#Embedded Python #HL7 #InterSystems IRIS for Health

写在回复社区帖子《Python能否动态创建HL7消息》中。

前提条件和设置

使用一个启用了集成的命名空间。
注意：USER命名空间默认不启用互操作性。
如果以下建议创建一个新的互操作性命名空间来探索功能。

# 切换到
ZN "[互操作性名称空间名称]"

# 启动交互式Python shell：
Do $SYSTEM.Python.Shell()

启动脚本

#Load dependencies

import datetime as dt
import uuid

# Cache current time in CCYYMMDDHHMMss format
hl7_datetime_now=dt.datetime.now().strftime('%Y%m%d%H%M%S')

# Create HL7 Message
hl7=iris.cls("EnsLib.HL7.Message")._New()

# Set the doc type
# 2.5.1:ORU_R01 - Unsolicited transmission of an observation message
hl7.PokeDocType("2.5.1:ORU_R01")

这些信息的结构可以从管理门户中获取

 

创建MSH（消息头段）。

// MSH Segment
hl7.SetValueAt('OutApp','MSH:SendingApplication')
hl7.SetValueAt('OutFac','MSH:SendingFacility')
hl7.SetValueAt('InApp','MSH:ReceivingApplication')
hl7.SetValueAt('InFac','MSH:ReceivingFacility')
hl7.SetValueAt(hl7_datetime_now,'MSH:DateTimeOfMessage')
hl7.SetValueAt('ORU','MSH:MessageType.MessageCode')
hl7.SetValueAt('R01','MSH:MessageType.TriggerEvent')
hl7.SetValueAt('ORU_R01','MSH:MessageType.MessageStructure')
hl7.SetValueAt(str(uuid.uuid4()),'MSH:MessageControlID')
hl7.SetValueAt('2.5.1','MSH:ProcessingID')

编码和解码

HL7文件被格式化为段
每个段被分隔符（"|"）和重复元素（"~"）划分为多个元素
在一个元素内有"^"分界符和"&"子分界符。
当定界符作为实际的文本内容出现时，它将被"\"和其他取代定界符的字符转义。
通常，"&"是有问题的，因为它可能经常出现在信息中，导致接收系统读取时出现截断现象。
HL7段有一个内置的方法，用于根据当前为信息选择的定界符来转义内容。
一个常见的模式是获得对第一个段的引用

# Do this line the variable "msh" is used later
> msh=hl7.GetSegmentAt(1)

然后可以调用Escape，例如用Python的原始字符串：

> msh.Escape(r"a&b~c^d")
'a\\T\\b\\R\\c\\S\\d'

The segment can also be used to Unescape back for example:

> msh.Unescape('a\\T\\b\\R\\c\\S\\d')
'a&b~c^d'

因此，在设置预计包含分隔符的内容时，可以为信息转义这些分隔符

hl7.SetValueAt(msh.Escape(r"a&b~c^d"),'MSH:ReceivingFacility')

检索内容时可以不加转义

msh.Unescape(hl7.GetValueAt('MSH:ReceivingFacility'))

在这个例子中，只是将msh重新设置为以前的值

hl7.SetValueAt('InFac','MSH:ReceivingFacility')

仔细检查到目前为止的部分：

> hl7.GetValueAt('MSH')
'MSH|^~\\&|OutApp|OutFac|InApp|InFac|20230610100040||ORU^R01^ORU_R01|2dfab415-51aa-4c75-a7e7-a63aedfb53cc|2.5.1'

人口统计学（PID）部分

# Virtual path prefix for PID
seg='PIDgrpgrp(1).PIDgrp.PID:'
hl7.SetValueAt('1',seg+'SetIDPID')
hl7.SetValueAt('12345',seg+'PatientIdentifierList(1).IDNumber')
hl7.SetValueAt('MRN',seg+'PatientIdentifierList(1).AssigningAuthority')
hl7.SetValueAt('MR',seg+'PatientIdentifierList(1).IdentifierTypeCode')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('Redfield'), seg+'PatientName(1).FamilyName')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('Claire') ,seg+'PatientName(1).GivenName')
hl7.SetValueAt('19640101',seg+'DateTimeofBirth')
hl7.SetValueAt('F',seg+'AdministrativeSex')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('Umbrella Corporation') ,seg+'PatientAddress.StreetAddress')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('Umbrella Drive') ,seg+'PatientAddress.OtherDesignation')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('Raccoon City') ,seg+'PatientAddress.City')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('MO') ,seg+'PatientAddress.StateorProvince')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('63117') ,seg+'PatientAddress.ZiporPostalCode')

仔细检查PID段的内容

> hl7.GetValueAt(seg[0:-1])
'PID|1||12345^^^MRN^MR||Redfield^Claire||19640101|F|||Umbrella Corporation^Umbrella Drive^Raccoon City^MO^63117'

订单控制部分

seg='PIDgrpgrp(1).ORCgrp(1).ORC:'
hl7.SetValueAt('RE',seg+'OrderControl')
hl7.SetValueAt('10003681',seg+'PlacerOrderNumber')
hl7.SetValueAt('99001725',seg+'FillerOrderNumber')
hl7.SetValueAt('AG104',seg+'OrderingProvider')
hl7.SetValueAt('L43',seg+'EnterersLocation')

仔细检查ORC部分的内容

> hl7.GetValueAt(seg[0:-1])
'ORC|RE|10003681|99001725|||||||||AG104|L43'

观察请求

seg='PIDgrpgrp(1).ORCgrp(1).OBR:'
hl7.SetValueAt('1',seg+'SetIDOBR')
hl7.SetValueAt('10003681',seg+'PlacerOrderNumber')
hl7.SetValueAt('99001725',seg+'FillerOrderNumber')
hl7.SetValueAt('20210428100729',seg+'ResultsRptStatusChngDateTime')
hl7.SetValueAt('F',seg+'ResultStatus')
hl7.SetValueAt('U',seg+'QuantityTiming.Priority')

OBX 观察/结果

seg='PIDgrpgrp(1).ORCgrp(1).OBXgrp(1).OBX:'
hl7.SetValueAt('1',seg+'SetIDOBX')
hl7.SetValueAt('TX',seg+'ValueType')
hl7.SetValueAt('V8132',seg+'ObservationIdentifier.Identifier')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('G-Virus') , seg+'ObservationIdentifier.Identifier')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('17.8 log10') ,seg+'ObservationValue')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('RNA copies/mL') ,seg+'Units')
hl7.SetValueAt('F',seg+'ObservationResultStatus')
hl7.SetValueAt('20210428100729',seg+'DateTimeoftheObservation')
hl7.SetValueAt('AG001',seg+'ResponsibleObserver.IDNumber')
hl7.SetValueAt('Birkin',seg+'ResponsibleObserver.FamilyName')
hl7.SetValueAt('William',seg+'ResponsibleObserver.GivenName')
hl7.SetValueAt('AG001',seg+'ResponsibleObserver.IDNumber')
hl7.SetValueAt('UXL43',seg+'EquipmentInstanceIdentifier')

NTE - 注释和评论

seg='PIDgrpgrp(1).ORCgrp(1).OBXgrp(1).NTE(1):'
hl7.SetValueAt('1',seg+'SetIDNTE')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('Expected late onset Hyphema. Contain but do not approach.') ,seg+'Comment')

向终端打印全部信息

> print(hl7.OutputToString())

MSH|^~\&|OutApp|OutFac|InApp|InFac|20230610141201||ORU^R01^ORU_R01|2dfab415-51aa-4c75-a7e7-a63aedfb53cc|2.5.1
PID|1||12345^^^MRN^MR||Redfield^Claire||19640101|F|||Umbrella Corporation^Umbrella Drive^Raccoon City^MO^63117
ORC|RE|10003681|99001725|||||||||AG104|L43
OBR|1|10003681|99001725|||||||||||||||||||20210428100729|||F||^^^^^U
OBX|1|TX|G-Virus||17.8 log10|RNA copies/mL|||||F|||20210428100729||AG001^Birkin^William||UXL43
NTE|1||Expected late onset Hyphema. Contain but do not approach.

陷阱

如果一个元素的内容包含一个诸如 "8@%SYS.Python "的值，很可能是需要用字符串值或字符串属性来代替。

例如，uuid在MSH结构中被 "str "包裹着。

 

原文请查看 来自 Alex Woodhead

https://community.intersystems.com/post/dynamically-creating-hl7-message-iris-embedded-python