这篇文章是对我的 iris-globals-graphDB 应用的介绍。
在这篇文章中，我将演示如何在Python Flask Web 框架和PYVIS交互式网络可视化库的帮助下，将图形数据保存和抽取到InterSystems Globals中。
建议
- 阅读相关文档 使用 Globals
- 原生 SDK 介绍
- PYVIS 互动式网络可视化库
第一步 : 通过使用Python 原生SDK建立与IRIS Globals的链接
#create and establish connection
if not self.iris_connection:
self.iris_connection = irisnative.createConnection("localhost", 1972, "USER", "superuser", "SYS")
# Create an iris object
self.iris_native = irisnative.createIris(self.iris_connection)
return self.iris_native
第二步 : 使用 iris_native.set( ) 功能把数据保存到Globals 里
#import nodes data from csv file
isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1nodes")
if isdefined == 0:
with open("/opt/irisapp/misc/g1nodes.csv", newline='') as csvfile:
reader = csv.DictReader(csvfile)
for row in reader:
self.iris_native.set(row["name"], "^g1nodes", row["id"])
#import edges data from csv file
isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1edges")
if isdefined == 0:
with open("/opt/irisapp/misc/g1edges.csv", newline='') as csvfile:
reader = csv.DictReader(csvfile)
counter = 0
for row in reader:
counter = counter + 1
#Save data to globals
self.iris_native.set(row["source"]+'-'+row["target"], "^g1edges", counter)
第三步: 使用iris_native.get() 功能把节点和边缘数据从Globals传递给PYVIS
#Get nodes data for basic graph
def get_g1nodes(self):
iris = self.get_iris_native()
leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1nodes")
result = []
# Iterate over all nodes forwards
for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
#Get data from globals
val = iris.get("^g1nodes",level1_subscript)
element = {"id": level1_subscript, "label": val, "shape":"circle"}
result.append(element)
return result
#Get edges data for basic graph
def get_g1edges(self):
iris = self.get_iris_native()
leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1edges")
result = []
# Iterate over all nodes forwards
for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
#Get data from globals
val = iris.get("^g1edges",level1_subscript)
element = {"from": int(val.rpartition('-')[0]), "to": int(val.rpartition('-')[2])}
result.append(element)
return result
Step4: Use PYVIS Javascript to generate graph data
<script type="text/javascript">
// initialize global variables.
var edges;
var nodes;
var network;
var container;
var options, data;
// This method is responsible for drawing the graph, returns the drawn network
function drawGraph() {
var container = document.getElementById('mynetwork');
let node = JSON.parse('{{ nodes | tojson }}');
let edge = JSON.parse('{{ edges | tojson }}');
// parsing and collecting nodes and edges from the python
nodes = new vis.DataSet(node);
edges = new vis.DataSet(edge);
// adding nodes and edges to the graph
data = {nodes: nodes, edges: edges};
var options = {
"configure": {
"enabled": true,
"filter": [
"physics","nodes"
]
},
"nodes": {
"color": {
"border": "rgba(233,180,56,1)",
"background": "rgba(252,175,41,1)",
"highlight": {
"border": "rgba(38,137,233,1)",
"background": "rgba(40,138,255,1)"
},
"hover": {
"border": "rgba(42,127,233,1)",
"background": "rgba(42,126,255,1)"
}
},
"font": {
"color": "rgba(255,255,255,1)"
}
},
"edges": {
"color": {
"inherit": true
},
"smooth": {
"enabled": false,
"type": "continuous"
}
},
"interaction": {
"dragNodes": true,
"hideEdgesOnDrag": false,
"hideNodesOnDrag": false,
"navigationButtons": true,
"hover": true
},
"physics": {
"barnesHut": {
"avoidOverlap": 0,
"centralGravity": 0.3,
"damping": 0.09,
"gravitationalConstant": -80000,
"springConstant": 0.001,
"springLength": 250
},
"enabled": true,
"stabilization": {
"enabled": true,
"fit": true,
"iterations": 1000,
"onlyDynamicEdges": false,
"updateInterval": 50
}
}
}
// if this network requires displaying the configure window,
// put it in its div
options.configure["container"] = document.getElementById("config");
network = new vis.Network(container, data, options);
return network;
}
drawGraph();
</script>
第五步: 从app.py 主文件调用上面的代码
#Mian route. (index)
@app.route("/")
def index():
#Establish connection and import data to globals
irisglobal = IRISGLOBAL()
irisglobal.import_g1_nodes_edges()
irisglobal.import_g2_nodes_edges()
#getting nodes data from globals
nodes = irisglobal.get_g1nodes()
#getting edges data from globals
edges = irisglobal.get_g1edges()
#To display graph with configuration
pyvis = True
return render_template('index.html', nodes = nodes,edges=edges,pyvis=pyvis)
下面是关于此项目的 介绍视频：
程序化访问 Production
要用程序编辑Production（界面），你可以使用互操作性API和SQL查询的组合。
现有的命名空间
从顶层了解你目前正在工作的命名空间和生产是很重要的。
// Object script
// The active namespace is stored in this variable
$$$NAMESPACE
// Print namespace
Write $$$NAMESPACE
# Python
import iris
# The active namespace is returned from this method
iris.utils._OriginalNamespace()
# Print namespace
print(iris.utils._OriginalNamespace())
>>> DEMONSTRATION
现有Production (正在或者最后一次运行的Production)
另外，知道你的Production名称是很重要的，你可以使用以下API获得名称空间中正在运行的Production。
// ObjectScript
USER>ZN "DEMONSTRATION"
// Get current or last run production
DEMONSTRATION>W ##class(Ens.系统实用类：SYS.Database中的查询FreeSpace可以用来在任何时候检查磁盘上的自由空间。
下面是在IRIS终端中的尝试方法（进入%SYS命名空间，然后运行它）。
zn "%SYS"
set stmt=##class(%SQL.Statement).%New()
set st=stmt.%PrepareClassQuery("SYS.Database","FreeSpace")
set rset=stmt.%Execute()
// 一次性显示所有
do rset.%Display()输出结果示例如下。
*在命令执行的例子中，所有的数据库都放在同一个磁盘上，所以所有的磁盘空闲空间（DiskFreeSpace）返回相同的值。
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Docker 20.10.14（2022年3月23日发布）改变了赋予容器的Linux能力，其方式与InterSystems IRIS 2021.1（及以上）容器的Linux能力检查器不兼容。
在Linux上运行Docker 20.10.14的用户会发现，IRIS 2021.1+容器将无法启动，并且日志会错误地报告缺少所需的Linux能力。 比如说。
[ERROR] Required Linux capability cap_setuid is missing. [ERROR] Required Linux capability cap_dac_override is missing. [ERROR] Required Linux capability cap_fowner is missing. [ERROR] Required Linux capability cap_setgid is missing. [ERROR] Required Linux capability cap_kill is missing. [FATAL] Your IRIS container is missing one or more required Linux capabilities.
解决方案
遇到这个问题的用户需要调整传递给容器入口的命令行，以禁用对Linux功能的检查。
我想介绍一下我参加Globals竞赛的新项目。一个非常新的Globals浏览器视图
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你好!
我想知道，如果在没有运行%BuildIndices()方法的情况下向表中插入索引，是否会有问题。
需要注意的是，在索引之前插入的数据对于检索来说并不重要，所以在索引之前插入的数据在查询中不显示并不是问题。
我问这个问题的原因是，我想避免在需要插入这种索引的大表中进行索引重建。
我正在使用Cache 2018.1。
谢谢。
José
Hi!
I'd like to know if there are any issues if an index is inserted into a table without running the %BuildIndices() method.
It's important to note that data inserted before the index is not important for retrieval, so it's not a problem data inserted before the index don't show up in queries.
The reason why I'm asking this is that I'd like to avoid index reconstruction on big tables which I need to inser such index.
有没有一个帮助类可以导入XML类并转化成UDL？谢谢！
David
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当我们在一个命名空间中运行数据清除时，数据库的大小和空间并没有改变。 我想，像Oracle一样，它留下的空白空间是可以被缓存使用的，但有没有办法看到这些空间有多少是可用的？ 今天我增加了系统可用的磁盘大小，因为我们已经达到了关键的低磁盘空间，然而，随着清理的进行，我们应该有几百GB的可用空间在数据库内使用。 那么，只要数据库中有足够的可用空间用于写入数据，允许系统耗尽可用的磁盘空间是否安全？When we run data purges in a namespace, the size and space of the DB does not change. I assume like Oracle it leaves white space that is usable by cache, but is there a way to see how much of this space is available?
大家好! 对于那些参加了2021年虚拟峰会的体验实验室的人来说，你可能还记得其中一个实验室会议是围绕Kubernetes进行的。我们现在已经将该实验室转换为完全线上按需使用。你可以启动一个小型的虚拟机集群，并按照练习来管理你的Kubernetes集群，将InterSystems IRIS容器部署到其中，并观察它在摧毁一个吊舱时的自我修复性质。
如果你有兴趣，这是一个很好的Kubernetes介绍。请看这里: 用InterSystems IRIS 和 Kubernetes实现高可用
IRIS Healthtoolkit Service 软件即服务
轻松实现HL7v2 转 FHIR, CDA 转 FHIR, FHIR 转 HL7v2 即服务.
这个项目的目标是提供 REST API 可以轻松转化不同的医疗行业格式。 在Rest body 发布需要的格式，在答案中获得新的格式。
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InterSystems 消息转换公有云服务: https://aws.amazon.com/marketplace/pp/prodview-q7ryewpz75cq2 -
视频（油管） : https://youtu.be/lr2B7zSFkds
安装
克隆这个 repository
git clone https://github.com/grongierisc/iris-healthtoolkit-service.git
Docker
docker-compose up --build -d
使用
来自奥兰多的报道，Epic公司的医生Jackie Gerhart博士在HIMSS22上讨论了电子病历的庞大研究数据库及其发现如何形成个人服务。
新冠疫情的发生证明了随时获取数据的重要性。在未知的病毒海洋中，全人群的分析有助于为公共卫生官员、医疗服务供应商和患者提供洞察力。
现在，在Epic公司从事临床信息学工作的医生Jackie Gerhart说，这家全球领先的电子病历厂商正在希望帮助临床医生使用数据来形成个性化患者服务。
Gerhart在HIMSS22会议上与《医疗保健IT新闻》坐下来讨论了Epic广泛的病人数据库、Epic研究结果以及其即将推出的 "我的病人的最佳护理（Best Care for My Patient "工具如何向临床医生展示全国各地的最有效实践。
问： 作为一名医生，你是如何帮助Epic形成产品的？
答： 我们的作用是，第一，帮助软件的研究和开发；第二，新的面向未来的项目，使得相关的数据和分析可以在护理节点或未来的研究中使用。
然后，我们还与我们目前的医疗机构合作，确保他们得到真正好的客户经验。例如，你可能在不同的头条新闻中看到，临床医生不喜欢他们的电子病历，或者就像众所周知的，"哦，我的上帝，我还得在晚上做这个。
在Linux上设置TZ环境变量
v2015.1的更新检查表建议在Linux平台上设置TZ环境变量，并指出了tzset的手册。建议这样做是为了提高Caché的时间相关功能的性能。你可以在下文找到更多关于这个的信息:
我的CentOS 7测试系统上的manpage（RHEL 6也是这样说的）有这样的说法。
"tzset()函数从TZ环境变量初始化tzname变量。 这个函数会被其他依赖时区的时间转换函数自动调用"。
那么，你如何设置TZ？它是如何影响Linux服务器上的时间的？让我们来看看我们能学到什么:
在最近的大规模基准测试活动中，我们看到过多的%sys CPU时间，对应用程序的扩展产生了负面影响。
问题
我们发现，由于TZ环境变量没有被设置，很多时间都花在了localtime()系统调用上。 我们创建了一个简单的测试程序来证实这一观察结果，设置了TZ与未设置TZ的时间差和所需的CPU资源都是惊人的。 我们发现，当TZ没有设置时，从localtime()继承使用stat()系统调用到/etc/local_time是成本很高。
万能的社区我在cache中创建一个视图时遇到了麻烦，其查询方式为:
SELECT column1, column2, column 3
FROM table
WHERE
(column1, columnn 2) IN (SELECT c1, c2 FROM table2 GROUP BY c1)
ORDER BY column1
我认为问题出在where子句上，因为它不能取两列: .
具体错误信息为: [SQLCODE: <-1>:<Invalid SQL statement>] [%msg: < ) expected, , found^ (column1,>]
请问如何解决? 谢谢！
我们所有的工作环境都是Ensemble 2017.2。但我们最近将迁移到IRIS for Health 2021.1版本。这是一个复杂的过程，但经过仔细考虑，我们找到了实现这一目标的方法。
我们有一个开发服务器和两个生产服务器的镜像，采用Failover模式。我们有40多个名称空间在使用中，有些有HL7集成，有些有Soap服务、Rest服务、文件处理......什么都有点。我们需要确定向IRIS的迁移不会出现问题，最重要的是，我们需要不惜一切代价避免服务中断。因此，我们必须做的第一件事是建立一个计划。
Hi Community，
C:\InterSystems\IRISHealth\CSP\bin.csp.cni 有用户名, 但密码被加密了，如何解密或者重置？
谢谢！
开发者们大家好!
你可能已经注意到了在IRIS 2021 Global的名字是随机的。
如果你用DDL来创建类而且想给Global一个确定的名字，实际上是可以做的。
在CREATE Table 里使用 WITH %CLASSPARAMETER DEFAULTGLOBAL='^GLobalName' ，如文档。参考以下例子:
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实时人工智能/机器学习计算的挑战
我们将从我们在 InterSystems 数据科学实践中遇到的示例开始讲起：
- “高负载”客户门户与在线推荐系统相集成。 计划是在整个零售网络层面重新配置促销活动（我们将假设使用“细分策略”矩阵而非“平面”促销活动母版）。 推荐机制会有哪些变化？ 推荐机制内的数据馈送和数据更新会有哪些变化（输入数据量增加了 25000 倍）？ 推荐规则生成设置会有哪些变化（生成规则的总量和“分类”呈千倍增加，因此需要将推荐规则筛选阈值缩小千倍）？
- 设备健康监控系统使用“手动”方式馈送数据样本。 现在，它将连接到每秒可传输数千个过程参数读数的 SCADA 系统。 监控系统会有哪些变化（它能否应对以秒为单位的设备健康监控）？ 当输入数据接收到包含数百列最近在 SCADA 系统中实现的数据传感器读数的新块时，会发生什么（是否有必要关闭监控系统以将新的传感器数据整合到分析当中，以及要关闭多久）？
- 复杂的人工智能/机器学习机制（推荐、监控、预测）依赖于彼此的结果。 要调整这些人工智能/机器学习机制的功能以适应输入数据的变化，每月需要多少人工工时？ 人工智能/机器学习机制在支持制定业务决策方面的总体“延迟”是多少（支持信息的刷新频率对比新输入数据的馈送频率）？
痴呆症是一个重大的全球性问题，困扰着5400万人，到2050年这个数字将上升到1.3亿。由英国剑桥大学的学者创立的Cognetivity Neurosciences公司设计了一个尖端的解决方案，以帮助缓解全球痴呆症的流行。
根植于先进神经科学的简单解决方案
在出现临床症状之前的早期检测，为专家干预和改变生活方式打开了大门，可以减缓痴呆症的发展，提高生活质量。生活方式的改变有可能将症状的出现推迟五年，进而将普通人群中的痴呆症发病率降低50%。
Cognetivity Neurosciences的综合认知评估测试（ICA）是基于人类对动物刺激的强烈反应，以及健康的大脑在不到200毫秒内处理动物图像的能力。
ICA将基于云的人工智能和神经科学的进展结合起来，进行快速的动物/非动物视觉分类测试，目的是在记忆症状出现之前发现疾病的迹象。它涉及在阿尔茨海默症的前症状阶段受到影响的大脑区域，并检测出信息处理速度的细微损伤。
ICA基于云的敏捷性使临床医生和用户能够在熟悉的硬件上进行ICA测试，如iPad和智能手机，并在任何有互联网连接的地方进行。
Cognetivity Neurosciences正在通过一个先进的、可扩展的解决方案，利用神经科学的进步、人工智能和InterSystems IRIS for Health云数据管理平台的力量，重新发明痴呆症检测。
类似: "set obj = ##class(myClass).%OpenId(id)" 把一个id 赋予对象的实例，有没有办法可以通过提供类名和id 作为参数来实现功能/类方法来返回同样的结果,例如 用ObjectScript 中的getObjectInstanceByNameId(className As %String, id As %Integer)？谢谢！
说明
欢迎来到InterSystems广播站--数据点！在这一集里，我们和在线培训团队负责人Jenny Ames聊了聊InterSystems IRIS--稳定、灵活、可扩展、可互操作的数据平台，它为世界上许多最关键的核心应用提供支持。从它的多模型性质到它的集成引擎，再到它的医疗保健功能，在一次谈话中，有很多东西需要解读。
本期节目回放：https://datapoints.castos.com/episodes/1-what-is-intersystems-iris-jenn…
关于InterSystems广播站的更多信息，请访问https://datapoints.intersystems.com。
今天就试用InterSystems IRIS，请到https://www.intersystems.com/try，启动你的实例!
更多资料欢迎访问：https://gettingstarted.intersystems.com。
以下是本期对话中文全文。
德里克-罗宾逊 00:01 欢迎来到InterSystems 在线培训的播客。请确保在你最喜欢的播客应用程序上订阅播客，如Spotify、苹果播客、谷歌播放或Stitcher。你可以通过搜索 "数据点 "并点击订阅按钮来做到这一点。
假设有一个类 "X.Y.Z"
它的SQL表名称是什么？如何通过ObjectScript获取？?
快速的搜素不能显示任何方法或属性。文档有点 "不对" 说 SQL 表名称是一样的. 至少应该是 'x_y.z'.
答案见英文社区：https://community.intersystems.com/post/getting-sql-table-name-given-cl…
听IRIS 专家聊IRIS，学技术，练英语听力，尽在Intersystems 系联在线培训广播电台
https://datapoints.intersystems.com.
21. Embedded Python — Released February 3, 2022
20. The InterSystems Kubernetes Operator — Released July 27, 2021 [Transcript available]
19. What's New in Version 2021.1 of InterSystems IRIS? — Released June 3, 2021
18. The InterSystems IRIS® FHIR® Accelerator Service — Released May 5, 2021
17. The Analytics & AI Landscape — Released April 6, 2021
16. A Cloud DBMS Visionary — Released January 27, 2021
15. Writing ObjectScript in VS Code — Released November 17, 2020
欢迎到我们Global Master 网站完成冬奥小游戏，赢积分，抽奖品（雨伞/保温杯/T-Shirt）。
https://globalmasters.intersystems.com/channels/72
不知道如何玩转Global Master, 请参考：认识Global Masters 倡导中心，从这里开始！ | InterSystems Developer Community | Global
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@Robert Cemper 我们全球（几乎是）最资深最活跃粉丝最多的社区成员 (最畅销!). Robert 老师从1970年代就开始从事软件行业，从1978年就开始从事MUMPS, DSM, ... Caché, ...IRIS等等直到今天还在活越地写代码。所以跟着Robert老师超过100篇的社区文章中学习 InterSystems 技术是最好不过的选择了。我们按照主题精选了一些文章，后面会陆续翻译，大家希望优先翻译哪一篇，欢迎在评论区留言。
关于SQL
DB Migration using SQLgateway IRIS 使用