使用 FHIR 适配器在传统系统上提供 FHIR 服务 - 阅读资源

我们继续推出有关可供 HealthShare HealthConnect 和 InterSystems IRIS 用户使用的 FHIR 适配器工具的系列文章。

在前几篇文章中，我们介绍了小型应用程序，并在此基础上建立了我们的工作，并展示了安装 FHIR 适配器后在 IRIS 实例中部署的架构。在今天的文章中，我们将看到一个示例，说明如何执行最常见的 CRUD（创建 - 读取 - 更新 - 删除）操作之一，即读取操作，我们将通过恢复资源来完成此操作。

什么是资源？

FHIR 中的一个资源对应一种相关的临床信息，这种信息可以是病人（Patient）、对实验室的请求（ServiceRequest）或诊断（Condition）等。每种资源都定义了组成它的数据类型，以及对数据的限制和与其他类型资源的关系。每个资源都允许对其包含的信息进行扩展，从而满足 FHIR 80% 以外的需求（满足 80% 以上用户的需求）。

在本文的示例中，我们将使用最常见的资源 "Patient"。让我们来看看它的定义：

 { "resourceType" : "Patient" , // from Resource: id, meta, implicitRules, and language // from DomainResource: text, contained, extension, and modifierExtension "identifier" : [{ Identifier }], // An identifier for this patient "active" : <boolean>, // Whether this patient's record is in active use "name" : [{ HumanName }], // A name associated with the patient "telecom" : [{ ContactPoint }], // A contact detail for the individual "gender" : "<code>" , // male | female | other | unknown "birthDate" : "<date>" , // The date of birth for the individual // deceased[x]: Indicates if the individual is deceased or not. One of these 2 : "deceasedBoolean" : <boolean>, "deceasedDateTime" : "<dateTime>" , "address" : [{ Address }], // An address for the individual "maritalStatus" : { CodeableConcept }, // Marital (civil) status of a patient // multipleBirth[x]: Whether patient is part of a multiple birth. One of these 2 : "multipleBirthBoolean" : <boolean>, "multipleBirthInteger" : <integer>, "photo" : [{ Attachment }], // Image of the patient "contact" : [{ // A contact party (eg guardian, partner, friend) for the patient "relationship" : [{ CodeableConcept }], // The kind of relationship "name" : { HumanName }, // IA name associated with the contact person "telecom" : [{ ContactPoint }], // IA contact detail for the person "address" : { Address }, // I Address for the contact person "gender" : "<code>" , // male | female | other | unknown "organization" : { Reference(Organization) }, // I Organization that is associated with the contact "period" : { Period } // The period during which this contact person or organization is valid to be contacted relating to this patient }], "communication" : [{ // A language which may be used to communicate with the patient about his or her health "language" : { CodeableConcept }, // R! The language which can be used to communicate with the patient about his or her health "preferred" : <boolean> // Language preference indicator }], "generalPractitioner" : [{ Reference(Organization|Practitioner| PractitionerRole) }], // Patient's nominated primary care provider "managingOrganization" : { Reference(Organization) }, // Organization that is the custodian of the patient record "link" : [{ // Link to a Patient or RelatedPerson resource that concerns the same actual individual "other" : { Reference(Patient|RelatedPerson) }, // R! The other patient or related person resource that the link refers to "type" : "<code>" // R! replaced-by | replaces | refer | seealso }] }

正如您所看到的，它几乎涵盖了患者的所有管理信息需求。

从我们的 HIS 中恢复患者信息

如果您还记得之前的文章中我们部署了一个模拟 HIS 系统数据库的 PostgreSQL 数据库，那么让我们看一下我们特定 HIS 中的示例表。

虽然数量不多，但对于我们的例子来说已经足够了。让我们更详细地看看我们的患者表。

这里我们有 3 个示例患者，您可以看到每个患者都有一个唯一的标识符 ( ID ) 以及一系列与卫生组织相关的管理数据。我们的首要目标是为我们的一位患者获取 FHIR 资源。

患者咨询

我们如何从我们的服务器请求患者数据？根据 FHIR 制定的实现规范，我们必须通过 REST 对包含我们服务器地址、资源名称和标识符的 URL 执行 GET。我们必须调用：

http://SERVER_PATH/Patient/{id}

在我们的示例中，我们将搜索 Juan López Hurtado，其 id = 1，因此我们必须调用以下 URL：

http://localhost:52774/Adapter/r4/Patient/1

为了进行测试，我们将使用 Postman 作为客户端。让我们看看服务器的响应是什么：

 { "resourceType" : "Patient" , "address" : [ { "city" : "TERUEL" , "line" : [ "CALLE SUSPIROS 39 2ºA" ], "postalCode" : "98345" } ], "birthDate" : "1966-11-23" , "gender" : "M" , "id" : "1" , "identifier" : [ { "type" : { "text" : "ID" }, "value" : "1" }, { "type" : { "text" : "NHC" }, "value" : "588392" }, { "type" : { "text" : "DNI" }, "value" : "12345678X" } ], "name" : [ { "family" : "LÓPEZ HURTADO" , "given" : [ "JUAN" ] } ], "telecom" : [ { "system" : "phone" , "value" : "844324239" }, { "system" : "email" , "value" : "juanitomaravilla@terra.es" } ] }

现在让我们分析一下我们的请求在生产中所采取的路径：

这里我们有路径：

1. 请求到达我们的 BS InteropService。
2. 将请求转发到我们已配置为 BS 目的地的 BP，在该 BP 中将恢复所接收呼叫的患者标识符。
3. 从我们的 BO FromAdapterToHIS 查询到我们的 HIS 数据库。
4. 将患者数据转发到我们的 BP，并将其转换为 FHIR 患者资源。
5. 将响应转发给BS。

让我们看一下我们在 BP ProcessFHIRBP中收到的消息类型：

让我们看一下三个属性，它们对于识别客户端请求的操作类型至关重要：

• Request.RequestMethod：它告诉我们要执行什么类型的操作。在此示例中，搜索病人将采用 GET 方式。
• Request.RequestPath：该属性包含到达服务器的请求路径，该属性将指示我们要处理的资源，在本例中，它将包括恢复资源的特定标识符。
• Quick.StreamId： FHIR 适配器会将收到的每条 FHIR 消息转换为流，并为其分配一个标识符，该标识符将保存在此属性中。在本例中，我们不需要它，因为我们执行的是 GET，并没有发送任何 FHIR 对象。

让我们深入分析负责处理的 GLP，继续我们的消息之旅。

流程FHIRBP：

我们在生产中实施了 BPL，它将管理我们从业务服务收到的 FHIR 消息传递。让我们看看它是如何实现的：

让我们看看每个步骤中将执行的操作：

管理 FHIR 对象：

我们将调用负责连接到 HIS 数据库并负责数据库查询的 BO FromAdapterToHIS。

 Method ManageFHIR(requestData As HS.FHIRServer.Interop.Request, response As Adapter.Message.FHIRResponse) As %Status { set sc = $$$OK set response = ##class (Adapter.Message.FHIRResponse). %New () if (requestData.Request.RequestPath = "Bundle" ) { If requestData.QuickStreamId '= "" { Set quickStreamIn = ##class (HS.SDA3.QuickStream). %OpenId (requestData.QuickStreamId,, .tSC) set dynamicBundle = ##class ( %DynamicAbstractObject ). %FromJSON (quickStreamIn) set sc = ..GetBundle (dynamicBundle, .response) } } elseif (requestData.Request.RequestPath [ "Patient" ) { if (requestData.Request.RequestMethod = "POST" ) { If requestData.QuickStreamId '= "" { Set quickStreamIn = ##class (HS.SDA3.QuickStream). %OpenId (requestData.QuickStreamId,, .tSC) set dynamicPatient = ##class ( %DynamicAbstractObject ). %FromJSON (quickStreamIn) set sc = ..InsertPatient (dynamicPatient, .response) } } elseif (requestData.Request.RequestMethod = "GET" ) { set patientId = $Piece (requestData.Request.RequestPath, "/" , 2 ) set sc = ..GetPatient (patientId, .response) } } Return sc }

我们的 BO 将检查收到的HS.FHIRServer.Interop.Request类型的消息，在本例中，通过设置 GET 并在与患者资源对应的路径中指示将调用GetPatient方法，我们将在下面看到：

 Method GetPatient(patientId As %String , Output patient As Adapter.Message.FHIRResponse) As %Status { Set tSC = $$$OK set sql= "SELECT id, name, lastname, phone, address, city, email, nhc, postal_code, birth_date, dni, gender FROM his.patient WHERE id = ?" //perform the Select set tSC = ..Adapter .ExecuteQuery(.resultSet, sql, patientId) If resultSet.Next() { set personResult = { "id" :(resultSet.GetData( 1 )), "name" : (resultSet.GetData( 2 )), "lastname" : (resultSet.GetData( 3 )), "phone" : (resultSet.GetData( 4 )), "address" : (resultSet.GetData( 5 )), "city" : (resultSet.GetData( 6 )), "email" : (resultSet.GetData( 7 )), "nhc" : (resultSet.GetData( 8 )), "postalCode" : (resultSet.GetData( 9 )), "birthDate" : (resultSet.GetData( 10 )), "dni" : (resultSet.GetData( 11 )), "gender" : (resultSet.GetData( 12 )), "type" : ( "Patient" )} } else { set personResult = {} } //create the response message do patient.Resource.Insert(personResult. %ToJSON ()) Return tSC }

正如您所看到的，此方法仅在我们的 HIS 数据库上启动查询并恢复所有患者信息，然后生成一个 DynamicObject，随后将其转换为 String 并存储在Adapter.Message.FHIRResponse类型的变量中。我们已将 Resource 属性定义为字符串列表，以便能够稍后在跟踪中显示响应。您可以直接将其定义为 DynamicObjects，从而节省后续转换。

检查是否捆绑：

根据 BO 的响应，我们检查它是否是 Bundle 类型（我们将在以后的文章中解释）或者它是否只是一个 Resource。

创建动态对象：

我们将 BO 响应转换为 DynamicObject 并将其分配给临时上下文变量 (context.temporalDO)。用于转换的函数如下：

 ##class ( %DynamicAbstractObject ). %FromJSON (context.FHIRObject.Resource.GetAt( 1 ))

FHIR 变换：

使用 DynamicObject 类型的临时变量，我们将其转换为HS.FHIR.DTL.vR4.Model.Resource.Patient类的对象。如果我们想寻找其他类型的资源，我们必须为每种类型定义特定的转换。让我们看看我们的转变：

这种转换使我们能够拥有 BS InteropService 可以解释的对象。我们将结果存储在变量context.PatientResponse中。

将资源分配给 Stream ：

我们将FHIR变换中获得的变量context.PatientResponse转换为Stream。

转换为 QuickStream：

我们将必须返回给客户端的所有数据分配给响应变量：

 set qs= ##class (HS.SDA3.QuickStream). %New () set response.QuickStreamId = qs. %Id () set copyStatus = qs.CopyFrom(context.JSONPayloadStream) set response.Response.ResponseFormatCode= "JSON" set response.Response.Status= 200 set response.ContentType= "application/fhir+json" set response.CharSet = "utf8"

在这种情况下，我们总是返回 200 响应。在生产环境中，我们应该检查是否已正确恢复搜索到的资源，如果没有，请将响应状态从 200 修改为对应“未找到”的 404。正如您在此代码片段中看到的，对象HS.FHIR.DTL.vR4.Model.Resource.Patient转换为 Stream 并存储为HS.SDA3.QuickStream ，将所述对象的标识符添加到QuickStreamID属性，随后我们的 InteropService 服务将以 JSON 形式正确返回结果。

结论：

让我们总结一下我们所做的事情：

1. 我们发送了一个 GET 类型的请求，以搜索具有定义 ID 的患者资源。
2. BS InteropService已将请求转发至配置的BP。
3. BP 调用了负责与 HIS 数据库交互的 BO。
4. 已配置的 BO 已从 HIS 数据库检索患者数据。
5. 业务处理程序将结果转换为默认互操作服务创建的 BS 可理解的对象。
6. BS已收到响应并将其转发给客户端。

如您所见，操作相对简单，如果我们想在服务器中添加更多类型的资源，只需在 BO 中添加对数据库中与要恢复的新资源相对应的表的查询，并在 BP 中将 BO 的结果转换为与之相对应的 HS.FHIR.DTL.vR4.Model.Resource.* 类型的对象。

在下一篇文章中，我们将回顾如何将患者类型的新 FHIR 资源添加到我们的 HIS 数据库中。

感谢大家的关注！