实时 FHIR® 到 OMOP 转换

Interoperability on Python (IoP) 是一个概念验证项目，旨在展示与 Python 优先方式相结合时 InterSystems IRIS Interoperability Framework 的强大功能。IoP 利用Embedded Python（嵌入式 Python，InterSystems IRIS 的一个功能）使开发者能够用 Python 编写互操作性组件，从而可以与强大的 IRIS 平台无缝集成。本指南专为初学者编写，全面介绍了 IoP、其设置以及创建第一个互操作性组件的操作步骤。 阅读完本文，您将能够清楚地了解如何使用 IoP 构建可扩缩、基于 Python 的互操作性解决方案。

概述

快捷式医疗服务互操作资源 (FHIR) 是一个由 HL7 International 开发的标准化框架，旨在以灵活、对开发者友好且现代的方式促进医疗数据的交换。 它利用现代网络技术来确保在医疗保健系统间实现无缝集成与通信。

关键 FHIR 技术

InterSystems Data Fabric Studio（IDFS）提供了一种新方法，可在安全可控的环境中将正确的数据在正确的时间提供给正确的消费者。

数据是席卷医疗保健行业的数字化转型的核心。 要想发生根本性转变，需要一个新的基础来处理现代医疗保健的海量数据需求。

在您开发下一个治疗性突破、基因组见解和智能临床工作流时，上市速度至关重要。 您需要立即交付它们。

这就是我们为何扩展 InterSystems IRIS 数据平台的能力，以应对医疗保健信息的独特特征。 InterSystems IRIS for Health 是世界上第一个也是唯一一个专为快速开发医疗保健应用程序而设计的数据平台，管理着世界上最关键的数据。

互操作性用户界面现在包括可以在所有互操作性产品中使用的 DTL 编辑器和生产配置应用程序的现代化用户体验。您可以在现代化视图与标准视图之间切换。所有其他互操作性屏幕仍采用标准用户界面。请注意，仅对这两个应用程序进行了更改，我们在下面确定了当前可用的功能。

要在升级前试用新屏幕，您可以点击这里，从我们的社区工具包网页中下载 2025.1 版：https://evaluation.intersystems.com/Eval/。请观看“学习服务”中的简短教程构建集成：一种新的用户体验，了解对这些屏幕进行的用户增强！

IRIS 支持开箱即用的 CCDA 和 FHIR 转换，但访问和查看这些功能需要大量的时间设置和产品知识。IRIS Interop DevTools 应用程序旨在弥补这一差距，让实施人员能够立即进入并查看产品的内置转换功能。

除了 IRIS XML、XPath 和 CCDA 转换环境，Interop DevTools 软件包现在还提供：

• FHIR-SDA 转换设置
• SDA-FHIR 转换设置
• 构建 FHIR 错误验证
• 加载 FHIR 转换所需的内容

已经更新仪表板的外观和感触，看起来更加直观和用户友好。在 IRIS 中执行，以便充分利用环境，同时用户界面允许可见性、可重复性以及隔离修改和模块进行测试的能力。

以下是5个功能支持:

1. XPath 评估器： 根据输入 CCD 评估 XPath 并返回结果

各位开发者，大家好！

或许您不得不实现一些场景，这些场景不需要 FHIR 仓库但需要转发 FHIR 请求、管理响应，并且可能运行转换或在两者之间提取一些值。 在这里，您会找到一些可以使用 InterSystems IRIS For Health 或 HealthShare Health Connect 实现的示例。

在这些示例中，我使用了具有 FHIR 互操作性适配器和 HS.FHIRServer.Interop.Request 消息的互操作性生产配置。

第一个场景从头开始构建 FHIR 请求（可以来自文件，也可以来自 SQL 查询），然后将其发送到外部 FHIR 服务。

社区朋友们好，

传统的基于关键词的搜索方式在处理具有细微差别的领域特定查询时往往力不从心。而向量搜索则通过语义理解能力，使AI智能体能够根据上下文（而非仅凭关键词）来检索信息并生成响应。

本文将通过逐步指导，带您创建一个具备代理能力的AI RAG（检索增强生成）应用程序。

实现步骤:

1. 添加文档摄取功能：
   • 自动获取并建立文档索引（例如《InterSystems IRIS 2025.1版本说明》）
   • 实现向量搜索功能
2. 构建向量搜索智能体
3. 移交至主智能体（分流处理）
4. 运行智能体

1. Create Agent Tools 添加文档摄取功能

Implement Document Ingestion: Automated ingestion and indexing of documents

1.1 - 以下是实现文档摄取工具的代码：

    def ingestDoc(self):
        #Check if document is defined, by selecting from table
        #If not defined then INGEST document, Otherwise back
        embeddings = OpenAIEmbeddings()	
        #Load the document based on the fle type
        loader = TextLoader("/irisdev/app/docs/IRIS2025-1-Release-Notes.txt", encoding='utf-8')      
        
        documents = loader.load()        
        text_splitter = RecursiveCharacterTextSplitter(chunk_size=400, chunk_overlap=0)
        
        texts = text_splitter.split_documents(documents)
                       
        #COLLECTION_NAME = "rag_document"
        db = IRISVector.from_documents(
            embedding=embeddings,
            documents=texts,
            collection_name = self.COLLECTION_NAME,
            connection_string=self.CONNECTION_STRING,
        )

        db = IRISVector.from_documents(embedding=embeddings,documents=texts, collection_name = self.COLLECTION_NAME, connection_string=self.CONNECTION_STRING,)

向量搜索智能体（Vector Search Agent）能够自动完成文档的摄取（ingest）与索引构建（index）， 该新功能在InterSystems IRIS 2025.1的数据资源文件夹里） 至 IRIS 向量存储， 只有当数据尚未存在时，才执行该操作。

运行以下查询以从向量存储中获取所需数据：

SELECT
id, embedding, document, metadata
FROM SQLUser.AgenticAIRAG

1.2 - 实现向量搜索功能

以下代码为智能体提供了搜索能力：

 def ragSearch(self,prompt):
        #Check if collections are defined or ingested done.
        # if not then call ingest method
        embeddings = OpenAIEmbeddings()	
        db2 = IRISVector (
            embedding_function=embeddings,    
            collection_name=self.COLLECTION_NAME,
            connection_string=self.CONNECTION_STRING,
        )
        docs_with_score = db2.similarity_search_with_score(prompt)
        relevant_docs = ["".join(str(doc.page_content)) + " " for doc, _ in docs_with_score]
        
        #Generate Template
        template = f"""
        Prompt: {prompt}
        Relevant Docuemnts: {relevant_docs}
        """
        return template

分流代理处理传入的用户查询，并将其委托给矢量搜索代理，后者执行语义搜索操作，以检索最相关的信息。

第二十八章 T 开头的术语

以 T 开头的术语

表 (table)

InterSystems SQL

表是一种由表示特定实体的行和表示每个实体特定数据点的列组成的数据结构。

目标角色 (target role)

系统

在受保护的 IRIS 应用中，由应用程序授予给已经是其他角色（称为匹配角色）成员的用户的角色。如果用户拥有匹配角色，则在使用应用程序时，用户还可以被授予一个或多个额外的目标角色。

目标用户 (target user)

系统

第二十六章 S 开头的术语

共享锁 (shared lock)

对象（Objects）

共享锁在对象从数据库加载期间保持共享锁，并在保存期间保持独占锁（如果跨多个节点或正在更新）。对于第一次在单个节点上保存的对象，不会获取锁。

共享保留锁 (shared retained lock)

对象（Objects）

共享保留锁从对象从数据库加载到关闭期间保持共享锁，并在保存期间保持独占锁（如果跨多个节点或正在更新）。对于第一次在单个节点上保存的对象，不会获取锁。

SOAP

通用

用于实现 Web 服务的协议规范。它使用 XML 作为消息格式，通常依赖其他应用层协议，例如远程过程调用（RPC）和 HTTP，用于消息协商和传输。`` 曾是“简单对象访问协议”（Simple Object Access Protocol）的缩写，但现在不再是缩写——它只是该协议的名称。

第二十四章 R 开头的术语

结果集 (result set)

对象（Objects）

结果集包含查询返回的数据。可以使用查询接口处理结果集。

角色 (role)

系统

InterSystems 安全系统中的实体，可以接收执行操作和查看或更改数据的能力。这些能力以特权的形式授予角色。当用户成为角色的成员时，它会获得角色的特权。

角色分配机制 (role-assignment mechanism)

系统

将各种角色赋予用户以使用 IRIS 的方式。角色分配可以使用 IRIS 原生机制、LDAP 或委托（即用户定义）代码进行。这是授权过程的一部分。

回滚 (roll back)

系统

在系统故障后从 IRIS 数据库中移除不完整事务的过程。IRIS 在其恢复程序中移除这些更改。请参见日志记录、事务。