InterSystems IRIS 2021.1 的发布引入了自适应分析(Adaptive Analytics)的介绍。 为了开始使用和熟悉 InterSystems IRIS BI cube示例,我们创建了一个用于自适应分析的 HoleFoods 应用程序示例模版。 此示例应用程序可在 Open Exchange 上获得, 还有一个学习服务课程learning services course 可用于了解有关自适应分析的更多信息。

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临床研究必须与健康数据相连

就在不久以前,临床科研人员还需要依靠三联的纸质NCR表格,手工收集从堆积如山的手写电子病历中提炼出来的病人数据。从又大又重的《医师案头参考》(PDR)撕下几页,通过传真机发送给FDA,用于药物安全报告。业内专业人士接受了大量的培训,以确保数据经过源文件验证、双键处理,并在经过看似无休止的查询以纠正错误之后,保证其符合目的。

值得庆幸的是,随着电子健康档案的广泛采用,健康数据的数字化,这一过程得到了极大的改善。但是,鉴于临床研究进展缓慢,特别是精美的Excel表格仍由人工数据摘要完成,该领域早该有更多的技术变革,特别是围绕释放医疗互操作性的全部好处。如果我们能做到这一点,生命科学公司将有机会利用宝贵的健康数据来确保病人的安全,优化新药的疗效,并使临床开发过程更加高效,减少错误。

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Johnny Wang · 四月 25 阅读大约需 39 分钟
Angular 中 Ensemble 工作流的 UI

    大家应该都已经很熟悉 InterSystems Ensemble(一个集成和应用程序开发平台),每个人都知道 Ensemble Workflow 子系统是什么以及它对于自动化人类交互的作用。 对于那些不了解 Ensemble Workflow 的人,我将简要介绍它的功能(已经熟悉的朋友可以直接跳过这一部分并学习如何使用 Angular.js 中的 Workflow 接口)。

InterSystems Ensemble

    InterSystems Ensemble 是一个集成和应用程序开发平台,旨在集成异构系统、自动化业务流程和创建新的复杂应用程序,这些应用程序通过新的业务逻辑或新的用户界面增强集成应用程序的功能:EAI、SOA、BPM、BAM 甚至 BI (感谢 InterSystems DeepSee:一种用于开发分析应用程序的内置技术)。

    Ensemble 具有以下关键功能:

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Michael Lei · 四月 17 阅读大约需 3 分钟
翻译博客文章--浏览医疗保健的未来

在最近一次探索马里兰小镇的 "度假 "期间,我偶然发现了一家非常令人愉快的书店,在那里我愉快地消磨了一下午。我和我的家人都是读者,喜欢各种类型的书--新的、二手的、印刷的、电子的。我们尽量在当地购物,以帮助零售店保持运营。

这次访问促使我思考图书行业所发生的事情与我们的医疗保健系统所发生的事情之间的一些相似之处。

医疗保健行业与图书行业的趋势


数字化


我们阅读内容的格式已经发生了根本性的变化。在2020年,电子书几乎占美国市场的四分之一。音频书占美国图书收入的10亿美元。许多印刷书籍是按需出版的,而不是保存在库存中。同样,医疗保健早已不再是一个“伸出舌头说啊 ”的行业,基因组测试、由人工智能算法读取的X射线、可植入设备和远程医疗访问已经改变了医疗的面貌。

虚拟服务

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Michael Lei · 三月 12 阅读大约需 1 分钟
Linux TZ环境变量未被设置以及对Caché的影响

在最近的大规模基准测试活动中,我们看到过多的%sys CPU时间,对应用程序的扩展产生了负面影响。

问题

我们发现,由于TZ环境变量没有被设置,很多时间都花在了localtime()系统调用上。 我们创建了一个简单的测试程序来证实这一观察结果,设置了TZ与未设置TZ的时间差和所需的CPU资源都是惊人的。 我们发现,当TZ没有设置时,从localtime()继承使用stat()系统调用到/etc/local_time是成本很高。

建议

InterSystems强烈建议在任何Linux安装中,无论是x86还是Linux on Power,都要确认TZ环境变量的设置是否适当,以获得最佳性能。  更多详情请见。"man tzset"。

目前的Caché 2016.1现场测试包含了对日期和时间功能的优化,初步测试表明有很大的改进。  下面是测试新的内部函数调用的样本输出,在这两种情况下,在Power上的Linux都没有设置TZ。

在Caché 2016.1 FT之前:

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    本文是上一篇关于如何从流行数据库(如 PostgreSQL 和 MySQL)迁移到 IRIS 的后续文章。

    我们将使用与从 PostgreSQL 迁移相同的过程。 但是,您会发现它更容易,因为 MySQL 中的数据类型与 IRIS 非常相似。 这就是为什么我们不需要在列中创建转换规则。

    获取示例数据到迁移过程

    在 GitHub 中,可以下载 docker-compose 项目来构建和运行 2 个数据库:

  •     源数据库:带有示例数据库的 MySQL 数据库 Docker 实例。
  •     目标数据库:InterSystems IRIS 数据平台 Docker 实例,具有用于接收源数据库的现成模式。

    要获取示例并运行它,请执行以下步骤:

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    我的几个孩子都很喜欢手工艺品,您可能会觉得作为一个父亲我会用夸张的表情表扬他们很有创意然后还拍照片发到Pinterest(世界上最大的图片社交分享网站)上去,但是我从来都没这么做过。我肯定爱我的孩子,我也确实认为他们有创意,但老实讲如果你有一个正上小学的孩子,你肯定很清楚他们实际的水平。

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现代医疗有无数来自数字技术的机会,包括优化流程的指挥中心、支持洞察力和决策的人工智能和机器学习、提供实时数据的物联网和连接设备,以及管理和保护大型数据流的强大数字基础设施。创建数字孪生和使用虚拟技术来推动医疗行业的真实世界价值将这一切结合起来。

数字孪生在医疗领域的真实世界价值

数字孪生是一个物理对象或过程的虚拟副本,通过模拟和反馈物理对应物来学习和发展。它在动态系统建模的同时部署了人工智能和机器学习,并适用于医疗保健和生命科学环境。数字孪生创造了一个机会,在实施干预措施、路径变化和操作改进之前,对系统的影响进行建模和预测,以实现效益最大化和风险最小化。

这种模拟创造了以下机会:测试情景以预测影响和帮助决策(例如,在系统设计和病人治疗中);识别低效、瓶颈和机会,并模拟效益/副作用(例如,在流程优化中);自动化反应和决策(例如,在环境控制中);以及越来越多地在虚拟环境中进行测试(例如,硅研究 - 美国和欧洲监管机构都在探索在新医疗药物和技术的审批中使用此类 "数字证据")。

这种数字孪生可以在不同层次上运作:作为整个系统或组织、生物体或建筑的复制品。

数字孪生的实际应用

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Michael Lei · 一月 14 阅读大约需 6 分钟
翻译文章--医疗行业的下一代数字孪生

我们为什么要关注医疗领域的数字孪生?


环顾四周,你会看到无数的设备监测和收集我们身体状态数据的例子。可穿戴智能手表和健身追踪器、医疗成像设备、数字健康应用程序、温度计等。同样,这些设备本身也在产生关于其当前运行环境和状况的大量数据。但是,我们如何才能理解所有这些数据,并从中获得有意义的洞察?一种可能性是对这些数据进行动态展示,即所谓的数字孪生。

数字孪生是一个物理对象或系统在其生命周期内的虚拟表达。这意味着,数字孪生包含了关于其现实世界对应物状态的最新和历史数据。将这些动态数据纳入不同医疗应用的虚拟表示中,可以实现主动决策、流程优化和医疗领域的完整生命周期管理。

 

第一部分  数字孪生人体

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正如德勤最近的一份报告所强调的,数字孪生的设计和部署是为了实现虚拟协作,吸收和处理大数据,以及协助我们以更有效和安全的方式管理物理世界。

有几个行业在使用数字孪生能力方面取得了重大进展,如汽车、飞机、能源、城市规划和医疗保健等,仅举几例。疫情的影响和对全球经济造成的破坏只会加速全球数字孪生的发展速度和采用。因此,预计到2026年,全球数字孪生市场将达到482亿美元,年复合增长率为58%。虽然目前北美市场拥有最大的份额,但预计亚太市场将在未来几年经历最快的增长。

按照Gartner的说法,数字孪生是现实世界实体或系统的数字代表。数字孪生体的实现是一个封装的软件对象或模型,它反映了一个独特的物理对象、过程、组织、人或其他抽象概念。

数字孪生的设计和部署是复杂的,与其他数字技术密切相关,如云计算、人工智能、物联网、5G网络、区块链和虚拟、增强或混合现实。预计所有这些技术的采用率将对数字孪生产业产生深远影响。迄今为止,系统数字孪生体已经在所有行业中占主导地位,但专家们一致认为,产品和流程数字孪生体类型将在未来几年内上升。

作为一个社会,我们可以通过部署这些高度通用的数字化身阿凡达获得巨大的利益,因为它们可以优化效率,降低长期成本,提高质量,并进一步提高我们的研究能力。

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Michael Lei · 十二月 30, 2021 阅读大约需 1 分钟
翻译--在ECP架构下部署多个IRIS 实例 - 例子

对于那些在某种程度上需要测试ECP的水平可扩展性(计算能力和/或用户和进程的并发性),但又懒得建立环境、配置服务器节点等的人来说,我刚刚在Open Exchange上发布了OPNEx-ECP部署的应用/示例。 

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Qiao Peng · 十二月 18, 2021 阅读大约需 12 分钟
从软件架构发展谈业务集成技术演进与展望

 

应用集成技术是市场上被广泛使用的,也是充斥着术语和概念的一个技术领域。集成平台、消息引擎、消息中间件、集成引擎、集成中间件、企业服务总线(ESB)、API网关、API管理… 很多概念与名词。到底它们是什么意思?有什么区别?哪种技术适合解决哪种集成问题?

业务集成的需求和技术的演进是紧随业务系统的软件架构发展而发展的。通过小结软件架构的发展,我们更容易梳理业务集成技术的演进、更容易看清楚各种集成架构的优势和未来发展方向。

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Johnny Wang · 十一月 21, 2021 阅读大约需 3 分钟
适合工作的工具:我们聆听了医疗行业开发人员的声音

 

    在医疗领域,开发创新可以挽救更多的生命。

 

    这也是为什么我们更需要去倾听负责构建未来的人:开发人员。 他们需要什么工具才能更有效地使应用程序更加高效? 他们面对着什么样的障碍?

    InterSystems 不想去做无用的猜测,因此我们推动进行了一项研究,该研究综合了 200 名医疗行业开发者的反馈,深入了解了他们的最大需求。我们认为,这些研究结果为医疗单位和医疗技术公司提供了一个机会,可以帮助他们的开发团队为业务带来新机遇,同样也为临床医生和患者带来更光明的未来。

    以下是三个关键要点:

 

    1. 开发人员想要一个统一的医疗平台。

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这是一个我开发的名为NiPaRobotica Pharmacy的小应用。 从附件可以看到一个界面,能够接收药房配药请求,并将订单上的行项目转换为发送给机器人的配药对话 。我在3家医院的药房部署了这个接口,其中两家药房有6个机器人被安排来将药物从分配槽配送到药剂师的窗口,每天能服务1200个病人。这些机器人能够将病人平均等待时间从2小时减少一半到1小时.接下来我把这个接口部署到专门为慢病病人建的6个配送点,例如如结核病、艾滋病毒、糖尿病、癫痫、高血压和哮喘等等。这个项目的目标是“把药物带给病人”。 这些点有六个6 ATM形式的药房配药设备 (Pharmacy Dispense Units ,PDU),可以让病人直接与呼叫中心的药剂师沟通。在每个PDU 背后是一个存放上千种药物的大型的机器人。我的应用可以发送指令给机器人,机器人将药物分配到传送带上,送到一个打印机下面。这个打印机已经收到药房标签的内容,包括病人姓名、剂量说明和其他信息等。然后打印机把标签放下并贴在药品包装上。这包药再往前走一点就有一块海绵压住标签,使其更牢固地贴在包装上。然后,传送带将物品传送到PDU中的一个盒子里,一旦所有药物都被分发出去,病人就能打开PDU上的一个盖子,取出他的药品。这个项目最重要的意义是让病人少跑腿,不需要请假,还要长途跋涉到他们平时看病的医院,再取药回家。

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以下步骤展示如何显示 /api/monitor 服务提供的指标列表示例。

在上个帖子中,我概述了以 Prometheus 格式显示 IRIS 指标的服务。 该贴介绍了如何在容器中设置和运行 IRIS 预览版 2019.4,然后列出了指标。


本帖假定您已安装 Docker。 如果未安装,现在就为您的平台安装吧 :)


步骤 1. 下载并运行 docker 形式的 IRIS 预览版

按照预览发行版的下载说明下载预览版许可证密钥IRIS Docker 映像。 例如,我选择了 InterSystems IRIS for Health 2019.4

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Michael Lei · 七月 6, 2021 阅读大约需 16 分钟
虚拟化大型数据库 - VMware CPU 容量规划

供应商或内部团队要求说明如何为 VMware vSphere 上运行的大型生产数据库进行 CPU 容量规划。

总的来说,在调整大型生产数据库的 CPU 规模时,有几个简单的最佳做法可以遵循:

  • 为每个物理 CPU 核心规划一个 vCPU。
  • 考虑 NUMA 并按理想情况调整虚拟机规模,以使 CPU 和内存对于 NUMA 节点是本地的。
  • 合理调整虚拟机规模。 仅在需要时才添加 vCPU。

通常,这会引出几个常见问题:

  • 由于使用超线程技术,VMware 创建的虚拟机的 CPU 数量可以是物理 CPU 数量的两倍。 那不就是双倍容量吗? 创建的虚拟机不应该有尽可能多的 CPU 吗?
  • 什么是 NUMA 节点? 我应该在意 NUMA 吗?
  • 虚拟机应该合理调整规模,但我如何知道什么时候合理?

我以下面的示例回答这些问题。 但也要记住,最佳做法并不是一成不变的。 有时需要做出妥协。 例如,大型生产数据库虚拟机很可能不适合 NUMA 节点,但我们会看到,其实是没问题的。 最佳做法是指必须针对应用程序和环境进行评估和验证的准则。

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(ECP) Caché 出色的可用性和扩展特性之一是企业缓存协议 (ECP)。 在应用程序开发过程中,如对使用 ECP 的分布式处理加以考虑,可以横向扩展 Caché 应用程序的架构。 应用程序处理可以调整为非常高的速率,处理能力从单个应用程序服务器扩展到最多 255 个应用程序服务器,并且不需要任何应用程序更改。

在我参与的 TrakCare 部署中,ECP 已广泛使用多年。 十年前,主要供应商之一的一台“大型”x86 服务器可能总共只有八个核心。 对于大型部署来说,ECP 是横向扩展商业服务器处理能力的方式,不适合单台昂贵的大型企业服务器。 即使是高核心数的企业服务器也有限制,因此 ECP 也用于扩展这些服务器上的部署。

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Michael Lei · 六月 23, 2021 阅读大约需 3 分钟
加密一个数据库需要多久?

一位客户请求估计使用 cvencrypt 实用工具加密一个数据库需要多久。

这个问题有点像问一根绳子有多长 — 视情况而定。 但这是一个有趣的问题。 答案主要取决于客户使用的目标平台上的 CPU 和存储的性能,因此答案更关乎的是提出一个简单方法,可以在运行 cvencrypt 时使用该方法对 CPU 和存储进行基准测试。

方法

  1. 将一个有代表性的大文件 CACHE.DAT 复制到目标存储
  2. 通过系统管理门户创建密钥文件(包括密钥)
  3. 对 CACHE.DAT 示例文件运行 cvencrypt(如下所示)

下面显示了测试文件到位后的过程:

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Michael Lei · 六月 23, 2021 阅读大约需 15 分钟
最低限度的监控和警报解决方案

InterSystems 数据平台包括了用于系统监视和警报的实用程序及工具,但对于不熟悉构建于 InterSystems 数据平台(又名 Caché)的解决方案的系统管理员来说,他们需要知道从何处下手以及需要配置什么。

本指南以在线文档和开发者社区帖子为参考,介绍了实现最低限度的监视和警报解决方案的途径,以及如何启用和配置以下组件:

  1. Caché Monitor:扫描控制台日志并发送电子邮件警报。

  2. System Monitor:监视系统状态和资源,根据固定参数生成通知(警报和警告),同时跟踪整体系统运行状况。

  3. Health Monitor:对主要的系统和用户定义指标进行采样,并将它们与用户可配置的参数和既定的标准值进行比较,在样本超过适用或学习的阈值时生成通知。

  4. History Monitor:维护性能指标和系统使用情况指标的历史数据库。

  5. pButtons:每天按计划收集操作系统指标和 Caché 指标。

请记住,本指南是最低配置,所包含的工具灵活且可扩展,因此可在需要时提供更多功能。 本指南跳过了文档,让您直接上手。 您需要更深入地研究文档才能充分利用监视工具,同时,请考虑将本指南作为启动和运行的速查表。

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Michael Lei · 六月 15, 2021 阅读大约需 8 分钟
LVM PE 条带化使超聚合存储吞吐量最大化

本帖概述了通过为 InterSystems 数据平台(InterSystems IRIS、Caché 和 Ensemble)上的数据库磁盘创建 LVM 物理盘区 (PE) 条带来实现低延迟存储 IO 的最佳实践配置,并提供了有用链接。

一致的低延迟存储是获得最佳数据库应用程序性能的关键。 例如,对于在 Linux 上运行的应用程序,经常在数据库磁盘中使用逻辑卷管理器 (LVM) ,因为它能够扩展卷和文件系统,或者为在线备份创建快照。 对于数据库应用程序,在使用 LVM PE 条带化逻辑卷的情况下,并行写入还可提高数据 I/O 的效率,从而有助于提高大规模连续读取和写入的性能。

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Michael Lei · 六月 1, 2021 阅读大约需 4 分钟
使用 InterSystems IRIS 实现 Data Fabric 架构

什么是 Data Fabric?

“这是一套用于在公司中实施、管控、管理和执行数据操作的硬件基础架构、软件、工具和资源,功能包括跨所有数据存储平台的数据采集、转换、存储、分发、整合、复制、可用性、安全性、保护、灾难恢复、演示、分析、保存、保留、备份、恢复、归档、召回、删除、监视和容量规划,并可使应用程序的使用满足公司的数据需求”。 
(Alan McSweeney)

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Michael Lei · 五月 24, 2021 阅读大约需 1 分钟
大数据平台的五个等级

作为一个软件架构师,如果要设计一个企业级的架构来满足当前的业务需求时,你需要达到5级的水平,这是一个巨大的挑战。有了InterSystems IRIS。
这是有可能的。通过1个产品,你可以得到SQL + NoSQL + ESB + BI + Open Analytics + Real Time Virtual cubes + NLP + AutoML + ML(使用Python)和高级云支持 + Sharding支持。

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Michael Lei · 五月 24, 2021 阅读大约需 2 分钟
数据平台和性能 - 第 6 部分 Caché 存储 IO 配置文件

我本人和其他技术架构师经常需要向客户和供应商说明 Caché IO 要求以及 Caché 应用程序使用存储系统的方式。 在向客户和供应商说明典型的 Caché IO 配置文件和事务性数据库应用程序的要求时,下面的表格很有用。  原始表格由 Mark Bolinsky 创建。

在以后的帖子中,我将讨论更多关于存储 IO 的内容,所以现在贴上这些表格也作为将来文章的参考。 


本系列其他帖子的列表
 


拥有设置良好的存储(如存储阵列)以提供可预测的磁盘 IO 性能,支持高可用性功能并为应用程序提供存储冗余、可伸缩性和可靠性,这几点至关重要。

Caché 存储 IO 配置文件

根据所选的存储阵列技术,物理层的磁盘存储可分为池或磁盘组。 如果可能,出于可用性和性能考虑,应根据预期的 IO 配置文件对存储进行分区。 例如,数据和日志(事务日志)应该在不同的物理磁盘组上,因为它们有不同的 IO 配置文件,这也是出于可用性考虑,因为数据磁盘组中的损坏可以通过与损坏隔离的单独磁盘组中的日志来恢复。

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Michael Lei · 五月 24, 2021 阅读大约需 2 分钟
InterSystems 数据平台和性能 – 如何更新 pButtons

。之前我展示了如何运行 pButtons 来收集我们在下列帖子中研究的性能指标。


更新:2020 年 5 月。

自四年前写下本帖以来,我们已从 Caché 迁移到 IRIS。 有关 pButton (Caché) 和 SystemPerformance (IRIS) 文档的更新链接,请参见评论。 另请注意如何将系统更新到最新版本的性能工具。


pButtons 与 Caché 5 及更高版本兼容,并已包含在最近的 InterSystems 数据平台分发版(HealthShare、Ensemble 和 Caché)中。 本帖旨在提醒您下载并安装最新版的 pButttons。

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Michael Lei · 五月 24, 2021 阅读大约需 7 分钟
InterSystems 数据平台和性能 – 第 1 篇

您的应用程序已部署,一切运行正常。 很好,击个掌! 然后电话突然响个不停 – 用户投诉应用程序有时很“慢”。 这是什么意思? 有时? 您有哪些工具,查找和解决这个缓慢问题应查看哪些统计数据? 您的系统基础架构是否能承担用户负载的任务? 在投入生产之前,应该询问哪些基础架构设计问题? 如何自信地为新硬件规划容量,而不会过度规定? 如何停止电话铃声? 如何一开始就不让它响?

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Nicky Zhu · 五月 20, 2021 阅读大约需 7 分钟
互操作消息统一管理系列:SearchTable加速检索

在上一篇文章《互操作消息统一管理系列:Message Bank》中,我们了解到在Message Bank中,消息均以半结构化(XML)或非结构化(Stream)的形式保存,因此无法与客户端的结构化消息一样,直接支持基于索引的检索。为此,需要在Message Bank中定义Search Table以支持查询。关于Search Table的定义和作用,请查阅https://docs.intersystems.com/healthconnectlatest/csp/docbook/DocBook.UI...

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