Fhir-肝炎预测

使用 FHIR SQL BUILDER 处理 FHIR 资源以预测患丙型肝炎疾病的概率

随着科技的发展，医疗行业也在不断的进步，人类也往往更加关注自身的健康，
通过计算机学习和处理数据集，可以预测疾病。

前提条件：使用 FHIR 和 ML的能力
首先，我们的数据集从kaggle获得，并根据患者性别、年龄、ALP或ALT转化为FHIR资源，并导入到FHIR资源库中

要导入FHIR资源库，我们可以使用以下命令：

 Set sc= ##class (HS.FHIRServer.Tools.DataLoader).SubmitResourceFiles( "/usr/local/src/json/" , "FHIRSERVER" , "/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4" )

其中文件地址和fhir资源库URL可以根据情况进行修改。

完成导入后，下一步是配置FHIR SQL Builder，包括FHIR Analysis、转换规则和Projections

配置转换规则，这一点非常重要。它们可以获得你想要的数据，也可以省略患者的一些敏感信息，保证数据安全

配置完成后，创建一个投影，以查询数据库中的相应表

创建投影后，通过创建表或视图将表汇总成训练所需的结构

create view T2.HepatitisData AS SELECT TP.ID, TP.BirthDate, DATEDIFF (yy,TP.BirthDate, Now ()) AGE, TP.Gender, TP.Key, GH.CodeText GHCodeText, GH.ValueBoolean GHGHValueBoolean, ALB.ValueQuantityValue ALBValueQuantityValue, ALP.ValueQuantityValue ALPValueQuantityValue, ALT.ValueQuantityValue ALTValueQuantityValue, AST.ValueQuantityValue ASTValueQuantityValue, BIL.ValueQuantityValue BILValueQuantityValue, CHE.ValueQuantityValue CHEValueQuantityValue, CHOL.ValueQuantityValue CHOLValueQuantityValue, CREA.ValueQuantityValue CREAValueQuantityValue, GGT.ValueQuantityValue GGTValueQuantityValue, PROT.ValueQuantityValue FROM T2.Patient TP INNER JOIN T2.Observation GH ON TP.Key = GH.SubjectReference AND GH.CodeCodingCode = '8310-5' INNER JOIN T2.Observation ALB ON TP.Key = ALB.SubjectReference AND ALB.CodeCodingCode = '1751-7' INNER JOIN T2.Observation ALP ON TP.Key = ALP.SubjectReference AND ALP.CodeCodingCode = '6768-6' INNER JOIN T2.Observation ALT ON TP.Key = ALT.SubjectReference AND ALT.CodeCodingCode = '29463-7' INNER JOIN T2.Observation AST ON TP.Key = AST.SubjectReference AND AST.CodeCodingCode = '2345-7' INNER JOIN T2.Observation BIL ON TP.Key = BIL.SubjectReference AND BIL.CodeCodingCode = '1975-2' INNER JOIN T2.Observation CHE ON TP.Key = CHE.SubjectReference AND CHE.CodeCodingCode = '1920-8' INNER JOIN T2.Observation CHOL ON TP.Key = CHOL.SubjectReference AND CHOL.CodeCodingCode = '2093-3' INNER JOIN T2.Observation CREA ON TP.Key = CREA.SubjectReference AND CREA.CodeCodingCode = '2160-0' INNER JOIN T2.Observation GGT ON TP.Key = GGT.SubjectReference AND GGT.CodeCodingCode = '2324-2' INNER JOIN T2.Observation PROT ON TP.Key = PROT.SubjectReference AND PROT.CodeCodingCode = '2885-2'

创建模型

CREATE MODEL Hepatitis PREDICTING (GHCodeText) WITH ( AGE int , Gender string , GHGHValueBoolean boolean , ALBValueQuantityValue double , ALPValueQuantityValue double , ALTValueQuantityValue double , ASTValueQuantityValue double , BILValueQuantityValue double , CHEValueQuantityValue double , CHOLValueQuantityValue double , CREAValueQuantityValue double , GGTValueQuantityValue double , ValueQuantityValue double ) FROM T2.HepatitisData

训练模型

TRAIN model Hepatitis

训练完成后，我们可以使用这个模型进行丙型肝炎预测，这是应用程序接口，

1. 配置完成后，会进行初始化，将HepatitsCdata.csv中的数据集处理成FHIR资源并导入
2. Show可以显示输入检查结果的正常范围
3. 完成所有输入后，点击预测按钮，将填写的信息转换为fhir资源，并通过API存储到FHIR资源库中。这可以预测丙型肝炎疾病的结果