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大家好!

在这里跟大家分享一下我在大奖赛上的项目 :)

FHIR病人查看器是一个建立在Vue.js上的单页、反应式渲染工具,它以对人友好的方式显示从对InterSystems FHIR服务器的/Patient/{id}/$everything调用返回的数据。在自述文件中,包括3个主要内容:
1. 一个视频演示,将FHIR患者浏览器连接到一个沙盒IRIS FHIR服务器上(这是测试它的最快方法);
2.第二个视频显示我如何在生产环境中使用FHIR患者浏览器(使用一个定制的后端来处理API调用,在我的例子中用PHP/Laravel编写,但可以转移到其他语言/框架);
3.修改组件的说明,创建你自己版本的工具,并建立你自己的dist文件。

谢谢大家! 本次大赛的参赛作品质量很好!

Dan

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你好,我很高兴地宣布向OpenExchange和目前的比赛提交的一个作品,即FHIR匿名化代理。FHIR匿名化代理为任何现有的FHIR服务器增加了一个透明的匿名化层,使客户能够在FHIR服务器上进行查询--其中可能包含个人识别信息--并收到一个即时的匿名化数据版本。

代理机制是通过互操作性Production、BPLs和DTLs以及FHIR互操作性适配器在IRIS for Health平台上实现的。匿名化包括所有身份ID和个人数据,并可通过DTLs进行配置。

OpenExchange的演示应用程序带有一个内置的FHIR endpoint,并以会填充一些示例数据。试一下,或者将你自己的FHIR服务器配置为代理目标亲自测试一下 smiley

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Michael Lei · 五月 26 阅读大约需 1 分钟
互操作性的例子--DICOM production 与模拟器

Hi,大家好!

您曾经实施过DICOM集成吗?也许您已经百度了一些样例,甚至是模拟器。希望本文的例子能给您带来帮助。

DICOM 是一个广泛用于医疗诊断影像的消息标准。您可以使用IRIS For Health或者Health Connect在互操作性Production中使用DICOM标准,在这里您可以找到文档.

在很多情况下,当您开发一个DICOM集成时,您可以运行一个模拟器来扮演一些外部系统(如PACS),可以在连接到一个真正的系统之前充分测试您想要实现的流程,这一点真的很有用。

在这里您可以找到一个使用IRIS For Health的DICOM整合例子,还有一个叫做dcm4che的模拟器

在这个例子里, 实现了两个不同的场景:

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#Open Exchange

您可能已经看到邀请分享您的 Open Exchange 应用程序的演示:Share a Demo of Your Open Exchange Application

它背后的服务——InterSystems Online Demo Server (ODS)——这不是什么新事物

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%SYS.Journal.Record 类有一个查询(query), List, 可以列出Journal文件中记录的数据修改历史。例如,要查询谁对global节点^QP(1,2)做过修改,可以使用如下代码。它查询Journal文件(输入参数pFilePath)中的global节点(输入参数pSearchGlobal)的操作:

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     在软件开发和业务集成中,规则无处不在:会员折扣的计算规则、根据消息类型和内容将其路由到不同目标系统的路由规则。还有一个规则发挥重要作用的地方-  辅助决策规则,例如临床知识库和医疗质量指标规则。

规则经常需要随业务调整和知识积累进行调整,而规则的调整是业务和行业专家定的。如果规则是以代码硬编码的,这些调整需要程序员改动,一来不直观、需要业务专家与程序员大量的沟通成本,二来硬编码改动会对应用伤筋动骨,甚至带来风险,三来没法控制新规则生效的时间 – 总不能让程序员在新规则生效的那一刻去编译和部署吧。

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InterSystems IRIS 2021.1 的发布引入了自适应分析(Adaptive Analytics)的介绍。 为了开始使用和熟悉 InterSystems IRIS BI cube示例,我们创建了一个用于自适应分析的 HoleFoods 应用程序示例模版。 此示例应用程序可在 Open Exchange 上获得, 还有一个学习服务课程learning services course 可用于了解有关自适应分析的更多信息。

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Nicky Zhu · 五月 7 阅读大约需 3 分钟
一个新库引发的血案

我们的一位客户五一期间向使用IRIS搭建的数据流推送一家三甲医院数年的历史数据,导致实施的同事们经历了一系列噩梦,包括但不限与:

1. 由于未通知实施团队有这样规模的数据推送,数据推送过程与全库备份任务重叠。尽管实例和数据流正常运行,但备份任务与数据流争抢IO,导致备份任务不能在预期时间内完成,实施童鞋五一加班处理问题。

2. 为了节省磁盘空间,服务器上部署了定期删除IRIS备份文件的任务,原本能够保持一周的全备+增量备份,但在本次数据暴增的情况下,新的备份尚未完成而旧的全备已被删除,导致问题发生时没有可用于恢复的备份。

3. 由于这次数据推送前未进行数据质量校验,推送的数据全部不合规,但已经历了较长的数据流进行处理全部入库;同时由于备份文件已被删除,无法通过恢复数据库的方法回滚,导致实施童鞋不得不逐条从生产环境三个库的数百张表中挑出问题数据逐一删除,从五一放假结束至今还未完成善后工作。大家可以设想一下,如果备份还在,那么恢复备份就可以了。

因此,我们希望再次提醒各位在前线奋斗的亲们:

1. 善待你的备份。尽管对于大型医院或医疗集团来说,两周的全备+增量备份策略下,备份文件会占据数个TB的存储空间。但在需要回滚时,这几个T的空间能救命。

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临床研究必须与健康数据相连

就在不久以前,临床科研人员还需要依靠三联的纸质NCR表格,手工收集从堆积如山的手写电子病历中提炼出来的病人数据。从又大又重的《医师案头参考》(PDR)撕下几页,通过传真机发送给FDA,用于药物安全报告。业内专业人士接受了大量的培训,以确保数据经过源文件验证、双键处理,并在经过看似无休止的查询以纠正错误之后,保证其符合目的。

值得庆幸的是,随着电子健康档案的广泛采用,健康数据的数字化,这一过程得到了极大的改善。但是,鉴于临床研究进展缓慢,特别是精美的Excel表格仍由人工数据摘要完成,该领域早该有更多的技术变革,特别是围绕释放医疗互操作性的全部好处。如果我们能做到这一点,生命科学公司将有机会利用宝贵的健康数据来确保病人的安全,优化新药的疗效,并使临床开发过程更加高效,减少错误。

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Michael Lei · 四月 25 阅读大约需 4 分钟
重大升级后重新编译类和程序的方法

在一次重大的版本升级中,建议重新编译你所有命名空间的类和例程。 (主要版本的安装后任务).

do $system.OBJ.CompileAllNamespaces("u")
do ##Class(%Routine).CompileAllNamespaces()

为了自动完成这项管理任务并记录任何错误,下面是一个导入并编译到USER命名空间的类的例子,你可以在每次升级后使用它 : admin.utils.cls

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尽管IRIS和HealthConnect拥有全面的互操作特性,但在实际工作中,还是有可能遇到需要使用遗留类库,dll SDK等方式与外部应用通信的情况。例如IRIS中并没有内嵌国密算法SM2、SM3和SM4,而开源社区中不乏通过Java、Python和C++等语言完成的具体实现。本文就将以调用SM4的Java实现为例展示ObjectScript程序与第三方语言通信的过程。

Github地址:https://github.com/LinZhuISC/javademo.SM4

跨编程环境调用设计要点

在开始实际操作之前,希望读者先针对整个调用过程中的主调方和被调方思考两个现象:

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Michael Lei · 四月 19 阅读大约需 13 分钟
用Caché ObjectScript 生成EXCEL

有很多方法可以使用Intersystems生成excel文件,其中一些是ZEN报告、IRIS报告(Logi报告或正式称为JReports),或者我们可以使用第三方Java库,可能性几乎是无限的。

但是,如果你想只用Caché ObjectScript创建一个简单的电子表格呢?(没有第三方应用程序)

在我的案例中,我需要生成包含大量原始数据的报告(财务人员喜欢这些数据),但是我的ZEN/IRIS失败了,给了我一个我想称之为 "零字节的文件",基本上说java的内存用完了,并导致报告服务器上的重载。

这可以用Office Open XML(OOXML)来完成。Office Open XML格式是由一个ZIP包内的一些XML文件组成的。因此,基本上我们需要生成这些XML文件,并将其压缩重命名为.xslx。就这么简单。

这些文件遵循一套简单的惯例,称为开放包装惯例。你需要声明各部分的内容类型,以及告诉消费应用程序应该从哪里开始。

为了创建一个简单的电子表格,我们至少需要5个文件。

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Michael Lei · 四月 17 阅读大约需 3 分钟
翻译博客文章--浏览医疗保健的未来

在最近一次探索马里兰小镇的 "度假 "期间,我偶然发现了一家非常令人愉快的书店,在那里我愉快地消磨了一下午。我和我的家人都是读者,喜欢各种类型的书--新的、二手的、印刷的、电子的。我们尽量在当地购物,以帮助零售店保持运营。

这次访问促使我思考图书行业所发生的事情与我们的医疗保健系统所发生的事情之间的一些相似之处。

医疗保健行业与图书行业的趋势


数字化


我们阅读内容的格式已经发生了根本性的变化。在2020年,电子书几乎占美国市场的四分之一。音频书占美国图书收入的10亿美元。许多印刷书籍是按需出版的,而不是保存在库存中。同样,医疗保健早已不再是一个“伸出舌头说啊 ”的行业,基因组测试、由人工智能算法读取的X射线、可植入设备和远程医疗访问已经改变了医疗的面貌。

虚拟服务

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这篇文章是对我的  iris-globals-graphDB 应用的介绍。
在这篇文章中,我将演示如何在Python Flask Web 框架和PYVIS交互式网络可视化库的帮助下,将图形数据保存和抽取到InterSystems Globals中。

建议

 

第一步 : 通过使用Python 原生SDK建立与IRIS Globals的链接

 #create and establish connection
  if not self.iris_connection:
         self.iris_connection = irisnative.createConnection("localhost", 1972, "USER", "superuser", "SYS")
                                     
  # Create an iris object
  self.iris_native = irisnative.createIris(self.iris_connection)
  return self.iris_native

 

第二步 : 使用 iris_native.set( ) 功能把数据保存到Globals 里     

#import nodes data from csv file
isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1nodes")
if isdefined == 0:
    with open("/opt/irisapp/misc/g1nodes.csv", newline='') as csvfile:

 reader = csv.DictReader(csvfile)
 for row in reader:
    self.iris_native.set(row["name"], "^g1nodes", row["id"])

 #import edges data from csv file
 isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1edges")
 if isdefined == 0:
    with open("/opt/irisapp/misc/g1edges.csv", newline='') as csvfile:
 reader = csv.DictReader(csvfile)
 counter = 0                
 for row in reader:
    counter = counter + 1
    #Save data to globals
    self.iris_native.set(row["source"]+'-'+row["target"], "^g1edges", counter)  

 

第三步: 使用iris_native.get() 功能把节点和边缘数据从Globals传递给PYVIS

 #Get nodes data for basic graph    
  def get_g1nodes(self):
        iris = self.get_iris_native()
        leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1nodes")
        result = []
        # Iterate over all nodes forwards
        for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
            #Get data from globals
            val = iris.get("^g1nodes",level1_subscript)
            element = {"id": level1_subscript, "label": val, "shape":"circle"}
            result.append(element)            
        return result

    #Get edges data for basic graph  
    def get_g1edges(self):
        iris = self.get_iris_native()
        leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1edges")
        result = []
        # Iterate over all nodes forwards
        for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
            #Get data from globals
            val = iris.get("^g1edges",level1_subscript)
            element = {"from": int(val.rpartition('-')[0]), "to": int(val.rpartition('-')[2])}
            result.append(element)            
        return result

 

Step4: Use PYVIS Javascript to generate graph data

<script type="text/javascript">
    // initialize global variables.
    var edges;
    var nodes;
    var network;
    var container;
    var options, data;
  
    // This method is responsible for drawing the graph, returns the drawn network
    function drawGraph() {
        var container = document.getElementById('mynetwork');
        let node = JSON.parse('{{ nodes | tojson }}');
        let edge = JSON.parse('{{ edges | tojson }}');
     
        // parsing and collecting nodes and edges from the python
        nodes = new vis.DataSet(node);
        edges = new vis.DataSet(edge);

        // adding nodes and edges to the graph
        data = {nodes: nodes, edges: edges};

        var options = {
            "configure": {
                "enabled": true,
                "filter": [
                "physics","nodes"
            ]
            },
            "nodes": {
                "color": {
                  "border": "rgba(233,180,56,1)",
                  "background": "rgba(252,175,41,1)",
                  "highlight": {
                    "border": "rgba(38,137,233,1)",
                    "background": "rgba(40,138,255,1)"
                  },
                  "hover": {
                    "border": "rgba(42,127,233,1)",
                    "background": "rgba(42,126,255,1)"
                 }
                },

                "font": {
                  "color": "rgba(255,255,255,1)"
                }
              },
            "edges": {
                "color": {
                    "inherit": true
                },
                "smooth": {
                    "enabled": false,
                    "type": "continuous"
                }
            },
            "interaction": {
                "dragNodes": true,
                "hideEdgesOnDrag": false,
                "hideNodesOnDrag": false,
                "navigationButtons": true,
                "hover": true
            },

            "physics": {
                "barnesHut": {
                    "avoidOverlap": 0,
                    "centralGravity": 0.3,
                    "damping": 0.09,
                    "gravitationalConstant": -80000,
                    "springConstant": 0.001,
                    "springLength": 250
                },

                "enabled": true,
                "stabilization": {
                    "enabled": true,
                    "fit": true,
                    "iterations": 1000,
                    "onlyDynamicEdges": false,
                    "updateInterval": 50
                }
            }
        }
        // if this network requires displaying the configure window,
        // put it in its div
        options.configure["container"] = document.getElementById("config");
        network = new vis.Network(container, data, options);
        return network;
    }
    drawGraph();
</script>

 

第五步: 从app.py 主文件调用上面的代码

#Mian route. (index)
@app.route("/")
def index():
    #Establish connection and import data to globals
    irisglobal = IRISGLOBAL()
    irisglobal.import_g1_nodes_edges()
    irisglobal.import_g2_nodes_edges()

    #getting nodes data from globals
    nodes = irisglobal.get_g1nodes()
    #getting edges data from globals
    edges = irisglobal.get_g1edges()

    #To display graph with configuration
    pyvis = True
    return render_template('index.html', nodes = nodes,edges=edges,pyvis=pyvis)    

下面是关于此项目的 介绍视频:

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Qiao Peng · 四月 11 阅读大约需 8 分钟
InterSystems 数据平台与三级等保 - 第一篇

      数据平台不仅要安全,还要合规,三级等保是我们要符合的主要安全规范。InterSystems的数据平台和集成平台产品都和三级等保有关。如果没有正确配置它们的安全选项,就会影响到整个系统的安全,影响到合规性。

在生产环境上,如何配置安全的InterSystems的数据平台,并达到三级等保的要求?

这个系列文章,针对InterSystems 数据平台的安全架构,围绕对三级等保的合规性展开,介绍如何配置出一个安全、合规的数据平台。

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系统实用类:SYS.Database中的查询FreeSpace可以用来在任何时候检查磁盘上的自由空间。

下面是在IRIS终端中的尝试方法(进入%SYS命名空间,然后运行它)。

zn "%SYS"
set stmt=##class(%SQL.Statement).%New()
set st=stmt.%PrepareClassQuery("SYS.Database","FreeSpace")
set rset=stmt.%Execute()
// 一次性显示所有
do rset.%Display()

输出结果示例如下。

*在命令执行的例子中,所有的数据库都放在同一个磁盘上,所以所有的磁盘空闲空间(DiskFreeSpace)返回相同的值。

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注意:下面内存设置数值仅限参考,具体内存数值的设置是否合适,依赖于更多实际使用情况决定。

主要需要设置下面几个内存相关配置:

(下面比例适用于服务器仅运行单实例InterSystems IRIS)
数据库缓存Database cache:
    建议小于64G内存设置总内存50%,大于等于64G内存设置70%总内存
程序缓存routine cache:
    建议设置1023MB
gmheap:
    建议设置1048576KB(1024MB)
LockSize:
    建议最少设置134217728 Bytes (128MB),如果在系统日志中提示locksize相关错误或警报,应相应增加。

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此文章也是对问题 在不重建的情况下插入索引Inserting an index without reconstruction 的一种解释

在使用SQL语言对 InterSystems IRIS 中的表进行查询时,有时候会发现返回的结果与实际有出入,特别是使用count() 函数,或者select 查询时,返回的结果少于实际应返回的值。
这种情况往往是由于数据表格的索引值出了问题。

索引出问题的主要原因可能是:

  • 表中先有数据,后创建的索引定义,并且定义之后没有重新生成索引。
  • 对保存数据的global直接操作。如果是使用对象或者sql的方式操作数据,相应的索引都会自动更新,但是如果直接对global操作,则不会自动更新索引。
  • 对保存索引的global直接操作。

要解决或者要检查是不是索引引发的问题,可以使用%ValidateIndices()函数,它有两种方式使用

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众所周知,InterSystems IRIS的产品设计理念源于互操作性(Interoperable)、稳定性(Reliable)、直观(Intuitive)、可扩展性(Scalable),在云时代,InterSystems IRIS的云上操作与本地一样便捷,令用户体验有了明显提升,除此之外,为了更高效地对InterSystems IRIS进行配置,我们还提供了哪些新特性?为了便捷地进行数据迁移,InterSystems IRIS最新版本提供了哪些解决方案?

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