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Qiao Peng · 三月 28, 2021 阅读大约需 9 分钟

InterSystems IRIS医疗行业版创建FHIR服务器

        如果您正打算学习FHIR、或者正在基于FHIR开发,最佳的学习和开发环境需要一个完备的FHIR 服务器,帮助您理解FHIR标准和调试FHIR应用。使用InterSystems IRIS医疗行业版可以快速配置出FHIR服务器和FHIR资源仓库。这篇文章介绍如何在5分钟内在InterSystems IRIS医疗行业版上配置FHIR服务器和FHIR资源仓库;同时对初学者介绍FHIR测试数据生成与加载的方法,和基本的FHIR REST API操作。

 

软件准备

1. InterSystems IRIS医疗行业版

您可以使用已有的2020.1及以上的InterSystems IRIS医疗行业版。如果您还没有,那么就在社区里下载一个最新的、免费的社区版吧。

2. 测试用的FHIR数据

如果您正在做FHIR开发,应该有很多FHIR测试数据。如果您正在学习FHIR,那么Synthea是一个不错的FHIR测试数据生成器选项。

3. REST测试工具

您或许已经有趁手的REST测试工具了。如果还没有,POSTMAN是个不错的选择。我的例子里用到的就是POSTMAN。

 

FHIR服务器配置

1. 安装InterSystems IRIS医疗行业版或社区版

如果您还没有安装过InterSystems IRIS医疗行业版或社区版,社区里有很多很好的介绍文章。

2. 配置FHIR服务器

2.1 创建一个FHIR 服务器命名空间

在InterSystems IRIS医疗行业版或社区版上,需要创建一个FHIR服务器命名空间。HS.HC.Util.Installer类的方法InstallFoundation可以创建这样的命名空间,例如,我们创建一个名为FHIRSERVER的命名空间:

HSLIB>D ##class(HS.HC.Util.Installer).InstallFoundation("FHIRSERVER")

 

2.2 为这个命名空间配置FHIR访问端点 (FHIR endpoint)

进入管理门户,切换到FHIRSERVER命名空间,然后Health > FHIR Configuration, 然后点击“Server Configuration”。这里会列出已有的FHIR服务器的访问端点,并可以配置新的端点

这里点击+号,在弹出的配置页面中进行设置,其配置项是:

选中支持的FHIR版本 (Select a metadata set): 如果要支持最新的FHIR版本4,选中HL7V40,就是FHIR R4;

选中交换策略 (Select an interaction strategy): 默认情况下只会有一个选项 -  HS.FHIRServer.Storage.Json.InteractionsStrategy,它会将InterSystems IRIS同时配置为FHIR资源仓库。

设置FHIR服务器REST服务端点 (Enter a name(URL)): 例如/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4 

 

然后点击Finish,让它完成后台的配置,这可能会花费1分钟。

 

2.3 修改这个FHIR服务端点

因为我们是想利用它来学习和测试FHIR,所以我们先跳过访问认证部分。在端点列表中选中刚才创建的/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4,滚动到最下方,找到Edit按钮,并选中“Debugging”下的“Allow Unauthenticated Access”,让FHIR服务器接受匿名访问。然后点击Update进行更新。

 

如果您按上述步骤执行完成,并且没有错误,那么FHIR服务器和FHIR资源仓库已经就绪了。看看表,您用了多久完成FHIR服务器的创建。

下面测试一下FHIR服务器是否工作正常。

 

测试FHIR服务器

即便您还没有任何FHIR测试数据,也可以先看看这个FHIR服务器的能力声明。

通过POSTMAN,使用GET方法,进行REST调用:http://localhost:52776/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4/metadata。这里localhost:52776是我的测试InterSystems IRIS的服务器地址和Web服务端口号,您换成自己的就行。如果您不知道,那么用您访问InterSystems IRIS管理门户的地址和端口号。

因为我们在上一步配置时,允许匿名访问REST API,所以POSTMAN无需设置任何登陆账户,非常方便测试。正常情况下,您应该看到和我一样的结果:

 

您的FHIR服务器已经正常工作了,如果还没有测试数据,是时候加载一些FHIR数据进来了。

 

产生FHIR数据

如果您有自己的FHIR测试数据,请跳过此步,查看“加载FHIR数据”。

如果您还没有自己的FHIR数据,试试Synthea,它能方便的产生大量FHIR测试数据。Synthea有清晰的文档,告诉我们如何产生测试数据。(注:如果您是FHIR初学者,建议先少量创建FHIR测试数据文件,例如先创建5个)

通常它会产生3类JSON文件:

医院信息:hospitalInformation******.json, 每批次只会产生一个医院信息文件。

医生信息:practitionerInformation******.json, 每批次只会产生一个医生信息文件。

患者信息:<患者姓名>******.json, 每批次会根据设置产生一个或多个患者信息文件。

 

这些FHIR文件都是Bundle资源,Bundle里面会有很多FHIR资源数据。其中医院信息文件和医生信息文件的Bundle类型为batch,而患者信息的Bundle是transaction。

而Synthea产生的患者信息Bundle中的资源使用literal reference来引用医院/地点和医生信息,但它产生的literal reference信息不完整,例如:

"serviceProvider": {

        "reference": "Organization?identifier=https://github.com/synthetichealth/synthea|731e0f3a-075d-37ab-9ba7-fbf1ab2f45e9",

        "display": "THE GENERAL HOSPITAL CORPORATION"

      }

需要将reference改为完整的地址,例如:

"serviceProvider": {

        "reference": "http://localhost:52776/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4/Organization?identifier=https://github.com/synthetichealth/synthea|731e0f3a-075d-37ab-9ba7-fbf1ab2f45e9",

        "display": "THE GENERAL HOSPITAL CORPORATION"

      }

也就是增加FHIR服务器的端点。

需要替换/补齐的引用分别是:Location、Organization和Practitioner。

您可以通过文本编辑器进行全局替换,将FHIR服务器的端点信息补充到reference里。如果您产生了很多FHIR数据文件,当然可以用您熟悉的语言写几行代码做这个补充替换。

这里我也附上使用IRIS的Object Script做补充替换的代码示例,它会对指定目录下的所有json文件进行扫描和补充替换,供您参考:

Class Demo.FHIRTools Extends %RegisteredObject
{
/// 修正FHIR文件的引用
/// pFilePath为FHIR json文件目录
/// pFHIREndpoint为FHIR REST的服务端点
ClassMethod CorrectSyntheaFiles(
    pFilePath As %String = "C:\Temp\Synthea\output\fhir",
    pFHIREndpoint As %String = "http://localhost:52776/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4") As %Status
{
        Set tSC = $$$OK
        // 遍历目录下的json文件
        Set tSM = ##class(%SQL.Statement).%New()
        Set tSC = tSM.%PrepareClassQuery("%File", "FileSet")
        If $$$ISERR(tSC) 
        { 
            Do $system.OBJ.DisplayError(tSC)
            Return tSC 
        }
        Set tRS = tSM.%Execute(pFilePath, "*.json", "Name")          
        While tRS.%Next() 
        {
            // 创建临时文件
            Set tFileName = tRS.%Get("Name"),tTempFileName=$Replace(tFileName,".json","temp.json")
            Set tFile=##class(%Stream.FileCharacter).%New()
            Set tTempFile = ##class(%Stream.FileCharacter).%New()
            Set tSC=tTempFile.LinkToFile(tTempFileName)
            Set tSC=tFile.LinkToFile(tFileName)
            // 从源文件逐行读取,替换后写入临时文件
            While 'tFile.AtEnd 
            {
                Set tLine=tFile.ReadLine()
                // 执行替换
                For tKeyword="Location?identifier=","Organization?identifier=","Practitioner?identifier="
                {
                    Set tLine = $Replace(tLine,tKeyword,pFHIREndpoint_"/"_tKeyword)
                }                    
                Set tSC = tTempFile.WriteLine(tLine)
            }
            Do tTempFile.%Save()
            Do tFile.%Close(), tTempFile.%Close()
            Kill tFile,tTempFile
            // 删除源文件,并将临时文件改名为源文件名
            Set tSC = ##class(%File).Delete(tFileName,.tRtn)
            Set tSC = ##class(%File).Rename(tTempFileName, tFileName, .tRtn)
        }
        Return tSC
} 
}

 

加载FHIR数据

当然可以通过FHIR REST API来加载数据,不过,InterSystems IRIS提供了后台的API,可以快速加载特定目录下的大量的FHIR数据文件。

这里我们用后台API:HS.FHIRServer.Tools.DataLoaderSubmitResourceFiles方法进行大量FHIR文件加载:

FHIRSERVER>Set sc=##class(HS.FHIRServer.Tools.DataLoader).SubmitResourceFiles("C:\Temp\Synthea\upload","FHIRSERVER","/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4")

其中第一个入参是需要加载的文件目录;第二个参数是加载的FHIR服务器类型,这里用FHIRSERVER;第三个参数是FHIR REST服务端点。

如果您是通过Synthea产生的测试FHIR JSON文件,那么应该先加载 医院信息文件(hospitalInformation******.json)和医生信息文件(practitionerInformation******.json),以确保患者数据加载时,Location、Organization和Practitioner的引用能正确关联到FHIR资源仓库中已保存的对应资源上。

注意:2020.* 版本中有一个bug,需要将医院信息文件(hospitalInformation******.json)和医生信息文件(practitionerInformation******.json)里的"type": "batch"改为"type": "transaction"。这个bug在2021.1版本中已经得到修复,我已经验证过,但如果您在使用2020的版本,请记得提前修改。

加载完医院信息文件(hospitalInformation******.json)和医生信息文件(practitionerInformation******.json)后,再执行相同的方法加载所有患者数据json文件。

 

使用FHIR 服务器

有了测试数据,现在您可以使用FHIR服务器进行学习或开发测试了。使用POSTMAN,您可以调用FHIR服务器的REST API,查询、更改、提交FHIR资源数据。

如果您是初学者,对FHIR的REST API不熟悉,建议您从FHIR Cheat Sheet开始,它是一个FHIR标准的汇总单页,里面告诉大家如何使用REST API进行操作。

例如:

1. 查询已经加载到FHIR资源仓库中的患者:

使用GET 方法调用REST:

http://localhost:52776/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4/Patient

2. 使用查询参数,查询名为Pedro316的患者:

使用GET 方法调用REST:

http://localhost:52776/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4/Patient?given=Pedro316

或使用POST 方法调用REST:

http://localhost:52776/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4/Patient/_search?given=Pedro316

3. 更复杂的查询参数用例,查询拥有观察项目编码为8302-2(体重)的患者:

使用GET 方法调用REST:

http://localhost:52776/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4/Patient?_has:Observation:patient:code=8302-2

4. 使用operation: $everything 来获取特定患者的所有相关FHIR资源(示例是id为95的患者):
使用GET 方法调用REST:

http://localhost:52776/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4/Patient/95/$everything

5. 加载FHIR Bundle资源:

使用POST 方法调用REST:

http://localhost:52776/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4/

,并在Body中直接贴入FHIR资源数据到raw,或选择FHIR资源数据文件到binary。

注意:如果您是想让FHIR服务器解析Bundle中的FHIR资源,应该用http://localhost:52776/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4/,而不是http://localhost:52776/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4/Bundle。后者把POST的FHIR数据按Bundle进行处理,并不会解析其中包含的FHIR资源内容并逐一保存!

好了,开启您的FHIR之旅吧 :)

 

后续我还会更新InterSystems IRIS医疗版作为FHIR服务器和FHIR资源仓库的更多内容,欢迎关注。

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