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· 三月 14 阅读大约需 3 分钟
Fhir-肝炎预测

使用 FHIR SQL BUILDER 处理 FHIR 资源以预测患丙型肝炎疾病的概率

随着科技的发展,医疗行业也在不断的进步,人类也往往更加关注自身的健康,
通过计算机学习和处理数据集,可以预测疾病。

前提条件:使用 FHIR 和 ML的能力
首先,我们的数据集从kaggle获得,并根据患者性别、年龄、ALP或ALT转化为FHIR资源,并导入到FHIR资源库中

要导入FHIR资源库,我们可以使用以下命令:

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医疗行业的互操作性在改善病人护理、降低医疗服务提供者的成本以及为提供者提供更准确的情况方面发挥着重要作用。然而,由于有这么多不同的系统,数据的格式也有很多不同的方式。有许多标准被创造出来以试图解决这个问题,包括HL7v2、HL7v3和CDA,但每一种都有其缺点。

FHIR,即快速医疗互操作性资源,是一种新的医疗数据格式,旨在解决这些问题。它是由国际卫生级七组织(HL7)开发的,该组织还开发了HL7v2、HL7v3和CDA。

今天我们将探讨如何在VS代码中借助IntelliSense和自动完成功能,通过使用FHIR Schema 创建和验证FHIR资源。

第 1 步 :从FHIR 官方网站 https://www.hl7.org/fhir/下载 JSON schema file 文件用来做资源校验

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不同系统在“对话”时候,如何让它们明白“带黑色条纹的白马”和“带白色条纹的黑马”是同一种动物(斑马)呢?FHIR是HL7国际(HL7 International)为满足当前医疗数据环境中的互操作性需求而创建的医疗数据标准,如今已成为许多国家医疗信息系统的全国性强制性要求。本视频介绍了FHIR的设计理念和关键构成,包括FHIR资源、FHIR Profile、FHIR扩展等。

//player.bilibili.com/player.html?aid=355449009&bvid=BV1MX4y1z79w&cid=1108550416&page=1
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· 九月 3, 2023 阅读大约需 8 分钟
独立模式下 EMPI 的安装和适配 - FHIR之转换和摄取

大家好。

在上一篇文章中,我们了解了如何配置 EMPI 来接收 FHIR 消息。为此,我们安装了 InterSystems 提供的 FHIR 适配器,该适配器配置了一个可以向其发送 FHIR 消息的 REST 端点。然后,我们将获取消息并将其转换为 %String,我们将通过 TCP 将其发送到 HSPIDATA 命名空间中配置的 EMPI 的输出。

好吧,是时候看看我们如何检索消息、将其转换回 %DynamicObject 并将其解析为 EMPI 用来存储信息的类。

TCP消息接收

正如我们所指出的,从配置了 FHIR 资源接收的生产中,我们已将消息发送到我们有业务服务侦听的特定 TCP 端口,在我们的例子中,该业务服务将是一个简单的EnsLib.TCP。 PassthroughService的目标是捕获消息并将其转发到业务流程,我们将在其中执行所需的数据转换。

这里有我们的商业服务:

这是它的基本配置:

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什么是互联互通?我们所说的互联互通其实就是国际上的互操作性,HIMSS对于互操作性定义的是:不同的信息系统、设备、应用系统之间、程序之间,在机构区域和国家边界之内,以及跨机构、区域和国家边界,以协调的方式来访问交换集成和协作使用数据的能力。

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· 五月 23, 2023 阅读大约需 1 分钟
【视频】医疗信息系统如何获得真正的互操作性?

实现医疗系统之间的互操作性是一项艰巨的挑战。随着FHIR日渐普及,对FHIR标准的兼容如今已成为许多国家医疗信息系统的全国性强制性要求。FHIR标准最有价值的一方面就是所有内容可被机器读取,使得FHIR应用跨机构使用成为可能,帮助您距离“语义互操作性”更近一步。

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· 九月 13, 2023 阅读大约需 1 分钟
去掉了 InstallFoundation 的方法 (IRIS 2023.2+ )

我们最近发布了 IRIS 2023.2版本。
此版本从此类“HS.HC.Util.Installer”中删除了“InstallFoundation”
这是一个没有记录在官方文档中的私有的方法,但它被社区广泛用来安装 FHIR 服务器。
所以如果你遇到这个错误:<METHOD DOES NOT EXIST> *InstallFoundation,HS.HC.Util.Installer
在构建我们自己的 FHIR 服务器的演示时,您可以通过替换此行来修复它:
do ##class(HS.HC.Util.Installer).InstallFoundation (namespace) 替换成 Do ##class(HS.Util.Installer.Foundation).Install(namespace) `

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· 四月 1 阅读大约需 1 分钟
加快临床试验,扩大全球市场推广

此视频帮助大家了解InterSystems如何帮助CRO来加快临床数据采集和更快地推广市场。

演讲嘉宾:

Jim Coutcher, Senior Director/Principal, Global Head of Enriched Studies, Real World Solutions, IQVIA
Qi Li, Physician Executive, InterSystems
Matt Stannard, life Sciences Advisor, InterSystems

//player.bilibili.com/player.html?aid=1852663638&bvid=BV1fp421C74H&cid=1490352677&p=1
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欢迎大家来我们的 Bilibili主页观看更多视频!

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嗨社区,

这篇文章公开介绍我的 iris-fhir-client 客户端应用。

iris-fhir-client 可以可以借助嵌入式 python 连接到任何开放的 FHIR 服务器 fhirpy 图书馆.

通过终端和使用 CSP Web 应用程序获取资源信息。

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开发者们可以让轻松让全世界了解他们如何与Epic软件进行连接

2022年12月,全球排名第一的电子病历厂商Epic宣布发布Connection Hub供应商服务平台,供全球供应商来分享他们与Epic软件实现互操作能力的平台。

这个新网站于2023年1月9日开放,将允许所有与Epic有连接的供应商列出他们的应用,并自我报告他们是否已经实现了成功的数据交换。网站访问者,包括Epic客户,可以看到供应商提供的信息,如应用描述和网站链接。

Connection Hub将对所有供应商开放,目的是使供应商更容易加入其在线产品目录。希望被列入名录的供应商可以通过提供他们的信息和完成一个可选填的问卷来加入。除了Connection Hub,Epic还将推出供应商服务--提供Epic的新闻通讯、详细的教程、扩大的测试沙盒和技术支持的访问。

EPIC现有应用市场将进行更新并计划在今年晚些时候重新启动。 目前在应用市场的供应商将自动迁移到Connection Hub供应商服务平台。所有连接将不会受到影响,在应用市场中接受服务、API和测试工具的供应商将继续通过Connection Hub进行。对于那些目前在应用市场中列有实时连接的供应商,EPIC将为他们提供一个简单的方法,将其现有信息转移到Connection Hub。

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· 十月 7, 2023 阅读大约需 19 分钟
国际卫生信息互操作标准发展简史

卫生信息和其它信息化一样,经历了数码化、数字化到当今的数字化转型,卫生信息互操作一直伴随左右。

数码化(digitization):国内90年代开始,HIS全面铺开,卫生信息进入数码化时代。数码化初期业务集中在HIS上,互操作需求不高,点对点接口可以满足绝大多数需求。

数字化(digitalization):在2000年之后,各种专科系统、尤其是电子病历的诞生,医保和新农合的实施,要求卫生信息共享交换,以提高流程自动化水平。互操作需求爆发,2007年集成平台开始进入市场,卫生信息化进入数字化时代。

数字化转型(digital transformation):2014年,国内正式进入移动互联网时代;次年《全国医疗卫生服务体系规划纲要(2015—2020年)》发布,卫生信息化的服务对象(服务于医护技到服务于患者)和业务形态(临床管理到患者服务)都发生了翻天覆地的变化,开始步入数字化转型的时代。它对互操作提出了更高的要求 - 利用互操作,增强全员参与,为卫生服务创造新价值、发展新业务,推动医疗机构持续数字化转型。

可以说,卫生信息互操作在整个的卫生信息产业中愈发重要。

国际卫生信息互操作发展了30年,国内也发展了20年,但卫生信息互操作依然是一个挑战。

知史而明鉴,识古而知今。我们看看国际卫生信息互操作发展的历程,对未来的卫生信息互操作有什么借鉴。

卫生信息互操作标准的要素

HIMSS把信息互操作/集成定为4个不同的级别:

基础级别,仅仅打通了系统间进行数据通讯的通道;

结构级别,在基础级别上,定义了数据交换的格式和语法;

语义级别,建立在行业通用的基础模型和数据编码上,使用标准化的行业语义来定义数据元素,使用标准的值集。因此语义级别的互操作是全行业可以理解并有确定行业意义的互操作级别。或者说语义级别的互操做才是基于标准的互操作。

组织级别,通常都是由国家、行业协和和行业标准开发组织开发的。它加入了政策、社区、法律等方面的考虑,分析了通用的业务流程和工作流,在此基础上设定了参与互操作各方的角色、权限,服务和知情同意策略等。我们的互联互通,就是组织级别的互操作。

目前的卫生信息互操作项目多数停留在结构级别。只有达到语义级别的信息互操作/集成,才是标准化的信息互操作/集成,才能降低实施成本和提高实施效率。

做到语义级别的互操作标准并不容易,首先是消除语义歧义、其次行业普遍认可、再次是要覆盖行业用例并具有适应行业不断变化需求的弹性。

图片来源:EuroVulcan Conference 2023

先说消除语义歧义。要在信息交换时消除语义歧义,需要在语言、语法、词义、句法等多方面努力,而且涉及到数据的颗粒度。尤其在医疗行业,完整、消除歧义才能保障卫生信息准确和医疗行为安全!

HIMSS认为要消除语义歧义、达到语义级互操作性,需要基于五位一体的语义标准,包含:

  • 词汇/术语标准:依靠结构化的词汇、术语、代码集和分类系统来表示健康概念。例如ICD-10SNOMED-CTLOINC RxNorm行业里典型的词汇和术语标准。
  • 内容标准:描述信息交换中,数据内容的结构和组织。而HL7 CDAHL7 V2C-CDA都是行业内容标准。
  • 传输标准:定义了计算机系统、文档架构、临床模板、用户界面和患者数据链接之间交换的消息格式和传输方式。传输方式确定了卫生信息交换的“推”和“拉”方式。DICOMIHE等都是传输标准。
  • 隐私和安全标准:是确定谁、何时、出于何种目的、使用哪种个人健康信息的权利,以及如何护健康信息的机密性、可用性和完整性的标准。美国的HIPAA和欧洲的GDPR都是关于隐私和安全的标准。
  • 标识符标准: 是用来唯一标识患者、机构、医护技、设备等实体的方法。例如咱们互联互通里用到的OID和美国的护士标识NCSBN ID …

并非消除了语义歧义的标准就能被广泛接受和认可,需要行业标准化组织的推动,实现厂商中立,毕竟互相竞争的厂商很难接受对方的企业标准。回顾一下行业里流行的标准,无论是术语标准、还是消息和文档标准,都是行业里标准化组织发布的,其中最有名的就是HL7。

从这个行业标准发展史可以看到,毫无例外的,标准先从术语标准开始,例如ICD、SNOMED,历史都非常久远。而我们常用的HL7 V2有30多年历史了,CDA和V3也20年左右了。从2014年,HL7推出了FHIR。这些标准是为何以及如何演进的?

互操作标准发展要满足不断变化的行业需求和用例

先看看90年代初的互操作的业务环境,就像下图那么简单:医疗机构还处在数码化向数字化转换的时代 - HIS等业务系统开始大规模部署以实现流程和数据的数码化,同时产生了非常有限的跨业务系统的流程自动化 – 信息集成需求。实时卫生信息交换的需求基本都在医疗机构内部(局域网,那时候WWW刚诞生),而院内的业务系统数量非常有限、且系统边界清晰,使用的用户基本就是医护技和管理人员,需要的互操作流量规模可以准确预测。而且系统互操作的技术手段非常有限,基本就是文件传输、串并口、socket,而SOAP(2000年)、RESTful(2000年)、甚至HTTP(1996年)等协议都还没有产生。

HL7 V2

这就是HL7 V2消息交换标准产生的时代,和所面临的互操作业务需求:它将业务事件和业务事件的上下文封装在消息结构中,在系统边界中传递这些消息。

业务系统边界清晰,一般用消息引擎来路由和转发这些消息,从而不打破系统边界。各个业务系统只要能接收/发送并处理这些标准化的消息即可。

近距离看一个HL7 V2消息示例,它是一个由多种分隔符分割的字符串,由区段和字段构成:区段是一组分类的数据,例如PID是患者信息区段;而字段是每个数据项,例如患者标识(在PID区段里)是“1182594^^^系联医院&1^^系联医院&1”,它本身也是一个结构,用于放标识符(1182594)和标识分配机构(系联医院)等信息。

而事件就是消息头区段里的ORM^O01,其中ORM代表业务域”通用医嘱消息”,O01代表事件“医嘱请求”。

消息头区段 MSH|^~\&|HIS|系联医院|系联实验室|系联医院|202302160002||ORM^O01|demo22903||2.5|382|||||UTF8

患者区段 PID||1182594^^^系联医院&1^^系联医院&1|||李小明||19570320|M|||北京市朝阳区建国门外大街乙12号2702

就诊区段 PV1|22903|O|心内科||||35030099^唐^南|||MED|||||||35019964^郑^顾樽||22903|||||||||||||||||||||||||202302160002^M

保险区段 IN1|1|65110116^城镇职工医保|

医嘱区段 ORC|NW|MS:1182594:1|||SC||||202302160002^M||||||||||||||||||||LAB

医嘱明细区段 OBR|1|MS:1182594:1||4548-4^糖化血红蛋白^loinc

为什么HL7 V2会是这种难读的格式?因为它是窄带时代的产物,当时通讯带宽有限,数据格式需要紧凑,通常仅用分隔符分割,以减少传输的数据量(相较与XML,通常能减少80%以上的数据),如今在一些检验检查设备的通讯协议中还能看到类似的设计。同时,从早期直到现在,多数HL7 V2消息是通过socket交换的。这些特征都是90年代互操作的历史印记。

HL7 V2是按模式复用的角度设计的颗粒度,也就是说它的颗粒度是信息区段。但并不是所有的信息区段都有独立的含义和复用的价值,例如区段TQ1、TQ2定义服药时间和用药途径,没有单独存在的可能和直接复用的价值。

另外,V2消息的字段随意性很大,相同内容可以放在不同的字段甚至区段里面;用户还被鼓励创建自定义的Z区段进行消息体扩展。也就是说它标准化程度不高,需要实施的双方事先约定好数据具体怎么放才能实现信息交换。同时V2术语约束机制很弱。

HL7 V3 和 CDA

世纪之交,卫生信息化发展提速,电子病历和各种专科系统崛起,更极大推动了卫生信息的交换和流程自动化的需求,同时对交换的语义标准化程度有了更高的要求。这需要更严谨的互操作业务抽象和术语约束。卫生信息正式进入数字化时代,也正是在这一时期,诞生了包括IHE、CDA、HL7 V3在内的众多互操作标准。

从模型抽象的角度看,应该全面包含用例模型、信息模型和交互模型,但V2的关注点基本在交互层面,对其它层面的抽象很弱。

由此,携着其著名的参考信息模型(RIM)方法论,V3在2005年横空出世,对业务场景进行分析,抽象交互逻辑,从参考信息模型到领域信息模型,再到精细化消息信息模型,最终产生需要的消息模型。模型以XML进行序列化,相较于V2,进步了许多。

这套方法论产生的V3消息标准化程度很高。但为了覆盖所有业务需求,RIM是高度抽象的(难于理解的);同时V3方法论是“按约束设计”(design by constraint),试图涵盖所有应用场景,避免自定义扩展,这使其越来越复杂、越来越庞大,而且用户没有RIM基础很难自己对其扩展,从一个极端走向另一个极端。

V3的高复杂性和高使用门槛,造成了它事实上的失败,没有成为V2的替代者,就像一些专家评论的 – “RIM创建了语义互操作性,但没有创建临床互操作性“。

注意,国内有一些实践中,甚至没有严格遵循V3发布的XML schema,直接用代码拼出XML字符串,也不做消息校验,这不算标准的V3。

同样在世纪之交,很多业务需要即时性不那么强、但数据更完整的交换 - 小结性质的临床文档交换。在这个领域,最主流的是CDA临床文档架构标准。CDA源于 1996 年就开始的临床文档中结构化标记工作,并在1997年并入HL7,随后使用V3参考信息模型来完善和发展。大家可能注意到前面的图上CDA早于V3发布,就是这个原因。

CDA临床文档架构,用于描述结构化文档,同时允许插入供人类解读的非结构化部分。它产生的文档具有上下文完整、可持久保存、可管理、可认证等特性。CDA文档和衍生的CCD文档广泛用于医疗机构边界间和医疗系统边界间的文档交换,或作为具有法律效力的临床文档依据保存在文档仓库。

CDA是成功的,可能是V3基础上唯一成功的部分,但它不能解决细数据颗粒度访问的需求。

IHE

虽然RIM基于业务场景、角色、触发事件等分析,但它的交付物 – 消息模型并无法执行流程与角色的约束。

服务用于业务场景里流程、角色的表达,功能内聚,可以通过企业服务总线(ESB)来协同,比消息路由规则更直观、更灵活,更适合实现业务流程的自动化。通常服务是比较大尺度的业务表达,服务标准广泛采纳的难度在于它实际上是规范业务流程和业务方法,而实际上多数机构的业务并不那么一致。

IHE(Integrating the Healthcare Enterprise)是国际上比较流行而成功的卫生信息交换服务规范。它是1998年,由HIMSS 和RSNA(北美放射学协会)发起,由一帮放射学和IT技术专家创建的。它最初为放射影像信息共享提供技术框架,以解决即便有了DICOM后在不同厂商系统间放射影像信息交换的标准和流程上的困难,后面逐步涵盖了越来越多的业务场景。IHE使用已经发布的卫生信息内容标准和术语标准,例如DICOM、HL7、LOINC等,来构建自己的服务框架,利用企业服务总线来协同这些服务,可以实现比消息交互更功能内聚的互操作架构:

• 服务本身封装了事件、上下文

• 服务针对于场景定义了流程和角色

• 适合跨清晰的业务系统边界间信息交换

• 服务有多种互操作模式:

• Web 服务本身是可互操作的,这意味着任何客户端都可以直接调用 Web 服务

• 服务可以通过企业服务总线(ESB)来协同,比消息路由规则更直观、更灵活

IHE分析每个业务场景(Profile),将业务场景中参与方定义为角色(Actors),场景中角色的交互定义为事务(Transactions)。例如跨机构的文档共享业务场景中,有4个不同的角色:文档源、文档注册器、文档使用者和文档仓库。而交互事务有注册、查询、获取等

IHE能在服务标准上取得成功,在于它先在参与的用户基础上规范业务,然后再基于规范的业务发布相应的服务,也就是说,使用IHE需要先认同它的规范出的业务。

IHE一直随着业务、技术和互操作标准的发展而不断演进,从最初使用DICOM + HL7 V2,到最新基于FHIR;从最初的影像信息交换到最近的患者穿戴设备的数据交换。例如在2007年,IHE创建了基于HL7 V3的跨机构档案共享的Profile – XDS.b,之后又推出了基于FHIR的诸多移动端服务。

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· 四月 17 阅读大约需 1 分钟
[视频]了解HL7 FHIR 资源(Resources)的架构

各位开发者好

欢迎观看InterSystems Bilibili官方频道的最新视频 InterSystems Developers Bilibili:

⏯ Understanding the Structure of HL7 FHIR Resources

//player.bilibili.com/player.html?aid=1953056184&bvid=BV1iC411G74J&cid=1506782787&p=1
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当数据资产已经成为医院的核心资产,如何有效利用数据核心资产,持续挖掘互联互通平台和各种数据中心的价值,成为医疗信息化工作的重中之重。欢迎扫码注册(或点击链接注册)观看多位大咖针对这一话题的解读。

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· 十月 9, 2023 阅读大约需 4 分钟
FHIR与微服务架构

市场上有太多的技术体系和应用开发架构,C/S、三层架构、面向服务架构… 以三层架构为例,展现层可能是网页或Java/.net客户端、应用层可能是java、.net、Python,数据层可能是SQL、NoSQL、NewSQL。但大多建立的是单体架构应用 – 为特定业务目标从底层数据模型到业务逻辑再到用户界面的一体化设计,也就是孤岛型应用。

单体架构应用最大问题是没有哪一部分是以复用为主要目的设计和建设的,而且和其开发技术体系绑定:

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FHIR是快速医疗互操作资源(Fast Healthcare Interoperability Resources)的缩写,所以FHIR的核心是资源模型。它的颗粒度和结构都优于之前的V2 、V3、CDA标准,而且能够灵活扩展。另外一个优势就是它的API,它不仅提供了针对于资源模型本身的原子化的CRUD(创建、读取、更新、删除的这样一些原子化操作),而且提供了查询这种更复杂操作的能力,同样API是可以扩展的。

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血糖控制不佳与流产、入住 NICU、手术分娩和妊娠期较短的风险增加有关。尤其危险的是那些先前患有糖尿病的人,他们将受益于在受孕前维持接近正常的血糖。所有 DIP 患者都将从早期转诊到糖尿病服务中受益。如果要降低相关并发症、围产期死亡率和孕产妇发病率,重点将放在 DIP 的早期发现和有效治疗上,以实现血糖正常。糖尿病的早期诊断、生活方式管理和治疗将降低高血糖并发症的发生率和严重程度。

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医院管理者、信息中心、业务骨干,每个角色都有独特的业务诉求,InterSystems IRIS医疗版互联互通套件专为国内用户设计,可助力医院用户释放数据价值,推动应用创新!截至目前,InterSystems技术已助力150余家医院通过四级及以上医院信息互联互通标准化成熟度评测,其中,五级乙等用户近30家。

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回过头来,业务场景都是千人千面的, FHIR怎么能够用一个标准涵盖尽可能多的用例?HL7吸收了V3的教训,在V3里面不成功的、或者说采纳度比较低的一个原因就V3试图穷举所有用例,由HL7组织自己来规范这些用例。这个是蛮沉重的教训,这也是V3的方法论虽然好,但是这套实施的路线在国际上有很大障碍的原因。

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· 十二月 7, 2022 阅读大约需 11 分钟
创建基于 FHIR 的表单

Intersystems IRIS for Health 对 FHIR 行业标准提供了出色的支持。主要特点是:
1.FHIR 服务器
2. FHIR数据库
3. REST 和 ObjectScript API 用于 FHIR 资源(患者、问卷、疫苗等)的 CRUD 操作

本文演示了如何使用这些功能,并展示了用于创建和查看表单类型的 FHIR 资源的Angula前端。

第 1 步 - 使用 InterSystems IRIS for Health 部署您的 FHIR 服务器

要创建 FHIR 服务器,您必须将以下说明添加到 iris.script 文件中(来自:https://openexchange.intersystems.com/package/iris-fhir-template

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