Covid-19 肺部 X 射线分类和 CT 检测演示 关键字:COVID-19,医学影像,深度学习,PACS Viewer 和 HealthShare。

目的

在这场史无前例的新冠疫情笼罩之下, 我们竭尽所能为客户提供支援,同时利用先进的 AI 技术观察着不同的疫情战线。

去年,我简单提及了一个深度学习演示环境。 在这个漫长的复活节周末,我们就来看一看现实世界的图像,在 Covid-19 肺部 X 射线数据集上测试运行一些深度学习模型以进行快速分类,并见证这类用于 X 射线甚至 CT 的工具如何通过 docker 等方式快速部署到云端,实现及时的“AI 分诊”并协助放射科医生。

这只是一个 10 分钟的快速笔记,希望通过简单的方法帮助各位上手实践。

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当我和加州大学戴维斯分校健康中心的同事着手简化提供者对基因组数据报告的访问时,我们希望这些信息能帮助临床医生提供更好、更个性化的护理。 我们的基因组数据没有操作界面,既不可搜索,也不与患者图表相关联。 如果我们可以在 FHIR(快速医疗互操作性资源)连接器上利用SMART原则在平台之间实现单点登录,我们的护理团队就可以更早地获得数据,患者将能够更好地得到照顾,并在与癌症的斗争中取得积极成果。

而这也是正在实现的事情。 我们支持基因组数据报告的工作为临床医生带来了 50 个离散数据点,这意味着医生用于搜索报告的时间更少,也拥有了更多具有重要洞察力的离散数据,简化了对临床试验信息的访问,最终患者也得到了及时的护理。

但我们并没有停下脚步,这不过是迈向更广阔数字领域的第一步。在 InterSystems 的帮助下,我们拥有了规模越来越大、类型更多样的数据集。

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InterSystems 是一家已经深耕数据库平台领域达44年的公司,成立于1978年,现在已经在全球的80多个国家开展相关业务,每天有超过10亿患者的电子病历数据都跑在以我们的数据库平台构建的应用系统之上。

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随着生活水平的提高,人们越来越注重身体健康。 而孩子的健康成长也越来越成为家长关心的话题。 孩子的身体发育可以从孩子的身高和体重反映出来。 因此,及时预测身高和体重具有重要意义。 通过科学的预测和比较,关注孩子的发育状态。

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· 一月 31 阅读大约需 21 分钟
用Java开发互操作产品 - PEX

InterSystems IRIS、Health Connect和上一代的Ensemble提供了优秀的互操作架构,但即便有低代码开发能力,很多开发者还是希望能用自己的技术栈语言在InterSystems的产品上开发互操作产品。

考虑到互操作产品本身的开放性要求和各个技术栈背后庞大的生态价值,InterSystems IRIS和Health Connect提供了Production EXtension (PEX)架构,让开发者使用自己的技术栈语言来开发互操作解决方案。目前PEX支持Java、.net、Python。

这里我们介绍使用Java利用PEX进行互操作产品的开发。

一 InterSystems IRIS上使用Java开发的基础

在进入PEX主题前,需要简单介绍一下Java在InterSystems IRIS上开发的各种技术选项,因为PEX也是以这些技术选项为基础的。

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· 十二月 18, 2021 阅读大约需 12 分钟
精华文章--从软件架构发展谈业务集成技术演进与展望

应用集成技术是市场上被广泛使用的,也是充斥着术语和概念的一个技术领域。集成平台、消息引擎、消息中间件、集成引擎、集成中间件、企业服务总线(ESB)、API网关、API管理… 很多概念与名词。到底它们是什么意思?有什么区别?哪种技术适合解决哪种集成问题?

业务集成的需求和技术的演进是紧随业务系统的软件架构发展而发展的。通过小结软件架构的发展,我们更容易梳理业务集成技术的演进、更容易看清楚各种集成架构的优势和未来发展方向。

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· 十二月 31, 2022 阅读大约需 10 分钟
HL7 ADT消息的类型和ADT^A04的例子

在上一篇文章中,我们讨论了标准 HL7v2 的起源、结构和消息类型。现在让我们看一下最常用的消息类型之一及其结构示例。我说的是 ADT。

HL7 ADT 消息(入院、出院、转院)用于在医疗机构传达基本患者信息、就诊信息和患者状态。 ADT 消息是使用最广泛且容量最大的 HL7 消息类型之一,因为它为许多触发事件提供信息,包括患者入院、注册、取消、更新、出院、患者数据合并等。

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· 六月 20, 2022 阅读大约需 8 分钟
IRIS/HealthConnect 高可用机制 Mirror 的配置

安装Arbiter

为了将自动故障转移扩展到尽可能广泛的故障情况,InterSystems建议你为每个镜像配置一个仲裁机。

要充当仲裁者,系统必须有一个正在运行的ISCAgent进程。由于ISCAgent是与InterSystems IRIS一起安装的,任何承载一个或多个InterSystems IRIS实例的系统都符合这一要求,可以被配置为仲裁者而无需进一步准备;但是,承载一个或多个故障转移或DR异步镜像成员的系统不应该被配置为该镜像的仲裁者。

没有托管InterSystems IRIS实例的系统可以通过安装Arbiter方式的作为仲裁者。请从InterSystems公司下载适合你的仲裁者系统平台的ISCAgent安装包,然后,安装ISCAgent。

注意:Arbiter的版本要和InterSystems IRIS安装版本保持一致。

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· 一月 13, 2023 阅读大约需 1 分钟
【GS22 视频】医疗IT行业趋势观察与解读

在InterSystems 2022年全球峰会上,InterSystems HealthShare 产品管理总监 Jonathan Teich 及其团队解读了医疗与医疗IT行业的趋势,并分享了HealthShare的最新产品策略与路线图,演示了一些易用且具有前瞻性的功能和用例。

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· 五月 4, 2023 阅读大约需 11 分钟
在 Docker 中配置镜像

我们客户的一个共同需求是配置 HealthShare HealthConnect 和 IRIS的高可用性模式。

市场上的其他集成引擎通常被宣传为具有“高可用性”配置,但事实并非如此。通常,这些解决方案与外部数据库一起使用,因此,如果这些数据库未配置为高可用性,当发生数据库崩溃或与它的连接丢失时,整个集成工具将变得不可用。

对于 InterSystems 解决方案,这个问题不存在,因为数据库是工具本身的一部分和核心。 InterSystems 如何解决高可用性问题?深奥的配置会把我们拖入异化和疯狂的漩涡?不!在 InterSystems,我们倾听并处理了您的投诉(正如我们一直努力做的那样 ;)),并且我们已将镜像功能提供给所有用户和开发人员。

镜像

镜像如何工作?这个概念本身非常简单。如您所知,IRIS 和 HealthShare 都使用一个日志系统,该系统记录每个实例的数据库上的所有更新操作。这个日志系统是后来帮助我们在崩溃后恢复实例而不会丢失数据的系统。好吧,这些日志文件在镜像中配置的实例之间发送,允许并保持镜像中配置的实例永久更新。

架构

让我们简要解释一下在 Mirror 中配置的系统架构是什么样的:

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· 四月 1 阅读大约需 1 分钟
加快临床试验,扩大全球市场推广

此视频帮助大家了解InterSystems如何帮助CRO来加快临床数据采集和更快地推广市场。

演讲嘉宾:

Jim Coutcher, Senior Director/Principal, Global Head of Enriched Studies, Real World Solutions, IQVIA
Qi Li, Physician Executive, InterSystems
Matt Stannard, life Sciences Advisor, InterSystems

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欢迎大家来我们的 Bilibili主页观看更多视频!

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· 一月 19, 2023 阅读大约需 4 分钟
在globals中序列化 Python 对象

动机

这个项目是在我考虑如何通过Embedded Python让Python代码自然地处理IRIS globals所提供的可扩展的存储和高效的检索机制时想到的。

我最初的想法是使用globals创建一种Python字典的实现,但很快我就意识到,我应该首先处理对象的抽象问题。

所以,我开始创建一些可以包装Python对象的Python类,在globals中存储和检索它们的数据,也就是说,在IRIS globals中序列化和反序列化Python对象。

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· 一月 19, 2023 阅读大约需 10 分钟
请求和接收测试结果(HL7v2的消息OML、ORL和ORU)

在上一篇文章中,我们看到了最常用的HL7消息类型之一--ADT(入院、出院、转院)的结构,以及ADT^A04的例子和它所有字段的描述。现在让我们来看看另一个数据流,它与测试订单的订购和履行有关。我说的是ORM(从2.5版本开始,你应该使用特定的消息来订购测试,如OMG、OML、OMD、OMS、OMN、OMI和OMP),ORL和ORU消息。在一个非常简化的情况下,数据的交换可能看起来像这样。

让我们更详细地看一下这些消息。

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· 七月 19, 2023 阅读大约需 8 分钟
单机模式下 EMPI 的安装和适配 - FHIR之配置篇

在之前的文章中,我们已经了解了如何配置和自定义我们的 EMPI,我们已经了解了如何通过 HL7 消息传递将新患者纳入我们的系统中,但当然,并不是所有的东西都是 HL7 v.2!我们如何配置 EMPI 实例以使用 FHIR 消息传递?

什么是FHIR?

对于那些不太熟悉 FHIR 这个术语的人,只需指出它们是Fast Healthcare Interoperability Resource的首字母缩写即可。 FHIR是HL7制定的医疗保健互操作性标准,基于JSON格式和REST通信,建立了一系列不同类型信息(患者数据、医院中心、诊断、医疗预约......)的“资源”。您可以在他们的官方页面上查看所有这些资源

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InterSystems 很高兴地宣布,InterSystems IRIS、InterSystems IRIS for Health 和 HealthShare Health Connect 2022.1.2 的扩展维护版本现已推出。这些版本为 2022.1.0 和 2022.1.1 版本提供了一些选定的功能和错误修复。

您可以在这些页面上找到有关更改内容的更多信息:

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InterSystems 已纠正了两个缺陷。

第一个缺陷可能导致 ECP 应用程序服务器挂起。此缺陷仅与 ARM 和 IBM Power 处理器相关;存在于 InterSystems IRIS®、InterSystems IRIS for Health™ 和 HealthShare® Health Connect 版本2022.1.22022.1.3中。该修复被标识为 DP-423661。该缺陷将在所有未来版本中得到解决。

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我有一个SQL查询,我想使用SQL外向适配器从Caché Ensemble针对MS SQL运行。如果我直接从MS SQL Studio运行此查询,则最多需要7秒钟的时间,并返回大约50万行。该行仅包含一列,它是一个大小均相同的数字,如果我在Ensemble生产环境中运行此查询,它将一直运行但不会返回响应。同样的查询在Enssemble环境外的caché中运行,将结果写入文件,返回的结果大约需要3分钟完成。但是如果我把结果加载到一个列表或记录图(Record Map)中,它就会一直运行下去。 能加载到记录图或列表中的数据行数是否有限制,是什么原因导致了这种情况的发生?这个查询所返回的文件大约是5.7MB。

SQL ODBC Connection query running longer than expected

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系统实用类:SYS.Database中的查询FreeSpace可以用来在任何时候检查磁盘上的自由空间。

下面是在IRIS终端中的尝试方法(进入%SYS命名空间,然后运行它)。

zn "%SYS"
set stmt=##class(%SQL.Statement).%New()
set st=stmt.%PrepareClassQuery("SYS.Database","FreeSpace")
set rset=stmt.%Execute()
// 一次性显示所有
do rset.%Display()

输出结果示例如下。

*在命令执行的例子中,所有的数据库都放在同一个磁盘上,所以所有的磁盘空闲空间(DiskFreeSpace)返回相同的值。

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· 二月 3, 2023 阅读大约需 5 分钟
PerfTools IO 测试套件

目的

这两个工具(RanRead 和 RanWrite)用于在数据库(或一对数据库)内生成随机读写事件,以测试每秒输入/输出的操作数 (IOPS)。它们可以一起使用或分开单独使用,以测试 IO 硬件容量、验证目标 IOPS 并确保系统拥有可接受的磁盘响应时间。从 IO 测试中收集的结果将因配置而异,具体取决于 IO 子系统。在运行这些测试之前,请确保相应的操作系统监控和存储级别监控已配置,这些捕获的 IO 性能指标可以为以后的分析提供帮助。我们推荐使用 IRIS 中捆绑的系统性能工具,例如^SystemPerformance。

请注意,这里使用的工具是对先前版本的更新。之前的版本可在这里找到。

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· 九月 3, 2023 阅读大约需 8 分钟
独立模式下 EMPI 的安装和适配 - FHIR之转换和摄取

大家好。

在上一篇文章中,我们了解了如何配置 EMPI 来接收 FHIR 消息。为此,我们安装了 InterSystems 提供的 FHIR 适配器,该适配器配置了一个可以向其发送 FHIR 消息的 REST 端点。然后,我们将获取消息并将其转换为 %String,我们将通过 TCP 将其发送到 HSPIDATA 命名空间中配置的 EMPI 的输出。

好吧,是时候看看我们如何检索消息、将其转换回 %DynamicObject 并将其解析为 EMPI 用来存储信息的类。

TCP消息接收

正如我们所指出的,从配置了 FHIR 资源接收的生产中,我们已将消息发送到我们有业务服务侦听的特定 TCP 端口,在我们的例子中,该业务服务将是一个简单的EnsLib.TCP。 PassthroughService的目标是捕获消息并将其转发到业务流程,我们将在其中执行所需的数据转换。

这里有我们的商业服务:

这是它的基本配置:

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