

Windows：从“开始”菜单中打开 Docker Desktop。 Docker 鲸鱼图标应该出现在您的系统托盘中。

Mac：从“应用程序”文件夹启动 Docker Desktop。 运行后，您将在菜单栏中看到 Docker 鲸鱼图标。

等待初始化

启动 Docker Desktop 后，引擎可能需要一点时间才能启动。 查找指示 Docker“正在运行(running)”或“已启动(started)”的状态消息。

通过终端/命令提示符进行验证：

打开终端（或 Windows 上的命令提示符/PowerShell）并运行：

docker --version

或

docker info

问题排查

如果引擎未运行，尝试重启 Docker Desktop 或检查 Docker Desktop UI 中是否有任何错误消息。此外，确保您的系统符合 Docker Desktop 的要求。 当您尝试在未运行 Docker Desktop 的情况下构建 Docker 镜像时，您可能会看到一些令人困惑的错误消息。

4. 构建 IRIS for Health 镜像并使用 Docker 运行该镜像

在启动运行 IRIS for Health Community（包括我们的 FHIR 服务器）的 Docker 容器之前，我们必须构建该容器。

1. 将 FHIR Repository克隆到文件系统上一个方便的目录中。 在 VS Code 中打开一个终端，使用以下命令克隆此库：

   git clone https://github.com/pjamiesointersystems/Dockerfhir.git

    
2. 导航到该目录并在 VS Code 中打开文件夹。 按照 readme 文件中的说明来构建和运行容器。 关键的一步是确保基础仓库在您的 Docker 商店中可用。 您可以在 VS Code 终端上使用以下命令执行此操作：

   docker pull containers.intersystems.com/intersystems/irishealth-community:latest-em

   您应该会在几分钟后看到确认信息。
3. 导航到 VS Code 中的目录，在那里可以看到文件 docker-compose.yaml，然后发出命令：

   docker-compose build 

   这将启动构建过程，此过程最长可能需要 10 分钟，在此期间将构建完整的 FHIR Repository并加载样本患者。
4. 构建过程完成后，使用以下命令启动容器

   docker-compose up -d

   接着是

   docker ps

   您应该会看到名为 **iris-fhir** 的容器正在运行。 如果容器无法启动，请检查日志：

   docker logs iris-fhir

    

5. 安装 VS Code REST 客户端扩展程序

此扩展程序可以让您从 VS Code 发送 FHIR API 请求。

1. 打开 VS Code。
2. 前往“扩展程序”（Ctrl + Shift + X 或 Cmd + Shift + X（在 macOS 上））。
3. 搜索“REST Client”。 存在多个 REST 客户端，请安装此客户端：
4. 点击“安装（Install）”。

6. 安装 Python

与 FHIR 相关的编程任务需要使用 Python。

Windows

1.    从以下网址下载 Python：https://www.python.org/downloads/
2.    运行安装程序，并勾选“将 Python 添加到 PATH（Add Python to PATH）”。 您需要具有管理凭据才能修改路径
3.    完成安装。
4.    验证安装：

python --version

macOS

1. 打开终端并通过 Homebrew 安装 Python：

   Brew install python

   如果您没有 Homebrew，请先安装：

   /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

    
2. 验证安装：

python3 --version

7. 安装 Jupyter Notebooks

Jupyter Notebooks 用于 AI 和 FHIR，以及 FHIR SQL 任务。

Windows 和 macOS

1. 打开终端（命令提示符、PowerShell 或 macOS 终端）。
2. 使用 pip 安装 Jupyter：

   pip install jupyter
   jupyter --version

    
3. 运行 Jupyter Notebook：

jupyter notebook

这将在 Web 浏览器中打开 Jupyter。

8.  验证

在 shell 中导航到 docker compose 文件来运行容器。 执行命令

docker compose up -d
docker ps

访问 IRIS 管理门户：

• 打开浏览器并前往：http://localhost:8080/csp/sys/UtilHome.csp
• 默认凭据：

用户名：_SYSTEM
密码：ISCDEMO

访问 FHIR API：

• 打开浏览器并前往：http://localhost:8080/csp/healthshare/demo/fhir/r4/metadata

最终检查

运行以下命令验证所有安装：

code --version       # VS Code
git --version        # Git
docker --version     # Docker
python --version     # Python
jupyter --version    # Jupyter

如果一切正常，说明您已经成功安装上述所有软件。

问题排查

感谢您抽出宝贵的时间！ 期待看到您的评论！