专业级 FHIR® 到 OMOP 的转换

让我们把 "专业（__professional）"一词的使用归零，并将其放在一定的背景下。 它是由行业专家编写的，他们将其包装成一项收费服务，并提供 支持 和一些围绕 灵活选项的保护措施，以促进其行为。 我认为，无论是开放式还是自家开发的解决方案（尽管可能做的是同一件事），考虑其规模或提供关键任务价值的另一面都是一个重要的区别。OHDSI 社区拥有一整套围绕 OMOP 数据库 ETL 主题的能力，例如，WhiteRabbit可以分析 OMOP 数据库，Rabbit in a Hat可以帮助设计 ETL。 我想做空这只股票，因为我打赌社区工具会应用到 InterSystems 的转换堆栈中，以完善产品。

在这里，我试图让一个社区对数据转换产生兴趣，这个社区可能生活在数据转换中，但可以肯定的是，这是一个快速入门的开始，可以让您进入 OHDSI 社区的大门，获得财富和 "大规模解决方案武器"，对您的（或他人的）医疗保健数据进行有意义的大规模分析。

Bulk FHIR

该管道的摄取标准是Bulk FHIR 导出，看看 InterSystems 是如何实现Bulk FHIR 协调器的，导出的有效载荷是一个 zip 文件，其中包含带有 FHIR 资源的ndjson文件，每行一个。

您可以用 json 格式的单个导出资源文件作为示例，在程序中使用.

大家好！

💡社区赏金计划，"从创意到应用" ⚙️

嘿，社区的朋友们大家好！

是的，我知道我们有很多技巧和窍门类的文章-——我们甚至为此专门设置了一个标签（Tips & Tricks），不是吗？但我不能分享我自己的收藏。在这个合集中，您可以找到适合初学者的代码片段，以及一些日常的 ObjectScript 结构。事实上，这也是一种学习我最喜欢的编程语言的新方法。所以，如果你们有什么要补充的，欢迎提出！

下面是一个如何使用 ObjectScript将 CSV 文件中的数据导入 InterSystems CACHÉ 的实例
假设您的 CSV 文件很简单（例如，逗号分隔，有标题），您可以使用 %Stream.FileCharacter 逐行读取并解析数据。

ClassMethod ImportCSV(filePath As %String) As %Status {
    Set stream = ##class(%Stream.FileCharacter).%New()
    Set sc = stream.LinkToFile(filePath)
    If 'sc Quit sc
    While 'stream.AtEnd {
        Set line = stream.ReadLine()
        Set fields = $ListFromString(line, ",")
        // Example: Save to a persistent class
        Set obj = ##class(MyApp.Data).%New()
        Set obj.Name = $List(fields,1)
        Set obj.Age = $List(fields,2)
        Set obj.Email = $List(fields,3)
        Do obj.%Save()
    }
    Quit $$$OK
}

这一次，我们使用 React 作为 IRIS 的前端开发工具，这本身并不是真正的编程。在使用网络开发框架（不限于 React）时，一个关键的考虑因素是使用哪种 CSS 框架。到目前为止，我们一直在使用 Bootstrap，它是标准的，也是最容易上手的。

不过，虽然它很容易使用，但我觉得它提供的自定义灵活性有限。也就是说，即使我们要改用其他 CSS 框架，学习它并从头开始重写所有内容也是一项巨大的工作，所以我们就保持原样。

这一次，在获得了名为 "Claude Code "的强大工具后，我试着让它将 Bootstrap 转换为 Materialize。结果是：修改一次性完成。包括验证在内，整个过程不到五分钟。如果我自己研究 Materialize 并实现它，我想至少需要两三天的时间。

引导式屏幕

Materialize 屏幕

简单地更改样式表并不有趣，所以我还要求修复一个我注意到是错误但一直没有解决的问题。

问题是，即使在编辑屏幕上删除了数据，这些数据仍然会出现在左侧的列表中。

只需一个请求就能轻松解决这个问题。

以下是修复请求的内容：

After pressing the delete button in ExpenseItem.tsx and deleting the corresponding record, update the list in ExpenseItemList.txt so that the deleted item is no longer included in the list.

RabbitMQ 是一个消息代理，它允许生产者（发送数据消息的一方）和消费者（接收数据消息的一方）建立异步、实时且高性能的海量数据流。RabbitMQ 支持 AMQP（高级消息队列协议），这是一种开放标准的应用层协议。

采用 RabbitMQ 的主要原因包括以下几点：

• 您可以使用异步方法来提高应用程序的性能。
• 它通过数据消息中介，让您能够解耦并减少服务、微服务和应用程序之间的依赖关系，这意味着交换数据的生产者和消费者无需互相了解。
• 它允许在利用响应队列之后，交付（包含结果的）已发送数据的长时间运行处理。
• 它帮助您从单体架构迁移到微服务架构，其中微服务通过 Rabbit 以解耦和异步的方式交换数据。
• 它通过使消息能够被存储和转发，提供了可靠性和弹性。一条消息可以被投递多次，直到被处理为止。
• 消息排队是扩展应用程序的关键。随着工作负载的增加，您只需添加更多的工作进程（worker）来更快地处理队列。
• 它与数据流应用程序配合良好。
• 它对物联网（IoT）应用程序有益。
• 它是机器人（Bots）通信的必备工具。

RabbitMQ 基础概念

我们将利用温度监测器作为案例来详述 RabbitMQ 的概念：

• Producer（生产者）：发送消息的软件程序。
• Exchange（交换机）：接收来自生产者的消息，并将其路由到零个或多个队列。
• Queue（队列）：支持小型和大型二进制消息的消息存储区/缓冲区。

要建立一套自动化的数据转换流程，实现临床数据对真实世界证据的支持，面临着诸多困难：数据标准林立、数据转换难、数据质量差、治理耗时耗力。
InterSystems OMOP 数据管道创新地打通“FHIR + OMOP”两个标准。通过FHIR标准解决数据的“互联互通”问题；通过OMOP解决数据的“科研分析”问题——OMOP 的主导型场景体现在真实世界研究，标准化的数据模型能够降低科研门槛，加速从数据到知识的转化，已在全球 80 多个国家的 4000 多家机构得到应用。

往期技术视频速递：详细拆解InterSystems FHIR to OMOP解决方案，通过Demo演示，向您展示数据如何从FHIR到OMOP无缝流转，助力您实现临床数据转换流程的自动化，提升研究效率。

如果您是 InterSystems 的新用户，欢迎访问InterSystems 开发者交流中心（Developer Hub）。

您可以从这里开始使用 InterSystems 技术——安装 InterSystems IRIS，连接到它，运行一些实际的东西，或者直接在基于浏览器的交互环境中试用产品（无需设置）。

如果你想知道从哪里开始，这里有你会发现的内容：

开发者入门指南 - 介绍 InterSystems IRIS 的结构以及如何设置它

快速入门 - 简短实用的指南，帮助您从零开始进行设置

大家好！

我很高兴与大家分享一下，在深入研究InterSystems IRIS数据平台数年之后，我终于将自己的项目经验总结成了一本新书：《IRIS编程技术指南》。

撰写这本书对我来说是一项重大的工程挑战。

我的目标是弥合"理解语法 "与 "构建可投入生产的项目 "之间的差距。

为了庆祝本书的发布并为社区做出贡献，我想与大家分享书中的两个具体的技术见解，我相信每个IRIS开发人员都会发现这些见解非常有用。

💡 技术洞察 1：为初学者揭秘 Global 结构

许多新开发者往往把 IRIS 仅仅看作另一个 SQL 数据库。在我的书中，我强调：要真正掌握 ObjectScript，关键在于理解 Globals——即底层的多维存储机制。

核心要点：我会详细讲解 IRIS 是如何将类属性映射到 Global 节点上的。一旦初学者意识到，‘保存一个对象’本质上就是‘设置一个带下标的 Global’，那么性能调优和数据索引背后的逻辑就会豁然开朗。这正是每一位 IRIS 新手都会经历的‘顿悟时刻’。

💡技术洞察 2：%Persistent 类的最佳实践

对于从 Java 或 C# 转向 IRIS 的开发人员来说，适应 IRIS 处理持久化的方式往往是一个常见的挑战。

核心要点：在书中，我深入浅出地讲解了 IRIS 内部的对象关系映射（ORM）概念。