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Michael Lei · 一月 10

InterSystems Package Manager 包管理器 0.5.2 发布

我们刚刚发布了包管理器的一个小更新,如我们11 月宣布,我们已经将 ZPM 重命名为 IPM。现在这个是一个错误修复版本,正确解释 ROBOCOPY 返回代码并修复阻止安装某些包的回归。 在这里获取: https://github.com/intersystems/ipm/releases/tag/v0.5.2
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姚 鑫 · 一月 7

第三十七章 使用 ^PROFILE 监控例程性能 - ^PROFILE 示例

# 第三十七章 使用 ^PROFILE 监控例程性能 - Using ^PROFILE - 当显示子例程标签列表(以及每个标签的指标)时,可以指定以下任何一项 Option |Description ---|--- `#` |要更详细地分析的子例程标签(在代码中)的行号。按 `Enter` 后,将显示指定标签的代码。 `B` |显示列表的上一页。 `L`|切换到子程序的行级显示。 `N`| 显示列表的下一页。 `Q`| 退出列表,返回上一级。 `R`| 使用最新指标刷新列表。注:如果列表中显示`*UNKNOWN*`,请输入`R`。 当显示代码行时,系统会提示指定下一步要执行的操作。的选择包括: Option |Description ---|--- `#`|要更详细地分析的代码中的行号。按Enter键后,将显示指定标签的代码。 `B`| 显示列表的上一页。 `C`| 在源代码和中间(`INT/MVI`)代码之间切换代码显示。 `M`| 更改页边距和长度。 `N`| 显示列表的下一页。 `O`| 根据不同的指标对页面进行重新排序。 `Q`| 退出列表,返回到上一级别。 `R`| 使用最新指标刷新列表。 `S`| 切换到例程的子例程级别显示。 # ^PROFILE 示例 以下是在终端中以交互方式运行^配置文件实用程序(从`%sys`命名空间)的示例: 1. 输入以下命令: ``` do ^PROFILE ``` 2. 此时将显示以下消息。 ``` WARNING: This routine will start a system-wide collection of data on routine activity and then display the results. There may be some overhead associated with the initial collection, and it could significantly affect a busy system. The second phase of collecting line level detail activity has high overhead and should ONLY BE RUN ON A TEST SYSTEM! Are you ready to start the collection? Yes => ``` 3. 按`Enter`键开始收集指标。将显示与以下内容类似的指标: ``` Waiting for initial data collection ... RtnLine Time CPU RtnLoad GloRef GloSet 1. 41.48% 12.19% 0.00% 28.97% 10.65% 0.00% %Library.ResultSet.1.INT (IRISLIB) 2. 35.09% 56.16% 65.22% 9.35% 36.77% 42.55% SYS.Database.1.INT (IRISSYS) 3. 10.75% 6.62% 0.00% 43.30% 22.68% 46.81% Config.Databases.1.INT (IRISSYS) 4. 7.13% 3.22% 0.00% 6.23% 0.00% 0.00% %Library.Persistent.1.INT (IRISLIB) 5. 1.26% 0.71% 0.00% 4.36% 4.12% 4.26% PROFILE.INT (IRISSYS) 6. 1.20% 0.00% 0.00% 0.00% 5.15% 6.38% %SYS.WorkQueueMgr.INT (IRISSYS) 7. 0.76% 15.08% 34.78% 0.00% 0.00% 0.00% %SYS.API.INT (IRISSYS) 8. 0.64% 1.05% 0.00% 0.00% 17.18% 0.00% %Library.JournalState.1.INT (IRISLIB) 9. 0.61% 0.31% 0.00% 3.74% 0.00% 0.00% %Library.IResultSet.1.INT (IRISLIB) 10. 0.28% 0.93% 0.00% 0.00% 1.72% 0.00% %Library.Device.1.INT (IRISLIB) 11. 0.24% 0.71% 0.00% 0.62% 0.00% 0.00% Config.CPF.1.INT (IRISSYS) Select routine(s) or '?' for more options N => ``` 4. 输入与要更详细分析的例程相关联的数字。例如,输入`2-3`、`5`、`7`、`10`,然后输入N或B以显示其他页面,以可以选择其他程序。 5. 选择要分析的所有例程后,输入q以显示类似以下内容的消息: ``` There are 2 routines selected for detailed profiling. You may now end the routine level collection and start a detailed profiler collection. WARNING !! This will have each process on the system gather subroutine level and line level activity on these routines. Note that this part of the collection may have a significant effect on performance and should only be run in a test or development instance. Are you ready to start the detailed collection? Yes => ``` 6. 按`Enter`键后,将显示类似以下内容的页面: ``` Stopping the routine level Profile collection ... Loading ^%Library.Persistent.1 in ^^c:\intersystems\iris\mgr\irislib\ Detail level Profile collection started. RtnLine Routine Name (Database) 1. 96.72% %Library.Persistent.1.INT (IRISLIB) 2. 3.28% Config.CPF.1.INT (IRISSYS) Select routine to see details or '?' for more options R => ``` 7. 选择要分析其代码的例程后,该例程将显示一页有关该代码的信息。
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Nicky Zhu · 一月 6

《数据二十条》的号角声

国务院于2022年12月19日发布了《中共中央 国务院关于构建数据基础制度更好发挥数据要素作用的意见》(后简称《数据二十条》),如何有效利用数据已经成为下一步的趋势。另一方面,无论是基于数据中台还是数据编织理念,两者也都对如何利用数据提出了构想。因此医疗行业数字化建设的目标已不能再局限于如何收集数据,建立医疗行业数据的流通机制将会是为越来越普遍的需求。 时钟拨回几年前,数据中台概念开始火爆。人们对数据中台的定义、诠释尽管有诸多差异,通过数据中台降低数据共享和利用的成本则是共同的期望。但经过这几年的探索之后,中台已死的观点也在涌现。究其原因,除去中台概念在技术上的不确定,数据流通过程中的责权益的不清晰也是严重的制约因素。毕竟,数据中台自身作为一套技术框架并不能代替法律法规与市场自动将数据转变为商品从而创造出流通价值。 那么,如何能够使数据的流通合规合法,使数据能够如货币和商品一般自由流动,则是我们需要思考和探索的主题,这次《数据二十条》的出现,无疑为医疗信息技术工作者提供了一个明确的思考方向。 政策利好与约束 鉴于《数据二十条》对数据行业生态的覆盖范围之广,涉及数据权属界定、数据产品流通、数据收益分配和数据市场有效监管等各方面,本文将无法全面展开每一条政策进行解读和思考,因此将聚焦于与每个从业人员都息息相关的数据产权和数据产品流通两方面进行。 产权与使用权的破与立 还记得数年前与信息科同事谈及基于医疗数据的统计与分析时,医院的同事对于数据被第三方访问的恐惧远多于期待。对数据要素的权属及其确立规则的不清晰使得每个从业人员都无法在具备法律法规保障的前提下运用数据。本次《数据二十条》对于个人数据、企业数据和公共数据进行了产权定义,还提出了数据资源持有权、数据加工使用权、数据产品经营权等分置的产权运行机制,从而打破了这样无法可依的尴尬局面。 可以预见的是,通过对数据的产权与使用权进行分离,在取得数据所有者(如个人或企业)授权的前提下,对数据进行加工处理,通过数据洞察进行盈利将成为合理合法的业务形态。 数据供应链的建立 《数据二十条》第三章对数据供应链体系做了一系列的规划,包括数据流通过程中参与方的角色,如数据商和第三方专业服务机构;包括流通场所,如数据交易所以及对应的流程合规与监管规则体系的远景。这样一个体系的构建,其规模和复杂性并不亚于为汽车工业组织零部件生产和消费的供应链。 特别需要注意的是,正如《数据二十条》中明确指出的,数据供应链的建立必将依托数据质量标准化体系,推进对数据采集和接口的标准化,依赖于数据整合互通和互操作。 这些概念和体系对于医疗信息技术工作者来说并不陌生。然而在既往的工作中,跨企业、跨区域医疗行业数据共享的产业规模并未对标准化产生强劲的推力。尽管近年来随着互联互通标准化评测工作的开展,医疗信息互操作在标准化方面得到了极大的进展,但是医疗行业数据与上下游生态企业(如药企、保险、养老机构等)间进行数据流通所需的统一语义和标准还未确立和应用,势必将在不远的未来对医疗信息技术工作者提出更高的挑战。 另一方面,在鼓励数据交易所发挥作用的同时,《数据二十条》也倡导在数据流程合规与受规则体系监管的前提下,培育一批数据商和第三方专业服务机构,依法依规在场内和场外采取开放、共享、交换、交易等方式流通数据,也为创建数据供应、数据托管和数据服务代理等多种模式的数据经济形态创造了条件。 医疗行业数据流通案例 医疗数据产业并不是一个已经成熟的规模化产业,即使对于美国、英国这些在医疗信息化方面较早起步的国家,医疗数据产品和流通也仍然处于初步的市场探索阶段。我们可以看到一个案例。 Epic COSMOS数据集 美国最大的电子病历厂商Epic于2019年推出了数据集产品COSMOS(https://COSMOS.epic.com/)。所有Epic电子病历系统的用户都可以自愿与Epic签约成为COSMOS合作伙伴,在开放自己的医疗健康数据的同时共享同样加入了COSMOS网络其他用户的数据。时至今日,COSMOS已经收录了1亿6千7百万患者的数据,覆盖一千余家医院和两万余家诊所。 图 1 COSMOS数据流 如上图所示,Epic采用了非常传统的前置机+中心化存储方案构建。在置于院端的前置机中,以批量上传和事件触发上传两种方式加载数据集,在前置机一侧对数据进行标准化和匿名化,并通过HL7 CDA标准以文档的形式将数据传到数据中心。置于AWS云端的数据中心将负责对数据进行去重及合并。其中,数据在云端将以非结构化的Global形态存储于InterSystems的Caché中,并利用Caché自带的后结构化能力将非结构化的Global转换并存储为关系型数据对外提供SQL访问能力。 在这个过程中,COSMOS进行的若干细节处理非常值得即将面临数据开放的医疗信息技术工作者参考和借鉴。读者可参考相关论文查阅(如https://www.thieme-connect.com/products/ejournals/pdf/10.1055/s-0041-1731004.pdf)。 真实数据的可访问性:COSMOS本质上只解决了分散的,真实的医疗数据的可访问性问题,还没有运用任何颠覆性的BI、AI技术。作为美国最大的电子病历厂商,手握上亿人的医疗数据的Epic,需要从基础数据的准备切入市场,这从侧面反映了当前医疗行业所面临的客观现实,即供应链底层的数据原料并不存在稳定的供给,从而阻碍了其他技术的演进。这同样是我们面临的现状。 非常传统的数据采集:COSMOS只采集EHR中的结构化数据,并不收纳任何影像、视频和除实验室检测结果外的文本等多媒体数据,也未采用实时数据流进行采集。这并不意味着多媒体数据没有价值,也不意味着实时数据流没有价值,而是意味着半静态的,结构化的数据中的价值并没有得以充分提炼和发挥,仅通过收集整理结构化数据形成规模一项工作已足以支撑起庞大的价值链条,尽管这些静态数据并不是唯一的价值来源。 去识别化与个人数据授权:作为对患者信息进行隐私保护的首要手段,COSMOS及与之相似的数据集产品Cerner Real-World Data(CRWD)均遵循美国自1996年通过的HIPPA法案,只开放法案允许开放的数据集,并按照HIPPA的要求对可能暴露患者隐私或反向识别个人的数据字段进行匿名化处理。需要注意的是,尽管CRWD相关的论文中声明,由于对数据进行了匿名化处理,对个人医疗数据的使用不需要患者本人的授权(https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352340922003304),但COSMOS仍然提供了供患者撤回数据授权,将本人的数据从COSMOS网络中退出的工作流。因此,即使在美国,数据所有者和数据使用者之间的权益平衡仍保留了相当的灵活性,我国在制定相关法规时也会对基于所有权和使用权定义相应的细则。 数据访问控制:在前置机与云端数据中心通信过程中,CDA文档将被加密并通过专网传输,避免在公网传输并被截获和解析的可能。另一方面,尽管COSMOS收集了诊断、药嘱、手术史、社会史和家族史等患者个人的明细数据,但它并不对最终用户开放这些数据;COSMOS用户可以通过查询门户,制定条件,查询基于这些明细的统计数据,例如在一定行政区域内罹患新冠的患者数量及其年龄分布等,但无法查询到对应的个人,因此经过认证的科研机构在COSMOS中发起查询并不再需要特定的审查委员会审核;同时COSMOS也不提供将数据从COSMOS网络中导出的渠道,避免数据流出网络。从这些控制手段上来看,COSMOS选择的技术路线和服务模式与《新二十条》中“原始数据不出域、数据可用不可见”的要求和“以模型、核验等产品和服务等形式向社会提供”的倡导高度吻合,值得借鉴。 数据标准化:COSMOS在前置机上收集一家医院的数据时已落实了数据的标准化,采用固定的数据结构和术语集。医院需要先完成对数据和术语的标准化映射,才能接入COSMOS网络。而在云端存储中,原始数据也是以标准化的CDA文档形式保存,进一步巩固了数据标准。也正是在标准化数据存储的基础上,最终用户才能够通过统一的查询构建器,在同一种语义环境下同时访问来自于不同医院,采用了不同术语标准的医疗数据。因此通过数据标准术语标准达成语义一致性的重要性不言而喻,这是医疗数据的利用迅速得到规模效应的客观需求。 医疗数据产品发展前景 如前所述,基于数据所有权与数据使用权分离的假设,很难想象未来医疗数据产品的发展方向以生数据产品的形态,开放对个人数据的(即使经过了匿名化)访问。相反的,基于医疗数据需求的多样性以及个人、企业、公共数据管理规则的差异性,以生数据为基础,以对药企、保险等企业提供潜在可招募患者的区域锁定或针对患者的年龄、诊断、家族史的普遍特征与医疗支出进行精算为例,针对人群展开的数据洞察和数据分析服务,更可能得到业界的认可并在数据价值利用和数据隐私保护间取得平衡,有很大概率成为率先得以实现的商业模式。同时,作为一个新兴产业,生产者(数据工程师)群体的培养和储备,以及与之配套的生产资料的制造和积累,则是医疗数据产业能够成型的前提,值得医疗信息技术工作者关注和投入。 因此,在未来相当长的一段时间内,对医疗行业数据的利用,将以各医院、集团和企业建立的数据中心为基础,通过对真实数据进行洞察分析和价值挖掘的形态,以数据服务的形式对外提供,从而迅速释放这些被积累了很久的数据的价值。 后续我们还会继续阐述和分析在医疗数据流通领域中的生产者和生产资料的特征,欢迎大家与我们交流,谢谢。
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Hao Ma · 一月 4

IRIS, Caché监控指导 - 系统健康检查

以下是我们应客户的要求拟定的Caché系统健康检查的建议。InterSystems的工程师们认为其中的项目足以了解客户当前的系统健康状况。 这些项目中有些,比如Buttons, pButtons报告是必须的,其他内容,尤其是问卷部分,越多回答对系统健康的了解也越清楚。InterSystems公司的技术支持中心WRC(World Response Center),在合适的条件下可以协助用户解读健康检查的结果。 在后面的内容中, 我会详细介绍这些检查的项目,比如报告的执行步骤,已经如何简单的发现问题。 检查的内容也适用于IRIS,仅仅是执行的步骤上有细微的区别,后面文章会详细说。 ## 健康检查项目 本健康检查只用于Caché系统本身的内容, 不包括Caché上使用的各种应用。 建议用户收集下列两部分数据和资料: ### 系统运行数据 - [ ] 所有Caché实例服务器的网络架构图,包含所有的数据服务器,应用服务器,镜像服务器,灾备服务器。还应该包含网段的划分, 相关的Web服务器,负载均衡设备的部署等情况。以及一切客户认为和Caché工作相关的网络配置的情况。 - [ ] Caché数据库使用的存储设备的信息, 不限于类型,大小,品牌等等任何可以帮助了解存储设备的信息。 - [ ] 所有数据库上一次的完整性检查报告。 - [ ] 所有Caché实例的 - [ ] 系统监控检查报告(Buttons) - [ ] 24小时系统性能报告(pButtons): 所有关联的系统,比如一个Caché数据服务器以及和它连接的应用服务器(ECP服务器),应该在尽量相同的时间执行24小时pButton测量 - [ ] 一年内或自上次启动后(以其中更长时间为准)的Console日志 - [ ] 导出的日常任务(Task) - [ ] 导出的后台任务历史列表 - [ ] 系统时钟同步的配置 - [ ] 所有CSP Gateway的配置文件,以及CSP Gateway工作的Apache Web Server, Nginx Web Server,Windows IIS的配置文件。 - [ ] 如果用户使用了外部备份,请提供外部备份的操作步骤及使用的脚本程序。 ### 维护工作的问卷 以下问题的回答能帮助InterSystems的工程师更好的了解客户的Caché工作情况,以及更方便的分析上面采集的数据。 - [ ] 请列出近一年内Caché的软硬件变动 - [ ] 是否有测试环境(TestBed), 测试服务器的梳理,配置 - [ ] 请提供Caché的日常维护的情况说明,尽可能提供以下日常维护的方案,执行频率,执行时长等等。包括但不限于: - [ ] 备份恢复 - 方案,Caché在线备份还是外部备份。如果是Caché在线备份,各种备份类型的安排情况(全备份,增量备份,累计备份) - 执行频率,执行的时间点 - 各种数据量情况下的执行时长,不如全备份的时长,增量备份的数据量是多少,执行时长是多少等等 - [ ] 数据库完整性检查 - 完整性检查的方案,频率 - 数据库的大小及对应的完整性检查的执行时长 - [ ] 告警通知 - 告警通知发送的方式。(告警通知默认是Console log里严重级别为2,3的条目) - 告警通知的处理流程 - 告警通知的产生:是否有客户定制的通知消息 - Console Log中出现的严重级别为1的消息(Warning消息)是否被通知,或者是否有任何处理方式 - [ ] 性能测量 - 提供业务活动量在一段时间内的变动模式, 比如一周,一天中业务量的忙时,闲时,以及是否月初活着月底有大的报表生成等等 - 详细列出各种周期性执行的和Caché性能相关的操作的时间点和时长,处了上面提到的备份恢复,数据库完整性检测等,还可以是任意的Caché操作,以及Caché所在的虚拟机,服务器的操作,还可以包括可能影响Caché性能表现的连接的第3方的业务系统监控系统,审计系统的与之有关的操作 - 是否有常规的性能测试方案,包括Caché上的指标测量(pButtons), 以及操作系统的性能指标测量 - 无论以何种形式,是否能提供Caché系统的性能基准。这个性能基准应该以客户的业务活动量做为采样周期,比如以周为单位 - 上述指标是否能提供图表的展示 - [ ] 尽可能的提供近一年中在Caché日常维护中遇到的各种故障及异常的列表。对列表中的每一项,尽量提供详细的描述和信息,包括并不限于: - 是否报告InterSystems, 如果报告了, WRC号码是多少 - 发生的频率如何? - 如果已经有解决,解决的方案是什么? - 如果没有经过人工处理,那么故障恢复的时长平均是多少? - 维护工程师对故障产生的原因以及造成后果的分析讨论的结果,如果有。 - [ ] 其他内容(可选) - Caché维护团队的工作分配, 以及相关的外部团队的职责,比如应用实施方,用户的其他IT团队,硬件维护,硬件监控团队等等。 - 对Caché维护最期待的改进,工具的提供等 - 其他任何有关Caché维护工作而上面各项中未涵盖的内容。
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Hao Ma · 一月 4

IRIS, Caché监控指导 - 介绍

本文章是一个系列,主要目的是介绍给IRIS,Caché的终端用户如何方便的监控您的系统。 InterSystems系统的监控很难吗?需要学习很多技术吗? 我的答案是还好。 关于Caché和IRIS监控,无论是那部分内容,在InterSystems的在线文档或者开发者论坛,其实都能找到相关的说明和方案。但问题是太多,太杂乱,没有一个“操作维护手册”的东西。结果是,如果您是一个新手的InterSystems产品的维护工程师或者管理员,您要花很多的时间在大量的文档里找答案。 还有一个问题是文档中很多章节的内容又太深,包含了一些开发人员才关心的内容,这是Caché或者IRIS的特性造成的,因为它首先是一个开发平台。结果是,对于管理员,很多文档的很不友好。 因此,我要写的这个文章的的目的是这样的: - 简单。只介绍管理维护人员需要的内容。只介绍和监控相关的内容。其他比如备份恢复,扩容,修改配置等等基本不涉及。 - 易学。文章的期待读者是系统管理员,因此不需要您有编程能力或者InterSystems编程语言的基础。我系统对您的每个日常工作和关注的主题,给出最容易实现的操作步骤。 - 对读者的要求低,您只需要了解基本的Caché操作,包括 - Caché的用户维护界面 - 操作终端(Terminal)的操作 - 基本的Caché命令的格式 让我们进入主题。有几个要点要先交代一下。 ### InterSystems产品的几个使用的场景 也就是谁在用什么产品 - 场景一:东华的iMedical用户 iMedical 8.5之前的版本使用Caché。 2022年版本8.5发布并开始部署,它的底层是InterSystems IRIS。 - 场景二:独立的InterSystems IRIS实例或者InterSystems HealthShare InterSystems HealthShare是在IRIS平台上面构建的数据共享平台,用于多个医疗机构之间的数据共享,通常会由多个InterSystems IRIS实例组成。本文并不介绍HealthShare的具体技术,您如果是HealthShare的用户,可以通过本文了解单一的IRIS实例的监控。 - 场景三: 医院的集成平台Ensemble用户 从监控维护的角度讲,Ensemble和Health Connect对于医院用户其实是一个东西。Health Connect是最近一些年InterSystems公司对医疗行业使用的Ensemble的一个产品名称。在后面的文章里, 我会只用Ensemble这个名字。 ### 什么是系统监控 简单说,监控工作基本就两块: 1. 监控告警和日志 简单的说,当系统有需要管理员关注的事件发生时,管理员可以及时得到通知。关注的事件通常包括底层的告警,比如CPU占用或者数据库组件出错,或者上层应用的事件,比如一个消息队列太长了。 2. 指标的测量 如果要监控的系统本身有完美的日志和告警通知,那么指标的检测就不那么重要。但实际场景中,用户不仅要检测客户化的上层应用指标,也希望看到底层的指标值,哪怕仅仅是为了展示。 这时候,就需要一个好的指标测量的方案。这里“好的方案”的意思是稳定,易于维护,容易客户定制化的修改。 ### 本文章的组织和您可能感兴趣的内容 如果您是新手,请让我先来强调一下IRIS, Caché和Ensemble的区别 - IRIS, Cache'是开发平台,而不仅仅是数据库。 ​ 举例来说,iMedical的生产环境有很多“应用服务器”,它们是一个个单独部署的Caché实例。它们并不存数据,而仅仅是应用。因此对Caché应用服务器的监控肯定是和数据服务器是不一样的。 - Ensemble是一个应用 Ensemble是在Caché平台上的开发出的消息引擎框架(framework)。它内置了很多用于消息分发传递的组件,用于搭建一个消息引擎。如果只用内置的组件,那么Ensemble几乎可以被看成一个应用。但现实实施中,程序员会使用已有的组件,适配器等开发定制化的组件,这时候Ensemble就是一个开发框架。 无论如何,Ensemble是工作在Cache'或者IRIS之上的,所以Ensemble的维护人员一定要先学维护Cache'或者IRIS。 综上所述, InterSystems产品的监控包括 - IRIS或者Caché的监控(适用于上面所有3个场景的维护人员),包括的内容 - [IRIS,Caché健康检查](./IRIS和Caché健康检查建议.md) - [IRIS,Caché的日志和错误]() - [指标(metrics)的监控] - 数据库性能的监控(适用于场景一,场景二的维护人员) - SQL性能的监控 - 索引的使用情况的监控 - Ensemble的监控(适用于上面场景三的维护人员), 包括 - Ensemble的日志和错误]() - Ensemble的消息统计 除了最基本的监控有关的工作,文章内容里还会包括最基本的和系统健康检查,提交测试报告的内容。也会介绍一些工具,比如SNMP, InterSystems SAM等等。我在工作中了解的一些用户的好的方案,实现等等, 也会和各位分享。 请看下一篇 [IRIS, Caché监控指导(1)-健康检查](https://cn.community.intersystems.com/post/iris-cach%C3%A9%E7%9B%91%E6%8E%A7%E6%8C%87%E5%AF%BC-%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E5%81%A5%E5%BA%B7%E6%A3%80%E6%9F%A5)
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Claire Zheng · 一月 4

【GS22 视频】数字医疗的未来:经济、消费主义与技术

这是InterSystems 2022年全球峰会上InterSystems 医疗行业负责人 Don Wooklock 的分享,他认为,在数字医疗发展如火如荼的当下,经济、消费主义和技术三股力量正在推动医疗行业快速变革。我们面临着压力,但更多的是机遇,利用好市场能量,在具备变革精神的医疗卫生行业中,全力以赴!
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Claire Zheng · 一月 4

【GS22 视频】智能数据编织:重塑数据利用方式,激活创新!

InterSystems 2022年全球峰会上,InterSystems 数据平台负责人 Scott Gnau解读了智能数据编织(smart data fabric)及其实现方式。Scott 同时也是一位钢笔收藏家,他分享了自己学习收藏的过程,认为这种过程与智能数据编织有着异曲同工之妙。InterSystems IRIS数据平台的诸多优秀能力可以帮助用户实现智能数据编织,重塑数据利用方式!
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Claire Zheng · 一月 4

InterSystems IRIS数据平台支持多少种开发语言?

多种开发技术,令开发人员随心所愿!
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Claire Zheng · 一月 4

【CHIMA报道】香港大学深圳医院:通过一体化系统推动数字化转型与智慧医院建设

2022年,香港大学深圳医院迎来建院十周年。作为深港合作医疗平台和公立医院改革试点,医院是由深圳市政府全额投资,并引进香港大学现代化管理模式的大型综合性公立医院。十年来,医院全力打造集“医、教、研、管”为一体的四个粤港澳大湾区国际化中心,2021年7月成为国家公立医院高质量发展试点医院,2021年12月成为国家建立健全现代医院管理制度试点医院。目前,医院正在探索改革创新路径,全面配合公立医院高质量发展对信息化建设提出的需求。 香港大学深圳医院设立了绿色医院建设内涵,从绿色生态建筑的设计、到建筑智能化的应用、再到各类医疗信息系统的实施,医院践行可持续发展的建设理念。数字化转型是公立医院医院高质量发展的必由之路。十年间,医院在打造公立医院高质量发展路径过程中,借助信息技术推动数字化转型,探索智慧医院建设,不断提升医疗质量和效率,优化医院内部医疗资源配置,改善人民群众就医感受。 推行绿色医疗,开展数字化转型 作为深圳市首家去编制的公立医院,自成立伊始,香港大学深圳医院以“绿色医疗理念”为指导,引入香港公立医院管理模式,成为深圳市乃至全国公立医院改革的先锋。 香港大学深圳医院的绿色医疗涵盖八大主题:绿色办医,公平公正;绿色管医,廉洁高效;绿色行医,专业行政;绿色治安,持续改进;绿色文化,关爱慈善;绿色科技,智慧领跑;绿色建筑,节能降耗。 其中,“绿色科技,智能领跑”这一主题涉及到信息化建设,香港大学深圳医院通过构建一体化系统,探索出数字化转型四条特色路径。 1.通过新一代集成平台构建一体化业务系统 医院开业之初,采用了7+1的集成平台系统架构模式,为医院发展提供了重要的信息化支撑。但是该集成平台设计较早,在流程中没有考虑队列问题,不利于数据流通。同时,旧系统每天的消息吞吐量达到500多万条,要求每分钟每个业务系统处理要达到200条才能处理完,否则会对数据传输造成影响。基于此,医院期望在高效传输协议和标准化方面做一些探索和实践。经过深入调研后,医院于2021年1月份启动新一代集成平台建设。新一代集成平台于2021年8月份整体上线,构建了以InterSystems高性能数据平台为核心的一体化业务系统,新一代集成平台通过InterSystems数据平台先进的互操作能力、高度可扩展能力以及对国际数据标准(如HL7 V2和FHIR)的深度支持,实现了数据的标准化、规范化和一体化,加强了患者主索引(EMPI)和主数据词典(MDM)的建设,进一步完善了患者信息档案,实现了统一身份登录认证,推动数据互联互通和共享。 医院信息平台技术架构 香港大学深圳医院的集成平台分为内网和外网,两者数据是互通的,通过授权、安全访问机制、API管理,向患者提供标准化医疗服务。主要有两方面的业务协同。 第一是院内业务系统协同,是业务信息系统交换的核心组件。内网通过多种传输协议和技术,在不改变原有业务系统自身协议的情况下,进行数据对接和互联互通。其主要核心功能包括数据在消息流转的过程中,完成数据整个格式和内容的转换和调整。比如新一代集成平台可以把HL7 V2的协议转换为FHIR的文档,当医生在日常工作中需要浏览检查检验申请单或传输患者病历时,因病历内容很长,如果用HL7 V2或V3协议,传输的数据量非常大,传输也会比较慢。借助新一代集成平台,医院可以将需要传输的内容通过FHIR进行转换,从而将传输内容大幅缩短,大幅提高了传输效率,使数据流转更畅通。 InterSystems对FHIR的深度支持可以让香港大学深圳医院无缝地完成多数据模型的格式转换,从而实现整个异构数据类型的整合以及不同应用系统之间的交互服务,缩短了业务开发周期,聚焦到业务应用。 院内总线 第二,互联网业务和院内业务系统的协同,需要整合应用系统的数据或服务,实现单个或多个应用的场景。和单纯院内系统协同不同的是,当互联网医院的业务涉及和第三方系统以及互联网医疗一些商用平台对接的时候,医院一般不开放直接数据库,都是通过接口的方式,在内网的集成平台和外网的集成平台进行数据交互,再通过外网的集成平台提供对外的数据访问服务,InterSystems也提供了安全访问机制,用于平台对外提供各种数据服务。 院外总线 2.探索数字化转型四条路径 作为首家深港合作医院,医院的立足点是以深圳为中心,借助信息技术,向粤港澳大湾区的疑难重症患者提供高质量的诊疗救治服务。依据这一立足点,香港大学深圳医院探索了数字化转型的四条路径。 第一,基于目前已经开展的港澳药械通服务,在全国首次探索实现跨境药械SPG供应链追溯数据互联互通。目前医院建立了跨境药械SPG供应链,将国外药企的生产企业、经营企业、第三方物流公司,和医院的三方供应链联通,构建供应链平台,将供应的物资及时提供给医院,积极开展精细化的运营管理,包括跨界药械的申请、采购、进口、配送、使用以及不良反应监测的全过程监控、追溯,实现大湾区临床急需药品器械来源可溯,去向可追,使用可控,责任可纠。 第二,跨境医疗服务的健康数据共享。这个主要是探索跨境医疗服务的应用模式,目前医院和香港医管局在进行一个名为在院患者特别支援诊疗计划的合作。该合作于2020年11月份启动,由香港医管局授权,医院对在粤的香港患者进行后续诊疗复诊服务。香港医管局会把这些患者的病历提供给医院,实现了整个医疗健康档案的跨境应用,推进整个粤港澳湾区一体化的健康数据共享以及互联互通。 第三,加速推动新兴技术和医疗服务的深度融合。医院借助大数据、互联网、AI语音等信息技术,依托云计算、5G通信技术,并基于现有的院内信息系统,构建统一的数据存储平台。同时,医院还探索了全语音驱动操作机器人在智慧病房的应用。 第四,推动数据的创新应用。主要是结合医院重点医疗学科建设,把就诊的每个环节标准化、规范化,包括拆分和数字化。医院结合先进的信息技术,对这些数据提炼应用,帮助院内各流程提能、增效。医院也会和一些大学、企业、研究机构合作,形成产、学、研合作中心,把每个治疗环节和整个服务,应用信息技术,提升到较高的境界,为医院医疗服务提供更多支撑。 香港大学深圳医院在进行数字化转型过程中,逐步探索出符合医院管理模式、运营模式和业务模式的智慧医院建设方式,主要包括以下三点:第一,以智慧医院建设为抓手,加快和推进公立医院的高质量发展;第二,以信息化技术手段为路径,全面推动很多业务落地;第三,以远程医疗服务为支点,推进医疗服务的融会贯通,树立粤港澳大湾区医疗服务创新标杆。 规划智慧医院建设四个方向 在逐步推动医院数字化转型过程中,香港大学深圳医院根据公立医院高质量发展的要求,开展了三位一体智慧医院建设,打造具有中国特色的国内顶尖、国际一流的智慧医院样板,实现了流程无纸化、业务智能化、管理精细化、服务人性化。医院规划了智慧医院建设的四个方向。 第一,针对智慧医疗,围绕电子病历评级应用水平分级、以及互联互通的标准化成熟度等级评测等要求进行信息化建设,开展以评促建的升级改造服务。通过信息技术,实现院内流程闭环、互联互通和信息共享,完善医疗服务体系,构建线上线下、院内院外一体化医疗服务体系。 第二,针对智慧服务,将5G技术贯穿于整个院前、院中、院后的诊疗环节,加快5G在疫情预警、院前急救、实施会诊、远程手术以及医院和香港的跨境医疗等智慧医疗服务的应用,打造未来创新医疗服务中心。 第三,针对智慧管理,建设数字化医疗质量评价促进中心,上线国家三级公立医院绩效考核系统和智慧后勤的楼宇监测系统,加强运营管理监测,进行全方位驱动医院管理效能的提升。 第四,结合大数据、人工智能等新兴技术构建医院的数字大脑,建设医疗运营数据中心、科研数据中心和影像数据中心的主题数据库,设立多维度早期预警,实现敏感指标的监控,为智慧医院建设平台提供支撑。 通过这四项措施,香港大学深圳医院实现了智慧管理,构建了数字孪生的智慧医院。 未来,香港大学深圳医院将按照“高起点、高水平、高质量”的标准持续推进数字化转型,开展下一个十年的智慧医院建设:通过运用大数据、云计算、AI人工智能、物联网、移动互联网、5G等新技术,医院将持续创新各类医疗应用场景,实现“流程无纸化、业务智能化、管理精细化、服务人性化”的高质量医院管理体系;通过高质量医院建设,构建连接、共享、协同的粤港澳大湾区医疗服务体系,探索医疗改革,促进湾区融合。 如何应对医院信息科日常面临的两大挑战 系统选型以及团队建设是医院信息科日常面临的两大挑战,香港大学深圳医院也给出了自己的特色践行方案: 1.如何进行系统服务商选型 香港大学深圳医院信息系统选型标准有四个: 第一, 在医疗信息化领域位列前三甲,并在行业深耕的HIT厂商,通常排名靠前的厂商具有更好的专业背景、行业前瞻性以及更为完整的解决方案; 第二, 在本地有完善的实施和售后团队的,能够及时响应医院需求,并对医院需求进行定制化开发;更重要的是,成熟的实施和售后团队能够将业务和技术互联互通,协助信息科有效甄别临床的“真伪需求”,提供恰当的解决方案; 第三, 有专业和强大的技术研发团队,保障该厂商在医疗行业的可持续投入和发展; 第四, 双方要建立深入的战略合作,确保对系统/信息化目标达成共识,形成合力。 2.如何进行进行信息科的团队建设 香港大学深圳医院负责信息化建设的部门命名为信息资讯科技部(Information Technology Department),团队共26人,分为软件服务组、硬件服务组、数据安全组、项目管理组和行政服务组5个小组。在团队建设方面,信息资讯科技部负责人主要采取了以下措施: 第一, 把握好自己的角色,了解团队成员的性格、能力和习惯,以人为本进行任务安排; 第二, 有效的团队沟通,和团队成员建立良好的沟通机制,授人以渔,给予充分的发展空间,通过每个小组A、B角色安排,兼顾任务与个人能力发展; 第三, 掌握好批评和表扬,通过表扬激发团队的斗志,通过数据说话呈现工作欠缺,批评不针对个人,而是针对事件,指出调整方向; 第四, 对团队成员充分信任,同时让每位团队成员树立责任感;真正做到用人不疑,疑人不用; 第五, 合理分配和安排工作,保障工作完成的时间和质量。时间紧急的,需要找经验丰富的团队成员完成,时间不紧急的可以找希望往这方面发展的团队成员。
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Michael Lei · 十二月 27, 2022

FHIRDrop、FHIRBox - 到 FHIR® 的托管文件传输

一个简单的生产配置,使 FHIR 交易捆绑包能够通过 Box 和 Dropbox 加载到 InterSystems® FHIR® 服务器中。使用包含的 MFT 连接组件和 14 行自定义业务流程,此生产配置会将您的交易捆绑包处理到 FHIR 资源,以便立即使用,就像哈利·波特的魔法一样。 我首先会展示该生产配置的短视频导览、MFT 连接以及 IRIS 上 Box 和 Dropbox 的 Oauth2 应用配置,接下来循序渐进地展示一些步骤,让您使用您喜欢的任何 MFT 供应商以及您选择的任何工作流程、桌面、API 或 Web 控制台拖放操作。 一些陷阱: OAUTH2 回调需要使用 IRIS 的 SSL 端点来提供重定向… 最好在 Health Connect Cloud 上尝试一下! Dropbox for Business 在基于团队的令牌方面面临挑战,个人 Dropbox 则运行良好。 这不是无法忍受的情形,但需要一些耐心。 配置 MFT 连接时,注意 Dropbox 的 baseurl 上的“/”(确保它存在)。 对于 Box 和 DropBox 的路径,MFT 出站适配器都需要具有结尾“/”。 现在,鉴于以上获奖的 OBS 支持的内容可能有不足之处,如果 InterSytems 文档还不够,下面是需要遵循的步骤。 步骤概览: 将 FHIRDrop 或 FHIRBox 应用创建到一个点,然后停止! (协作和倾听) 在您的 InterSystems FHIR 服务器、HealthConnect 或 I4H 上配置 MFT 连接。 完成您的 FHIRDrop 或 FHIRBox 应用,提供来自 MFT 连接的重定向 URL。 授权您的 MFT 连接。 构建您的生产配置。 正常拖放 创建 FHIRDrop 或 FHIRBox 应用 这里的想法是在每个 Box 和 Dropbox 开发者控制台中“开始”您的应用配置,这会让您看到客户端 ID 和客户端密码,然后让选项卡挂起并移动到 IRIS MFT 连接。 (协作和倾听)只需收集您的客户端 ID 和客户端密码,挂起浏览器选项卡,然后继续: 配置 MFT 连接 基 URL:https://api.box.com/2.0 基 URL:https://api.dropboxapi.com/2/(注意结尾斜杠) 完成应用注册 现在,回到应用注册并完成应用。确保插入上述步骤中的重定向 URL,并添加与 file.read、file.write 有关的范围。 授权您的托管文件传输连接 回到您的托管文件传输连接并通过调用“Get Access Token”(获取访问令牌)来“授权”连接。 构建您的生产配置 生产配置 以下是自定义业务流程,生产配置的源代码:https://gitlab.com/isc_cloud/fhir-drop-fhir-box-mft-2-fhir 正常拖放! 现在,获取 FHIR! ![图片](/sites/default/files/inline/images/gar.png)
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Claire Zheng · 十二月 22, 2022

直播预告 | 卫生健康信息标准应用管理培训班 (第二期)

2022年12月24日-25日,卫生健康信息标准应用管理培训班 (第二期)将于线上举办,此次培训班由国家卫生健康委统计信息中心指导、由《中国卫生信息管理杂志》社、深圳市卫生健康信息协会主办,InterSystems协办。详细日程请点击此处了解。您可以通过以下方式参与: 报名观看(可申请学分) 视频号(可观看直播)
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Michael Lei · 十二月 13, 2022

InterSystems IRIS 嵌入式 Python 模板

嵌入式 Python 模板 今天你们分享一个简单的[嵌入式 Python 模板](https://openexchange.intersystems.com/package/iris-embedded-python-template),我建议将其作为任何使用 InterSystems IRIS 并将使用嵌入式 Python 的通用项目的起点。 功能: * 随时可用的嵌入式 Python; * 3 种嵌入式 Python 开发方式示例; * 随时可用的 VSCode 开发; * 支持 Docker; * 支持在线演示; * 随时可用的 ZPM 优先开发。 下面讨论一下这些功能! 我们先来谈谈嵌入式 Python。 此功能在 InterSystems IRIS 2021.2 中提供,它允许使用 InterSystems IRIS 通过 Python 开发解决方案。 IRIS 2021.2 及以上版本允许使用 InterSystems IRIS 在共享内存环境中执行 Python 脚本,这为 Python 开发者在使用代码与数据相近的数据库时提供了独特的选项。  ### 3 种使用嵌入式 Python 进行开发的模式 ### **从 ObjectScript 调用 Python 库** 此操作因 [%SYS.Python](https://docs.intersystems.com/irislatest/csp/documatic/%25CSP.Documatic.cls?&LIBRARY=%25SYS&CLASSNAME=%25SYS.Python) 类而变为可能,该类允许导入 Python 库并通过 ObjectScirpt 调用 Python。 [文档](https://docs.intersystems.com/irisforhealthlatest/csp/docbook/DocBook.UI.Page.cls?KEY=AEPYTHON#AEPYTHON_callpython_library)、[示例](https://github.com/intersystems-community/iris-embedded-python-template/blob/be578226b7a0c583df1f7b693b1bdae074efb1bd/src/dc/python/PersistentClass.cls#L17)。 请查看以下代码: <span class="hljs-keyword">ClassMethod</span> Today() <span class="hljs-keyword">As</span> <span class="hljs-built_in">%Status</span> { <span class="hljs-keyword">Set</span> sc = <span class="hljs-built_in">$$$OK</span> <span class="hljs-keyword">Set</span> dt = <span class="hljs-keyword">##class</span>(<span class="hljs-built_in">%SYS.Python</span>).Import(<span class="hljs-string">"datetime"</span>) <span class="hljs-keyword">write</span> dt.date.today().isoformat() <span class="hljs-keyword">Return</span> sc } ### 使用 Python 编写 ObjectScript 类方法 事实上,现在开发者可以使用纯 Python 在方法签名和代码中添加 [Language=python] 标签。 还有一个辅助 Python 库“iris”,可以用于引用 ObjectScript 类和全局变量。 [文档](https://docs.intersystems.com/irisforhealthlatest/csp/docbook/DocBook.UI.Page.cls?KEY=AEPYTHON#AEPYTHON_runpython_method)、[示例](https://github.com/intersystems-community/iris-embedded-python-template/blob/224be7f5bf80ea0f588f555c7f9e8c8d10c90c10/src/dc/python/PersistentClass.cls#L17)、示例代码: ClassMethod CreateRecordPython(propValue As %VarString, ByRef id As %Integer) [ Language = python ] { <span class="hljs-keyword">import</span> iris obj=iris.cls(__name__)._New() obj.Test=propValue sc=obj._Save() id=obj._Id() <span class="hljs-keyword">return</span> sc } ### 使用纯 Python 编写 InterSystems IRIS 解决方案代码 这是开发者可以选择的第三种处理 IRIS 的方式。  这里,Python 脚本需要连接到 IRIS,此操作可以通过环境变量和设为“On”的 CallIn 服务来完成,请参见下面的详细信息。 设置完后,使用 IRIS 在共享内存中执行 Python 脚本。 在这里,“iris”库也非常有用。 [文档](https://docs.intersystems.com/irisforhealthlatest/csp/docbook/DocBook.UI.Page.cls?KEY=AEPYTHON#AEPYTHON_runpython_script)、[示例](https://github.com/intersystems-community/iris-embedded-python-template/blob/master/python/irisapp.py)。  <span class="hljs-function"><span class="hljs-keyword">def</span> <span class="hljs-title">create_rec</span><span class="hljs-params">(var)</span>:</span> obj=iris.cls(<span class="hljs-string">'dc.python.PersistentClass'</span>)._New() obj.Test=var obj._Save() id=obj._Id() <span class="hljs-keyword">return</span> id <span class="hljs-comment"># test record creation</span> <span class="hljs-keyword">from</span> datetime <span class="hljs-keyword">import</span> datetime now=str(datetime.now()) print(<span class="hljs-string">"Creating new record in dc.python.PersistentClass"</span>) print(create_rec(now)) <span class="hljs-comment">## run SQL and print data</span> <span class="hljs-function"><span class="hljs-keyword">def</span> <span class="hljs-title">run_sql</span><span class="hljs-params">(query)</span>:</span> rs=iris.sql.exec(query) <span class="hljs-keyword">for</span> idx, row <span class="hljs-keyword">in</span> enumerate(rs): print(<span class="hljs-string">f"[<span class="hljs-subst">{idx}</span>]: <span class="hljs-subst">{row}</span>"</span>) query=<span class="hljs-string">"Select * from dc_python.PersistentClass"</span> print(<span class="hljs-string">"Running SQL query "</span>+query) run_sql(query) ### 支持 Docker 模板仓库在容器中运行 IRIS,并设置嵌入式 Python 调整所需的所有内容。  环境变量。 嵌入式 Python 需要设置特定的环境变量来连接到 IRIS 并运行 Python 脚本。 下面是 [dockerfile](https://github.com/intersystems-community/iris-embedded-python-template/blob/be578226b7a0c583df1f7b693b1bdae074efb1bd/Dockerfile#L13-L17) 中有帮助的设置: # init Python env ENV PYTHON_PATH=/usr/irissys/bin/irispython ENV SRC_PATH=/irisrun/repo ENV IRISUSERNAME "SuperUser" ENV IRISPASSWORD "SYS" ENV IRISNAMESPACE "USER" 此外,嵌入式 Python 需要将 CallIn 服务设为“on”,此操作在构建 docker 的阶段在 [iris.script](https://github.com/intersystems-community/iris-embedded-python-template/blob/224be7f5bf80ea0f588f555c7f9e8c8d10c90c10/iris.script#L7) 中完成: <span class="hljs-comment">; enabling callin for Embedded Python</span> <span class="hljs-keyword">do</span> <span class="hljs-keyword">##class</span>(Security.Services).Get(<span class="hljs-string">"%Service_CallIn"</span>,.prop) <span class="hljs-keyword">set</span> prop(<span class="hljs-string">"Enabled"</span>)=<span class="hljs-number">1</span> <span class="hljs-keyword">set</span> prop(<span class="hljs-string">"AutheEnabled"</span>)=<span class="hljs-number">48</span> <span class="hljs-keyword">do</span> <span class="hljs-keyword">##class</span>(Security.Services).Modify(<span class="hljs-string">"%Service_CallIn"</span>,.prop) 另外,您的解决方案可能需要安装一些 Python 库。 这通过仓库根目录中的 [requirements.txt](https://github.com/intersystems-community/iris-embedded-python-template/blob/master/requirements.txt) 和 [dockerfile](https://github.com/intersystems-community/iris-embedded-python-template/blob/224be7f5bf80ea0f588f555c7f9e8c8d10c90c10/Dockerfile#L22) 中的 pip3 调用来实现: pip3 install -r requirements.txt && \ ### 随时可用的 VSCode 开发 使用 docker 在 VSCode 中开发非常方便。 如果想要在 docker IRIS 解决方案中使用嵌入式 Python 进行开发,VSCode 需要切换到 [Devcontainer 模式](https://code.visualstudio.com/docs/remote/containers)。 为此,将 [devcontainer.json 文件](https://github.com/intersystems-community/iris-embedded-python-template/blob/master/.devcontainer/devcontainer.json)添加到 .devcontainer 文件夹中。 该文件描述了需要使用的 docker 服务(本例中为 iris),这可以帮助在 VSCode 中运行 Python 脚本,这些脚本将由在容器中运行的 IRIS 使用的 Python 引擎提供服务。 devcontainer.json 文件还有一个部分,其中说明了需要在容器模式下使用哪些[扩展](https://github.com/intersystems-community/iris-embedded-python-template/blob/224be7f5bf80ea0f588f555c7f9e8c8d10c90c10/.devcontainer/devcontainer.json#L43): "extensions": [ "ms-python.python", "ms-python.vscode-pylance", "intersystems-community.vscode-objectscript", "intersystems.language-server", "intersystems-community.servermanager", "ms-vscode.docker" ], ### 通过 ZPM 安装嵌入式 Python 解决方案 此模板被设置为“ZPM 优先”开发仓库。 这意味着所有开发代码都已在 module.xml 中介绍,并且每次构建 docker 镜像时都作为 ZPM 模块安装,开发者每次编码时都在 iris.script 中使用[以下行](https://github.com/intersystems-community/iris-embedded-python-template/blob/224be7f5bf80ea0f588f555c7f9e8c8d10c90c10/iris.script#L13)开头: zpm "load /home/irisowner/irisbuild/ -v":1:1 ZPM 模块中还介绍了嵌入式 Python 代码,它通过 [FILECOPY](https://github.com/intersystems-community/iris-embedded-python-template/blob/224be7f5bf80ea0f588f555c7f9e8c8d10c90c10/module.xml#L11) 进行安装: <FileCopy Name="python/" Target="${libdir}python/"/> 此表达式表示,我们想要将所有 Python 脚本打包在仓库中的 /python 文件夹下,并将其安装在目标 IRIS 安装程序的 libdir 的 python/ 文件夹中。 如果将 Python 脚本复制到 ${libdir}python/ 文件夹下,则可以在目标 IRIS 机器中通过 ObjectScirpt 或 Python 对其进行导入调用。 _**注意: 确保您的文件夹名称唯一,以免意外替换其他 Python 代码。**_ 希望该模板对您有用。 欢迎提供反馈,尤其是拉取请求!
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Michael Lei · 十二月 9, 2022

基于 IRIS SQL高级功能实现 CI/CD的技术原理和指导

在数量众多、形形色色的 SQL 数据库市场中,InterSystems IRIS 作为一个超越 SQL 的平台脱颖而出,它提供无缝的多模型体验,支持丰富的开发范式。 特别是,先进的对象-关系引擎已经帮助组织为其数据密集型工作负载的每个方面使用了最适合的开发方式,例如在通过对象获取数据并同时通过 SQL 查询数据。 持久类与 SQL 表相对应,其属性与表中的各列相对应,可以使用用户定义的函数或存储过程轻松访问业务逻辑。 在这篇文章中,我们将深入了解表面之下的一点底层技术,讨论它可能如何影响您的开发和部署方式。 这是我们计划发展和改进的产品领域,因此请不要犹豫,在下面的评论区分享您的观点和体验。 保存存储定义 {Saving the Storage Definition} 编写全新的业务逻辑很容易,而且假如您有定义明确的 API 和规范,那么调整或扩展通常也很容易。 但是,当它不仅仅是业务逻辑,还涉及持久化数据时,从初始版本更改的任何内容都将需要能够妥善处理通过早期版本获取的数据。 在 InterSystems IRIS 上,数据和代码在一个高性能引擎中共存,没有您在其他 3GL 或 4GL 编程框架中可能看到的六个抽象层。 这意味着,在使用默认存储时,只有一个非常薄且透明的映射将您的类属性映射到每行数据Global节点的 $list 位置。 如果想添加或移除属性,您不希望已移除的属性中的数据显示在新属性下。 类属性的这个映射是由存储定义进行处理的,这是一个您可能已经在类定义的底部注意到的神秘XML 块。 首次编译类时,将根据该类的属性和参数生成新的存储定义。 当您对类定义进行更改后,在重新编译时,这些更改将与现有存储定义进行协同和修正,以便与现有数据保持兼容。 因此,当您试着重构类时,存储定义会仔细考虑您之前做的事情,并确保新旧数据都可以访问。 我们称之为**Schema 演进**。 在其他大多数 SQL 数据库中,表的物理存储是不透明的,如果可见的话,并且只能通过类似 `ALTER TABLE` 语句进行修改。 这些都是标准 DDL(数据定义语言)命令,但表达能力比直接在 IRIS 上修改类定义和过程代码要差很多。 InterSystems 致力于让 IRIS 开发者能够干净利落地分离代码和数据,因为这对于确保应用程序的顺利打包和部署至关重要。 存储定义在这方面发挥着独特的作用,因为它可以捕获两者之间的映射方式。 这就是值得在传统开发和 CI/CD pipeline不同实践的背景下对其进行深入研究的原因。 导出为通用描述语言 Universal Definition Language 如今,源代码管理是以文件为基础的,所以我们先来看看 IRIS 的主要文件导出格式。 顾名思义,通用描述语言UDL意味着您在 InterSystems IRIS 上编写的所有代码的文件格式是通用的。 这是使用 VS Code ObjectScript 插件时的默认导出格式,并产生易于读取的文件,该文件与您在 IDE 中看到的内容几乎完全相同,并且您的应用程序中的每个类(表)都有一个单独的 .cls 文件。 您可以使用$SYSTEM.OBJ.Export 或者是用 VS Code 插件来创建 UDL 文件。 在Studio的时代,您可能还记得一种 XML 格式,它会捕获与 UDL 相同的信息,并允许将多个类分组到一个导出中。 虽然这种格式在某些场景中很方便,但在读取和跟踪不同版本之间的差异时却不太实用,因此我们暂时将其忽略。 由于 UDL 旨在捕获 IRIS 可以表达的关于类的所有内容,它会包含类定义的所有元素,包括完整的存储定义。 在导入已包含存储定义的类定义时,IRIS 会验证该存储定义是否涵盖该类的所有属性和索引,如果是,只需按原样接受并覆盖该类先前的存储定义即可。 这使得 UDL 成为一种管理类及其存储定义版本的实用格式,因为无论您将它部署到何处,它都会保留通过先前版本的类获取的数据的向后兼容性。 如果您是一位硬核开发者,您可能想知道这些存储定义是否会不断增长,是否需要无限期地携带这些“包袱”。 存储定义的目的是保持与预先存在的数据的兼容性,因此如果您知道没有这些数据,并且希望摆脱冗长的兼容和继承关系,则可以通过从类定义中移除存储定义并让类编译器重新生成来“重置”存储定义。 例如,您可以使用它来利用新的最佳实践,比如扩展集的使用,它们会实现经过哈希处理的Global名称,并将每个索引分离到自己的全局名称中,从而提高效率。 为了在应用程序内实现向后兼容性,我们不能在 %Persistent 超类中统一更改此类默认值(但我们在使用 `CREATE TABLE` DDL 命令从头开始创建表时会应用它们),因此定期检查类及其存储是很有价值的。 用户也可以直接编辑存储定义 XML文件,但应格外小心,因为这可能会导致现有数据无法访问。 存储定义会提供类之间的智能映射,并随着Schema的演进而自动调整。 还有什么? 静态还是动态? 您可能知道,InterSystems IRIS SQL 引擎充分利用表统计信息来确定用户执行的任何给定语句的最佳查询计划。 表统计信息包括表大小、值在列中的分布方式等指标。 此信息可以帮助 IRIS SQL 优化器确定哪个索引最有用,按何种顺序连接表等,因此直观地说,统计信息越新,优化查询计划的机会就越大。 遗憾的是,直到我们在 IRIS 2021.2 中引入快速块采样之前,收集准确的表统计信息一直是一项计算成本高昂的操作。 因此,当客户将同一应用程序部署到数据模式基本相同的许多环境中时,有必要考虑应用程序代码中的表统计信息部分并将其包含在表定义中。 这就是如今在 IRIS 上您会发现存储定义内嵌入了表统计信息的原因。 通过手动调用 `TUNE TABLE` 收集表统计信息或通过查询(见下文)隐式收集表统计信息时,新统计信息会写入存储定义,此表的现有查询计划将失效,因此它们可以在下次执行时利用新统计信息。 由于它们是存储定义的一部分,这些统计信息将是 UDL 类导出的一部分,因此会出现在源代码存储库中。 如果是经过仔细审查的已打包应用程序的统计信息,这是可取的,因为您会希望这些特定的统计信息能够推动生成所有应用程序部署的查询计划。 从 2021.2 开始,当查询一个根本没有任何统计资料且符合快速块采样条件的表时,IRIS会在查询计划开始时自动收集表的统计数据。在我们的测试中,使用最新的统计数据对比完全没有统计数据而言的好处,明显大于即时收集统计数据的成本。然而,对于一些客户来说,这会有一些副作用,即在开发人员的实例上自动收集的统计数据最终出现在源控制系统的存储定义中,并最终出现在打包的应用程序中。很明显,该开发者环境中的数据以及其上的统计数据可能无法代表真正的客户部署,并导致次优的查询计划。 这种情况可以轻松避免。 可以在调用$SYSTEM.OBJ.Export()时使用 `/exportselectivity=0` 限定符,在类定义导出中排除表统计信息。 可以使用$SYSTEM.OBJ.SetQualifiers("/exportselectivity=0")配置此标志的系统默认值。 然后,可以由最终部署中的自动收集来决定如何获取代表性的统计信息,将明确的统计信息收集作为部署过程的一部分,这会覆盖应用程序可能打包的任何内容,或者通过它们自己的导入/导出函数单独管理表统计信息:$SYSTEM.SQL.Stats.Table.Export()和 Import()。 从长远来看,我们打算将表统计信息移到数据中,而不是作为代码的一部分,并且更清晰地区分开发者明确定义的统计信息与从实际数据中收集的统计信息。 此外,我们正在计划实现更大程度的自动化,以根据表数据随时间的变化情况定期更新这些统计信息。 总结 在这篇文章中,我们概述了存储定义在 IRIS 对象-关系引擎中的作用,它如何支持Schema的演进,以及将其包含在源代码管理系统中的意义。 我们还介绍了目前将表统计信息存储在该存储定义中的原因,以及为了确保您的应用程序部署最终具有代表实际客户数据的统计信息而建议的开发做法。 如上所述,我们计划进一步增强这些功能,因此我们期待您对当前功能和计划功能提供反馈意见并适当优化我们的设计。
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Michael Lei · 十二月 7, 2022

ECP 与 Docker

大家好! 这是关于使用 Docker 初始化 IRIS 实例的系列文章中的第三篇。 这次,我们将关注企业缓存协议(**E**nterprise **C**ache **P**rotocol,ECP)。 ECP 允许以一种非常简单的方式将某些 IRIS 实例配置为应用程序服务器,将其他实例配置为数据服务器。 有关详细的技术信息,请参阅官方文档。 本文旨在介绍: * 如何编写数据服务器的初始化脚本,以及如何编写一个或多个应用程序服务器的初始化脚本。 * 如何使用 Docker 在这些节点之间建立加密连接。 为此,我们通常使用我们在以前的 Web 网关中已经看到的一些工具,以及描述 OpenSSL、envsubst 和 Config-API 等工具的镜像文章。 ## 要求 ECP 不适用于 IRIS 社区版。 因此,需要访问全球响应中心才能下载容器许可证并连接到 containers.intersystems.com 注册表。 ## 准备系统 系统必须与容器共享一些本地文件。 需要创建特定用户和组来避免出现“访问被拒绝”错误。 ```bash sudo useradd --uid 51773 --user-group irisowner sudo useradd --uid 52773 --user-group irisuser sudo groupmod --gid 51773 irisowner sudo groupmod --gid 52773 irisuser ``` 如果您还没有“iris.key”许可证,请从 WRC 下载,并将其添加到您的主目录中。 ## 检索示例存储库 除“iris.key”许可证外,您需要的所有其他文件都可以在公共存储库中找到,因此,首先将其克隆: ```bash git clone https://github.com/lscalese/ecp-with-docker.git cd ecp-with-docker ``` ## SSL 证书 为了加密应用程序服务器与数据服务器之间的通信,我们需要 SSL 证书。 可以使用现成的脚本(“gen-certificates.sh”)。 但是,您可以随意修改脚本,使证书设置与您的位置、公司等保持一致。 执行: ```bash sh ./gen-certificates.sh ``` 生成的证书现在位于“./certificates”目录中。 | 文件 | 容器 | 描述 | | ------------------------------ | ------------- | ---------------- | | ./certificates/CA_Server.cer | 应用程序服务器和数据服务器 | 机构服务器证书 | | ./certificates/app_server.cer | 应用程序服务器 | IRIS 应用程序服务器实例证书 | | ./certificates/app_server.key | 应用程序服务器 | 相关私钥 | | ./certificates/data_server.cer | 数据服务器 | IRIS 数据服务器实例证书 | | ./certificates/data_server.key | 数据服务器 | 相关私钥 | ## 构建镜像 首先,登录 Intersystems docker 注册表。 在构建期间,将从注册表中下载基础镜像: ```bash docker login -u="YourWRCLogin" -p="YourICRToken" containers.intersystems.com ``` 如果您不知道自己的Token,请使用您的 WRC 帐户登录 https://containers.intersystems.com/。 在此构建过程中,我们将向 IRIS 基础镜像添加一些软件实用程序: * **gettext-base**:它将允许我们使用“envsubst”命令替换配置文件中的环境变量。 * **iputils-arping**:如果我们想要镜像数据服务器,则需要使用此实用程序。 * **ZPM**:ObjectScript 软件包管理器。 [Dockerfile](https://github.com/lscalese/ecp-with-docker/blob/master/Dockerfile): ``` ARG IMAGE=containers.intersystems.com/intersystems/iris:2022.2.0.281.0 # Don't need to download the image from WRC. It will be pulled from ICR at build time. FROM $IMAGE USER root # Install iputils-arping to have an arping command. It's required to configure Virtual IP. # Download the latest ZPM version (ZPM is included only with community edition). RUN apt-get update && apt-get install iputils-arping gettext-base && \ rm -rf /var/lib/apt/lists/* USER ${ISC_PACKAGE_MGRUSER} WORKDIR /home/irisowner/demo RUN --mount=type=bind,src=.,dst=. \ iris start IRIS && \ iris session IRIS < iris.script && \ iris stop IRIS quietly ``` 此 Dockerfile 中除最后一行外没有什么特别之处。 它将 IRIS 数据服务器实例配置为最多接受 3 个应用程序服务器。 请注意,此配置需要重新启动 IRIS。 我们在构建过程中分配此参数的值,以避免稍后编写重新启动脚本。 开始构建: ```bash docker-compose build –no-cache ``` ## 配置文件 在配置 IRIS 实例(应用程序服务器和数据服务器)时,我们使用 JSON config-api 文件格式。 您会注意到这些文件包含环境变量 "${variable_name}"。 它们的值在“docker-compose.yml”文件的“environment”部分定义,我们稍后将在本文档中看到。 这些变量将在使用“envsubst”实用程序加载文件之前被替换掉。 ### 数据服务器 对于数据服务器,我们将: * 启用 ECP 服务并定义授权客户端(应用程序服务器)列表。 * 创建加密通信所需的“SSL %ECPServer”配置。 * 创建“myappdata”数据库。 它将用作来自应用程序服务器的远程数据库。 (data-serer.json)[https://github.com/lscalese/ecp-with-docker/blob/master/config-files/data-server.json] ```json { "Security.Services" : { "%Service_ECP" : { "Enabled" : true, "ClientSystems":"${CLIENT_SYSTEMS}", "AutheEnabled":"1024" } }, "Security.SSLConfigs": { "%ECPServer": { "CAFile": "${CA_ROOT}", "CertificateFile": "${CA_SERVER}", "Name": "%ECPServer", "PrivateKeyFile": "${CA_PRIVATE_KEY}", "Type": "1", "VerifyPeer": 3 } }, "Security.System": { "SSLECPServer":1 }, "SYS.Databases":{ "/usr/irissys/mgr/myappdata/" : {} }, "Databases":{ "myappdata" : { "Directory" : "/usr/irissys/mgr/myappdata/" } } } ``` 此配置文件由“init_datasrv.sh”脚本在数据服务器容器启动时加载。 连接到数据服务器的所有应用程序服务器都必须可信。 此脚本将在 100 秒内自动验证所有连接,以限制管理门户中的手动操作。 当然,可以对其进行改进以提高安全性。 ### 应用程序服务器 对于应用程序服务器,我们将: * 启用 ECP 服务。 * 创建通信加密所需的 SSL 配置“%ECPClient”。 * 配置与数据服务器的连接信息。 * 创建远程数据库“myappdata”的配置。 * 在“USER”命名空间中创建到“myappdata”数据库的全局映射“demo.*”。 它可以让我们稍后测试 ECP 的运行。 [app-server.json](https://github.com/lscalese/ecp-with-docker/blob/master/config-files/app-server.json): ```json { "Security.Services" : { "%Service_ECP" : { "Enabled" : true } }, "Security.SSLConfigs": { "%ECPClient": { "CAFile": "${CA_ROOT}", "CertificateFile": "${CA_CLIENT}", "Name": "%ECPClient", "PrivateKeyFile": "${CA_PRIVATE_KEY}", "Type": "0" } }, "ECPServers" : { "${DATASERVER_NAME}" : { "Name" : "${DATASERVER_NAME}", "Address" : "${DATASERVER_IP}", "Port" : "${DATASERVER_PORT}", "SSLConfig" : "1" } }, "Databases": { "myappdata" : { "Directory" : "/usr/irissys/mgr/myappdata/", "Name" : "${REMOTE_DB_NAME}", "Server" : "${DATASERVER_NAME}" } }, "MapGlobals":{ "USER": [{ "Name" : "demo.*", "Database" : "myappdata" }] } } ``` 配置文件由“[init_appsrv.sh](https://github.com/lscalese/ecp-with-docker/blob/master/init_appsrv.sh)”脚本在应用程序服务器容器启动时加载。 ## 启动容器 现在,我们可以启动容器: * 2 个应用程序服务器。 * 1 个数据服务器。 为此,请运行: docker-compose up –scale ecp-demo-app-server=2 请参阅 [docker-compose](https://github.com/lscalese/ecp-with-docker/blob/master/docker-compose.yml) 文件以了解详情: ``` # Variables are defined in .env file # to show the resolved docker-compose file, execute # docker-compose config version: '3.7' services: ecp-demo-data-server: build: . image: ecp-demo container_name: ecp-demo-data-server hostname: data-server networks: app_net: environment: # List of allowed ECP clients (application server). - CLIENT_SYSTEMS=ecp-with-docker_ecp-demo-app-server_1;ecp-with-docker_ecp-demo-app-server_2;ecp-with-docker_ecp-demo-app-server_3 # Path authority server certificate - CA_ROOT=/certificates/CA_Server.cer # Path to data server certificate - CA_SERVER=/certificates/data_server.cer # Path to private key of the data server certificate - CA_PRIVATE_KEY=/certificates/data_server.key # Path to Config-API file to initiliaze this IRIS instance - IRIS_CONFIGAPI_FILE=/home/irisowner/demo/data-server.json ports: - "81:52773" volumes: # Post start script - data server initilization. - ./init_datasrv.sh:/home/irisowner/demo/init_datasrv.sh # Mount certificates (see gen-certificates.sh to generate certificates) - ./certificates/app_server.cer:/certificates/data_server.cer - ./certificates/app_server.key:/certificates/data_server.key - ./certificates/CA_Server.cer:/certificates/CA_Server.cer # Mount config file - ./config-files/data-server.json:/home/irisowner/demo/data-server.json # IRIS License - ~/iris.key:/usr/irissys/mgr/iris.key command: -a /home/irisowner/demo/init_datasrv.sh ecp-demo-app-server: image: ecp-demo networks: app_net: environment: # Hostname or IP of the data server. - DATASERVER_IP=data-server - DATASERVER_NAME=data-server - DATASERVER_PORT=1972 # Path authority server certificate - CA_ROOT=/certificates/CA_Server.cer - CA_CLIENT=/certificates/app_server.cer - CA_PRIVATE_KEY=/certificates/app_server.key - IRIS_CONFIGAPI_FILE=/home/irisowner/demo/app-server.json ports: - 52773 volumes: # Post start script - application server initilization. - ./init_appsrv.sh:/home/irisowner/demo/init_appsrv.sh # Mount certificates - ./certificates/CA_Server.cer:/certificates/CA_Server.cer # Path to private key of the data server certificate - ./certificates/app_server.cer:/certificates/app_server.cer # Path to private key of the data server certificate - ./certificates/app_server.key:/certificates/app_server.key # Path to Config-API file to initiliaze this IRIS instance - ./config-files/app-server.json:/home/irisowner/demo/app-server.json # IRIS License - ~/iris.key:/usr/irissys/mgr/iris.key command: -a /home/irisowner/demo/init_appsrv.sh networks: app_net: ipam: driver: default config: # APP_NET_SUBNET variable is defined in .env file - subnet: "${APP_NET_SUBNET}" ``` ## 我们来测试一下! ### 访问数据服务器管理门户 容器已启动。 我们从数据服务器中检查一下状态。 端口 52773 映射到本地端口 81,因此可以使用此地址 [http://localhost:81/csp/sys/utilhome.csp](http://localhost:81/csp/sys/utilhome.csp) 进行访问 使用默认登录名\密码登录,然后转到 System -> Configuration -> ECP Params(系统 -> 配置 -> ECP 参数)。 点击“ECP Application Servers”(ECP 应用程序服务器)。 如果一切正常,您应该会看到 2 个状态为“Normal”(正常)的应用程序服务器。 客户端名称的结构为 "数据服务器名称":"应用程序服务器主机名":"IRIS 实例名称"。 本例中,我们没有设置应用程序服务器主机名,因此我们将获得自动生成的主机名。 ![应用程序服务器列表](https://raw.githubusercontent.com/lscalese/ecp-with-docker/master/img/app-server-list-en.png) ### 访问应用程序服务器管理门户 要连接到应用程序服务器的管理门户,首先需要获取端口号。 由于我们使用了“--scale”选项,我们无法在 docker-compose 文件中设置端口。 因此,必须使用 `docker ps` 命令检索它们: ``` docker ps -a CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREATED STATUS PORTS NAMES a1844f38939f ecp-demo "/tini -- /iris-main…" 25 minutes ago Up 25 minutes (unhealthy) 1972/tcp, 2188/tcp, 53773/tcp, 54773/tcp, 0.0.0.0:81->52773/tcp, :::81->52773/tcp ecp-demo-data-server 4fa9623be1f8 ecp-demo "/tini -- /iris-main…" 25 minutes ago Up 25 minutes (unhealthy) 1972/tcp, 2188/tcp, 53773/tcp, 54773/tcp, 0.0.0.0:49170->52773/tcp, :::49170->52773/tcp ecp-with-docker_ecp-demo-app-server_1 ecff03aa62b6 ecp-demo "/tini -- /iris-main…" 25 minutes ago Up 25 minutes (unhealthy) 1972/tcp, 2188/tcp, 53773/tcp, 54773/tcp, 0.0.0.0:49169->52773/tcp, :::49169->52773/tcp ecp-with-docker_ecp-demo-app-server_2 ``` 在本示例中,端口: * 49170,用于第一个应用程序服务器 http://localhost:49170/csp/sys/utilhome.csp * 49169,用于第二个应用程序服务器 http://localhost:49169/csp/sys/utilhome.csp ![数据服务器](https://raw.githubusercontent.com/lscalese/ecp-with-docker/master/img/data-server-status-en.png) ### 远程数据库上的读/写测试 我们在终端中执行一些读/写测试。 在第一个应用程序服务器上打开一个 IRIS 终端: ``` docker exec -it ecp-with-docker_ecp-demo-app-server_1 iris session iris Set ^demo.ecp=$zdt($h,3,1) _ “ write from the first application server.” ``` 现在,在第二个应用程序服务器上打开一个终端: ``` docker exec -it ecp-with-docker_ecp-demo-app-server_2 iris session iris Set ^demo.ecp(2)=$zdt($h,3,1) _ " write from the second application server." zwrite ^demo.ecp ``` 您应该会看到两个服务器中的响应: ``` ^demo.ecp(1)="2022-07-05 23:05:10 write from the first application server." ^demo.ecp(2)="2022-07-05 23:07:44 write from the second application server." ``` 最后,在数据服务器上打开一个 IRIS 终端并执行全局 demo.ecp 读取: ``` docker exec -it ecp-demo-data-server iris session iris zwrite ^["^^/usr/irissys/mgr/myappdata/"]demo.ecp ^["^^/usr/irissys/mgr/myappdata/"]demo.ecp(1)="2022-07-05 23:05:10 write from the first application server." ^["^^/usr/irissys/mgr/myappdata/"]demo.ecp(2)="2022-07-05 23:07:44 write from the second application server." ``` 希望大家喜欢这篇文章。 欢迎您发表评论。
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Michael Lei · 十二月 7, 2022

创建基于 FHIR 的表单

Intersystems IRIS for Health 对 FHIR 行业标准提供了出色的支持。主要特点是:1.FHIR 服务器2. FHIR数据库3. REST 和 ObjectScript API 用于 FHIR 资源(患者、问卷、疫苗等)的 CRUD 操作 本文演示了如何使用这些功能,并展示了用于创建和查看表单类型的 FHIR 资源的Angula前端。 第 1 步 - 使用 InterSystems IRIS for Health 部署您的 FHIR 服务器 要创建 FHIR 服务器,您必须将以下说明添加到 iris.script 文件中(来自:https://openexchange.intersystems.com/package/iris-fhir-template) zn "HSLIB" set namespace= "FHIRSERVER" Set appKey = "/fhir/r4" Set strategyClass = "HS.FHIRServer.Storage.Json.InteractionsStrategy" set metadataPackages = $lb ( "hl7.fhir.r4.core@4.0.1" ) set importdir= "/opt/irisapp/src" //Install a Foundation namespace and change to it Do ##class (HS.HC.Util.Installer).InstallFoundation(namespace) zn namespace // Install elements that are required for a FHIR-enabled namespace Do ##class (HS.FHIRServer.Installer).InstallNamespace() // Install an instance of a FHIR Service into the current namespace Do ##class (HS.FHIRServer.Installer).InstallInstance(appKey, strategyClass, metadataPackages) // Configure FHIR Service instance to accept unauthenticated requests set strategy = ##class (HS.FHIRServer.API.InteractionsStrategy).GetStrategyForEndpoint(appKey) set config = strategy.GetServiceConfigData() set config.DebugMode = 4 do strategy.SaveServiceConfigData(config) zw ##class (HS.FHIRServer.Tools.DataLoader).SubmitResourceFiles( "/opt/irisapp/fhirdata/" , "FHIRServer" , appKey) do $System .OBJ.LoadDir( "/opt/irisapp/src" , "ck" ,, 1 ) zn "%SYS" Do ##class (Security.Users).UnExpireUserPasswords( "*" ) zn "FHIRSERVER" zpm "load /opt/irisapp/ -v" : 1 : 1 //zpm "install fhir-portal" halt 使用实用程序类 HS.FHIRServer.Installer,您可以创建 FHIR 服务器。 第 2 步 - 使用 FHIR REST 或 ObjectScript API 读取、更新、删除和查找 FHIR 数据 我喜欢使用 ObjectScript 类 HS.FHIRServer.Service 来执行所有 CRUD 操作。 要从资源类型(表单)中获取所有 FHIR 数据: /// Retreive all the records of questionnaire ClassMethod GetAllQuestionnaire() As %Status { set tSC = $$$OK Set %response.ContentType = ..#CONTENTTYPEJSON Set %response.Headers ( "Access-Control-Allow-Origin" )= "*" Try { set fhirService = ##class (HS.FHIRServer.Service).EnsureInstance(..#URL) set request = ##class (HS.FHIRServer.API.Data.Request). %New () set request.RequestPath = "/Questionnaire/" set request.RequestMethod = "GET" do fhirService.DispatchRequest(request, .pResponse) set json = pResponse.Json set resp = [] set iter = json.entry. %GetIterator () while iter. %GetNext (.key, .value) { do resp. %Push (value.resource) } write resp. %ToJSON () } Catch Err { set tSC = 1 set message = {} set message.type= "ERROR" set message.details = "Error on get all questionnairies" } Quit tSC } 要从 FHIR 数据存储库中获取特定数据项(调查表): /// Retreive a questionnaire by id ClassMethod GetQuestionnaire(id As %String ) As %Status { set tSC = $$$OK Set %response.ContentType = ..#CONTENTTYPEJSON Set %response.Headers ( "Access-Control-Allow-Origin" )= "*" Try { set fhirService = ##class (HS.FHIRServer.Service).EnsureInstance(..#URL) set request = ##class (HS.FHIRServer.API.Data.Request). %New () set request.RequestPath = "/Questionnaire/" _id set request.RequestMethod = "GET" do fhirService.DispatchRequest(request, .pResponse) write pResponse.Json. %ToJSON () } Catch Err { set tSC = 1 set message = {} set message.type= "ERROR" set message.details = "Error on get the questionnaire" } Quit tSC } 要创建新的 FHIR 资源事件(新的调查表): /// Create questionnaire ClassMethod CreateQuestionnaire() As %Status { set tSC = $$$OK Set %response.ContentType = ..#CONTENTTYPEJSON Set %response.Headers ( "Access-Control-Allow-Origin" )= "*" Try { set fhirService = ##class (HS.FHIRServer.Service).EnsureInstance(..#URL) set request = ##class (HS.FHIRServer.API.Data.Request). %New () set request.RequestPath = "/Questionnaire/" set request.RequestMethod = "POST" set data = {}. %FromJSON ( %request.Content ) set data.resourceType = "Questionnaire" set request.Json = data do fhirService.DispatchRequest(request, .response) write response.Json. %ToJSON () } Catch Err { set tSC = 1 set message = {} set message.type= "ERROR" set message.details = "Error on create questionnaire" } Return tSC } 要更新 FHIR 资源(表单): /// Update a questionnaire ClassMethod UpdateQuestionnaire(id As %String ) As %Status { set tSC = $$$OK Set %response.ContentType = ..#CONTENTTYPEJSON Set %response.Headers ( "Access-Control-Allow-Origin" )= "*" Try { set fhirService = ##class (HS.FHIRServer.Service).EnsureInstance(..#URL) set request = ##class (HS.FHIRServer.API.Data.Request). %New () set request.RequestPath = "/Questionnaire/" _id set request.RequestMethod = "PUT" set data = {}. %FromJSON ( %request.Content ) set data.resourceType = "Questionnaire" set request.Json = data do fhirService.DispatchRequest(request, .response) write response.Json. %ToJSON () } Catch Err { set tSC = 1 set message = {} set message.type= "ERROR" set message.details = "Error on update questionnaire" } Return tSC } 要删除 FHIR 资源事件(表单): /// Delete a questionnaire by id ClassMethod DeleteQuestionnaire(id As %String ) As %Status { set tSC = $$$OK Set %response.ContentType = ..#CONTENTTYPEJSON Set %response.Headers ( "Access-Control-Allow-Origin" )= "*" Try { set fhirService = ##class (HS.FHIRServer.Service).EnsureInstance(..#URL) set request = ##class (HS.FHIRServer.API.Data.Request). %New () set request.RequestPath = "/Questionnaire/" _id set request.RequestMethod = "DELETE" do fhirService.DispatchRequest(request, .pResponse) } Catch Err { set tSC = 1 set message = {} set message.type= "ERROR" set message.details = "Error on delete the questionnaire" } Quit tSC } 如您所见,您想要创建使用 POST,更新使用 PUT,删除使用 DELETE,查询使用 GET 动词。 第 3 步 - 创建 Angular 客户端以使用您的 FHIR 服务器应用程序 我使用 PrimeNG 创建了一个角度应用程序并安装了包 npm install --save @types/fhir。此包具有映射到 TypeScript 的所有 FHIR 类型。 Angular控制器类: import { Component, OnInit, ViewEncapsulation } from '@angular/core' ; import { ActivatedRoute, Router } from '@angular/router' ; import { Period, Questionnaire } from 'fhir/r4' ; import { ConfirmationService, MessageService, SelectItem } from 'primeng/api' ; import { QuestionnaireService } from './questionnaireservice' ; const QUESTIONNAIREID = 'questionnaireId' ; @Component({ selector: 'app-questionnaire', templateUrl: './questionnaire.component.html', providers: [MessageService, ConfirmationService], styleUrls: ['./questionnaire.component.css'], encapsulation: ViewEncapsulation.None }) export class QuestionnaireComponent implements OnInit { public questionnaire: Questionnaire ; public questionnairies: Questionnaire[] ; public selectedQuestionnaire: Questionnaire ; public questionnaireId: string ; public sub: any ; public publicationStatusList: SelectItem[] ; constructor( private questionnaireService: QuestionnaireService, private router: Router, private route: ActivatedRoute, private confirmationService: ConfirmationService, private messageService: MessageService){ this.publicationStatusList = [ {label: 'Draft', value: 'draft'}, {label: 'Active', value: 'active'}, {label: 'Retired', value: 'retired'}, {label: 'Unknown', value: 'unknown'} ] } ngOnInit() { this.reset() ; this.listQuestionnaires() ; this.sub = this.route.params.subscribe(params => { this.questionnaireId = String(+params[QUESTIONNAIREID]) ; if (!Number.isNaN(this.questionnaireId)) { this.loadQuestionnaire(this.questionnaireId) ; } }) ; } private loadQuestionnaire(questionnaireId) { this.questionnaireService.load(questionnaireId).subscribe(response => { this.questionnaire = response ; this.selectedQuestionnaire = this.questionnaire ; if (!response.effectivePeriod) { this.questionnaire.effectivePeriod = <Period>{} ; } }, error => { console.log(error) ; this.messageService.add({ severity: 'error', summary: 'Error', detail: 'Error on load questionnaire.' }) ; }) ; } public loadQuestions() { if (this.questionnaire && this.questionnaire.id) { this.router.navigate(['/question', this.questionnaire.id]) ; } else { this.messageService.add({ severity: 'warn', summary: 'Warning', detail: 'Choose a questionnaire.' }) ; } } private listQuestionnaires() { this.questionnaireService.list().subscribe(response => { this.questionnairies = response ; this.reset() ; }, error => { console.log(error) ; this.messageService.add({ severity: 'error', summary: 'Error', detail: 'Error on load the questionnaries.' }) ; }) ; } public onChangeQuestionnaire() { if (this.selectedQuestionnaire && !this.selectedQuestionnaire.id) { this.messageService.add({ severity: 'warn', summary: 'Warning', detail: 'Select a questionnaire.' }) ; } else { if (this.selectedQuestionnaire && this.selectedQuestionnaire.id) { this.loadQuestionnaire(this.selectedQuestionnaire.id) ; } } } public reset() { this.questionnaire = <Questionnaire>{} ; this.questionnaire.effectivePeriod = <Period>{} ; } public save() { if (this.questionnaire.id && this.questionnaire.id != "" ) { this.questionnaireService.update(this.questionnaire).subscribe( (resp) => { this.messageService.add({ severity: 'success', summary: 'Success', detail: 'Questionnaire saved.' }) ; this.listQuestionnaires() this.loadQuestionnaire(this.questionnaire.id) ; }, error => { console.log(error) ; this.messageService.add({ severity: 'error', summary: 'Error', detail: 'Error on save the questionnaire.' }) ; } ) ; } else { this.questionnaireService.save(this.questionnaire).subscribe( (resp) => { this.messageService.add({ severity: 'success', summary: 'Success', detail: 'Questionnaire saved.' }) ; this.listQuestionnaires() this.loadQuestionnaire(resp.id) ; }, error => { console.log(error) ; this.messageService.add({ severity: 'error', summary: 'Error', detail: 'Error on save the questionnaire.' }) ; } ) ; } } public delete(id: string) { if (!this.questionnaire || !this.questionnaire.id) { this.messageService.add({ severity: 'warn', summary: 'Warning', detail: 'Select a questionnaire.' }) ; } else { this.confirmationService.confirm({ message: ' Do you confirm?', accept: () => { this.questionnaireService.delete(id).subscribe( () => { this.messageService.add({ severity: 'success', summary: 'Success', detail: 'Questionnaire deleted.' }) ; this.listQuestionnaires() ; this.reset() ; }, error => { console.log(error) ; this.messageService.add({ severity: 'error', summary: 'Error', detail: 'Error on delete questionnaire.' }) ; } ) ; } }) ; } } } Angular HTML 文件 <p-toast [style]= "{marginTop: '80px', width: '320px'}" ></p-toast> <p-card> <div class = "p-fluid p-formgrid grid" > <div class = "field col-12 lg:col-12 md:col-12" > <p-dropdown id= "dropquestions1" [options]= "questionnairies" [(ngModel)]= "selectedQuestionnaire" (onChange)= "onChangeQuestionnaire()" placeholder= "Select a Questionnaire" optionLabel= "title" [filter]= "true" [showClear]= "true" ></p-dropdown> </div> </div> <p-tabView> <p-tabPanel leftIcon= "fa fa-question" header= "Basic Data" > <div class = "p-fluid p-formgrid grid" > <div class = "field col-3 lg:col-3 md:col-12" > <label for = "txtname" >Name</label> <input class = "inputfield w-full" id= "txtname" required type= "text" [(ngModel)]= "questionnaire.name" pInputText placeholder= "Name" > </div> <div class = "field col-7 lg:col-7 md:col-12" > <label for = "txttitle" >Title</label> <input class = "inputfield w-full" id= "txttitle" required type= "text" [(ngModel)]= "questionnaire.title" pInputText placeholder= "Title" > </div> <div class = "field col-2 lg:col-2 md:col-12" > <label for = "txtdate" >Date</label> <p-inputMask id= "txtdate" mask= "9999-99-99" [(ngModel)]= "questionnaire.date" placeholder= "9999-99-99" slotChar= "yyyy-mm-dd" ></p-inputMask> </div> <div class = "field col-2 lg:col-2 md:col-12" > <label for = "txtstatus" >Status</label> <p-dropdown [options]= "publicationStatusList" [(ngModel)]= "questionnaire.status" ></p-dropdown> </div> <div class = "field col-3 lg:col-3 md:col-12" > <label for = "txtpublisher" >Publisher</label> <input class = "inputfield w-full" id= "txtpublisher" required type= "text" [(ngModel)]= "questionnaire.publisher" pInputText placeholder= "Publisher" > </div> <div class = "field col-2 lg:col-2 md:col-12" > <label for = "txtstartperiod" >Start Period</label> <p-inputMask id= 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environment.host2 + 'questionnaire' ; constructor(private http: HttpClient) { } public save(Questionnaire: Questionnaire): Observable<Questionnaire> { return this.http.post<Questionnaire>(this.url, Questionnaire).pipe(take( 1 )) ; } public update(Questionnaire: Questionnaire): Observable<Questionnaire> { return this.http.put<Questionnaire>(`${this.url}/${Questionnaire.id}`, Questionnaire).pipe(take( 1 )) ; } public load(id: string): Observable<Questionnaire> { return this.http.get<Questionnaire>(`${this.url}/${id}`).pipe(take( 1 )) ; } public delete(id: string): Observable<any> { return this.http.delete(`${this.url}/${id}`).pipe(take( 1 )) ; } public list(): Observable<Questionnaire[]> { return this.http.get<Questionnaire[]>(this.url).pipe(take( 1 )) ; } } 第 4 步 - 实际应用 1. 转到 https://openexchange.intersystems.com/package/FHIR-Questionnaires 应用程序。 2. clone/git pull repo 到任何本地目录 $ git clone https://github.com/yurimarx/fhir-questions.git 3、在该目录下打开终端,运行: $ docker-compose up -d 4.打开网络应用程序: http://localhost:52773/fhirquestions/index.html 截图: