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· 四月 13, 2022 阅读大约需 7 分钟
用Globals 作为图数据库来存储和抽取图结构数据

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这篇文章是对我的  iris-globals-graphDB 应用的介绍。
在这篇文章中,我将演示如何在Python Flask Web 框架和PYVIS交互式网络可视化库的帮助下,将图形数据保存和抽取到InterSystems Globals中。

建议

 

第一步 : 通过使用Python 原生SDK建立与IRIS Globals的链接

 #create and establish connection
  if not self.iris_connection:
         self.iris_connection = irisnative.createConnection("localhost", 1972, "USER", "superuser", "SYS")
                                     
  # Create an iris object
  self.iris_native = irisnative.createIris(self.iris_connection)
  return self.iris_native

 

第二步 : 使用 iris_native.set( ) 功能把数据保存到Globals 里     

#import nodes data from csv file
isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1nodes")
if isdefined == 0:
    with open("/opt/irisapp/misc/g1nodes.csv", newline='') as csvfile:

 reader = csv.DictReader(csvfile)
 for row in reader:
    self.iris_native.set(row["name"], "^g1nodes", row["id"])

 #import edges data from csv file
 isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1edges")
 if isdefined == 0:
    with open("/opt/irisapp/misc/g1edges.csv", newline='') as csvfile:
 reader = csv.DictReader(csvfile)
 counter = 0                
 for row in reader:
    counter = counter + 1
    #Save data to globals
    self.iris_native.set(row["source"]+'-'+row["target"], "^g1edges", counter)  

 

第三步: 使用iris_native.get() 功能把节点和边缘数据从Globals传递给PYVIS

 #Get nodes data for basic graph    
  def get_g1nodes(self):
        iris = self.get_iris_native()
        leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1nodes")
        result = []
        # Iterate over all nodes forwards
        for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
            #Get data from globals
            val = iris.get("^g1nodes",level1_subscript)
            element = {"id": level1_subscript, "label": val, "shape":"circle"}
            result.append(element)            
        return result

    #Get edges data for basic graph  
    def get_g1edges(self):
        iris = self.get_iris_native()
        leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1edges")
        result = []
        # Iterate over all nodes forwards
        for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
            #Get data from globals
            val = iris.get("^g1edges",level1_subscript)
            element = {"from": int(val.rpartition('-')[0]), "to": int(val.rpartition('-')[2])}
            result.append(element)            
        return result

 

Step4: Use PYVIS Javascript to generate graph data

<script type="text/javascript">
    // initialize global variables.
    var edges;
    var nodes;
    var network;
    var container;
    var options, data;
  
    // This method is responsible for drawing the graph, returns the drawn network
    function drawGraph() {
        var container = document.getElementById('mynetwork');
        let node = JSON.parse('{{ nodes | tojson }}');
        let edge = JSON.parse('{{ edges | tojson }}');
     
        // parsing and collecting nodes and edges from the python
        nodes = new vis.DataSet(node);
        edges = new vis.DataSet(edge);

        // adding nodes and edges to the graph
        data = {nodes: nodes, edges: edges};

        var options = {
            "configure": {
                "enabled": true,
                "filter": [
                "physics","nodes"
            ]
            },
            "nodes": {
                "color": {
                  "border": "rgba(233,180,56,1)",
                  "background": "rgba(252,175,41,1)",
                  "highlight": {
                    "border": "rgba(38,137,233,1)",
                    "background": "rgba(40,138,255,1)"
                  },
                  "hover": {
                    "border": "rgba(42,127,233,1)",
                    "background": "rgba(42,126,255,1)"
                 }
                },

                "font": {
                  "color": "rgba(255,255,255,1)"
                }
              },
            "edges": {
                "color": {
                    "inherit": true
                },
                "smooth": {
                    "enabled": false,
                    "type": "continuous"
                }
            },
            "interaction": {
                "dragNodes": true,
                "hideEdgesOnDrag": false,
                "hideNodesOnDrag": false,
                "navigationButtons": true,
                "hover": true
            },

            "physics": {
                "barnesHut": {
                    "avoidOverlap": 0,
                    "centralGravity": 0.3,
                    "damping": 0.09,
                    "gravitationalConstant": -80000,
                    "springConstant": 0.001,
                    "springLength": 250
                },

                "enabled": true,
                "stabilization": {
                    "enabled": true,
                    "fit": true,
                    "iterations": 1000,
                    "onlyDynamicEdges": false,
                    "updateInterval": 50
                }
            }
        }
        // if this network requires displaying the configure window,
        // put it in its div
        options.configure["container"] = document.getElementById("config");
        network = new vis.Network(container, data, options);
        return network;
    }
    drawGraph();
</script>

 

第五步: 从app.py 主文件调用上面的代码

#Mian route. (index)
@app.route("/")
def index():
    #Establish connection and import data to globals
    irisglobal = IRISGLOBAL()
    irisglobal.import_g1_nodes_edges()
    irisglobal.import_g2_nodes_edges()

    #getting nodes data from globals
    nodes = irisglobal.get_g1nodes()
    #getting edges data from globals
    edges = irisglobal.get_g1edges()

    #To display graph with configuration
    pyvis = True
    return render_template('index.html', nodes = nodes,edges=edges,pyvis=pyvis)    

下面是关于此项目的 介绍视频:

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· 四月 11, 2022 阅读大约需 8 分钟
InterSystems 数据平台与三级等保 - 第一篇

数据平台不仅要安全,还要合规,三级等保是我们要符合的主要安全规范。InterSystems的数据平台和集成平台产品都和三级等保有关。如果没有正确配置它们的安全选项,就会影响到整个系统的安全,影响到合规性。

在生产环境上,如何配置安全的InterSystems的数据平台,并达到三级等保的要求?

这个系列文章,针对InterSystems 数据平台的安全架构,围绕对三级等保的合规性展开,介绍如何配置出一个安全、合规的数据平台。

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系统实用类:SYS.Database中的查询FreeSpace可以用来在任何时候检查磁盘上的自由空间。

下面是在IRIS终端中的尝试方法(进入%SYS命名空间,然后运行它)。

zn "%SYS"
set stmt=##class(%SQL.Statement).%New()
set st=stmt.%PrepareClassQuery("SYS.Database","FreeSpace")
set rset=stmt.%Execute()
// 一次性显示所有
do rset.%Display()

输出结果示例如下。

*在命令执行的例子中,所有的数据库都放在同一个磁盘上,所以所有的磁盘空闲空间(DiskFreeSpace)返回相同的值。

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注意:下面内存设置数值仅限参考,具体内存数值的设置是否合适,依赖于更多实际使用情况决定。

主要需要设置下面几个内存相关配置:

(下面比例适用于服务器仅运行单实例InterSystems IRIS)
数据库缓存Database cache:
建议小于64G内存设置总内存50%,大于等于64G内存设置70%总内存
程序缓存routine cache:
建议设置1023MB
gmheap:
建议设置1048576KB(1024MB)
LockSize:
建议最少设置134217728 Bytes (128MB),如果在系统日志中提示locksize相关错误或警报,应相应增加。

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此文章也是对问题 在不重建的情况下插入索引Inserting an index without reconstruction 的一种解释

在使用SQL语言对 InterSystems IRIS 中的表进行查询时,有时候会发现返回的结果与实际有出入,特别是使用count() 函数,或者select 查询时,返回的结果少于实际应返回的值。
这种情况往往是由于数据表格的索引值出了问题。

索引出问题的主要原因可能是:

  • 表中先有数据,后创建的索引定义,并且定义之后没有重新生成索引。
  • 对保存数据的global直接操作。如果是使用对象或者sql的方式操作数据,相应的索引都会自动更新,但是如果直接对global操作,则不会自动更新索引。
  • 对保存索引的global直接操作。

要解决或者要检查是不是索引引发的问题,可以使用%ValidateIndices()函数,它有两种方式使用

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· 四月 7, 2022 阅读大约需 6 分钟
谈谈InterSystems IRIS数据平台的部署灵活性与TCO降低

众所周知,InterSystems IRIS的产品设计理念源于互操作性(Interoperable)、稳定性(Reliable)、直观(Intuitive)、可扩展性(Scalable),在云时代,InterSystems IRIS的云上操作与本地一样便捷,令用户体验有了明显提升,除此之外,为了更高效地对InterSystems IRIS进行配置,我们还提供了哪些新特性?为了便捷地进行数据迁移,InterSystems IRIS最新版本提供了哪些解决方案?

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· 三月 24, 2022 阅读大约需 3 分钟
创建REST 服务

REST是一种架构风格,而不是一种格式。尽管REST经常使用HTTP来传输消息,使用JSON来传递数据,但你也可以用XML或纯文本来传递数据。REST利用了现有的网络标准,如HTTP、URL、XML和JSON。

虽然它可以使用XML来描述数据,但它更常使用JSON,这是一个轻量级的数据封装器。

InterSystems REST服务

InterSystems REST服务由以下组件组成:

规范类(%REST.Spec的一个子类):这个类包含了REST服务的OpenAPI 2.0规范(Swagger)。InterSystems支持几个扩展属性,你可以在规范中使用。

调度类(%CSP.REST的一个子类):这个类负责接收HTTP请求并在实现类中调用合适的方法。

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谈到开发体验,什么最重要?如何为客户提供更好的开发体验?InterSystems IRIS的最新版本有哪些新特性极大优化了用户的开发体验?这是本月“极客聊吧”的话题,我们计划通过上、下两期视频探讨这一话题。在第一期视频中(点击查看),InterSystems中国销售工程师吕正之、马浩和WRC产品支持专家杨乐乐针对以下两点分享了他们的观点:(1)开发语言的多样性与对FHIR的支持; (2)开发平台的前瞻性:对Smart Data Fabric架构的支持。

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3.1 InterSystems IRIS内码与多语言支持

3.1.1 InterSystems IRIS内码与字符集转换

InterSystems IRIS的内码是UTF-16,因此它支持Unicode多语言字符集。对于其它字符编码,例如UTF-8、GB18030、Big 5,它会自动进行转码。例如对于简体中文,它将GB18030输入数据转换为UTF-16,或者将UTF-16数据转换为GB18030输出。

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· 三月 6, 2022 阅读大约需 3 分钟
从 Ensemble 迁移到 IRIS for Health

我们所有的工作环境都是Ensemble 2017.2。但我们最近将迁移到IRIS for Health 2021.1版本。这是一个复杂的过程,但经过仔细考虑,我们找到了实现这一目标的方法。

我们有一个开发服务器和两个生产服务器的镜像,采用Failover模式。我们有40多个名称空间在使用中,有些有HL7集成,有些有Soap服务、Rest服务、文件处理......什么都有点。我们需要确定向IRIS的迁移不会出现问题,最重要的是,我们需要不惜一切代价避免服务中断。因此,我们必须做的第一件事是建立一个计划。

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最新一期“极客聊吧”,InterSystems销售工程师们聊了聊这些话题:为什么有些医院和某些商保之间可以直接结算,有些又不能?医院和保险之间的结算难在哪儿?在InterSystems 2021全球线上峰会中提到的医保结算案例对国内实践有哪些借鉴意义?FHIR又能起到什么关键作用?医疗数据实现互联互通的关键是什么?来听听的答案。

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· 二月 18, 2022 阅读大约需 6 分钟
SQL语句与数据模式(Select Mode)

在InterSystems IRIS和InterSystems Caché 里,是否您遇到过执行一个SQL Insert/Update语句,明明给的是正确的日期值,但被告知“值‘2022-01-01’ 校验失败”的类似情况,并感到困惑?

如果有,那么您需要了解一下InterSystems IRIS和InterSystems Caché保存和显示数据的模式。



一 数据模式

InterSystems IRIS和InterSystems Caché里,数据有3种模式,称之为SELECT MODE:
逻辑模式:这是数据被保存到InterSystems IRIS和InterSystems Cache'时的格式。例如,%Date类型的数据,在数据库里被保存为一个整数,即从1840年12月31号到这个日期的天数,而不是YYYY-MM-DD的格式。

ODBC模式:这是ODBC对数据定义的格式。在这个模式下,%Date类型的数据就会显示为YYYY-MM-DD的格式。

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· 二月 17, 2022 阅读大约需 1 分钟
Production前台调试

windows 前台调试

  1. 在Production配置中,勾选 ‘开发与调试’ 中的 ‘测试开启’ 。
  2. 选中需要调试的组件(业务服务,业务流程,业务操作),在'设置'中勾选 ‘开发与调试’ 中的 ‘在前台运行’ 。
  3. 继续选中需要调试的组件,在'操作'中点击 ‘测试’ 。
  4. 选择相应的请求类型,点击‘调用测试服务’。
  5. 前台窗口会被弹出。
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痴呆症是一个重大的全球性问题,困扰着5400万人,到2050年这个数字将上升到1.3亿。由英国剑桥大学的学者创立的Cognetivity Neurosciences公司设计了一个尖端的解决方案,以帮助缓解全球痴呆症的流行。

根植于先进神经科学的简单解决方案

在出现临床症状之前的早期检测,为专家干预和改变生活方式打开了大门,可以减缓痴呆症的发展,提高生活质量。生活方式的改变有可能将症状的出现推迟五年,进而将普通人群中的痴呆症发病率降低50%。

Cognetivity Neurosciences的综合认知评估测试(ICA)是基于人类对动物刺激的强烈反应,以及健康的大脑在不到200毫秒内处理动物图像的能力。

ICA将基于云的人工智能和神经科学的进展结合起来,进行快速的动物/非动物视觉分类测试,目的是在记忆症状出现之前发现疾病的迹象。它涉及在阿尔茨海默症的前症状阶段受到影响的大脑区域,并检测出信息处理速度的细微损伤。

ICA基于云的敏捷性使临床医生和用户能够在熟悉的硬件上进行ICA测试,如iPad和智能手机,并在任何有互联网连接的地方进行。

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· 二月 8, 2022 阅读大约需 12 分钟
InterSystems广播站第一期——什么是IRIS?欢迎收听!

说明

欢迎来到InterSystems广播站--数据点!在这一集里,我们和在线培训团队负责人Jenny Ames聊了聊InterSystems IRIS--稳定、灵活、可扩展、可互操作的数据平台,它为世界上许多最关键的核心应用提供支持。从它的多模型性质到它的集成引擎,再到它的医疗保健功能,在一次谈话中,有很多东西需要解读。

本期节目回放:https://datapoints.castos.com/episodes/1-what-is-intersystems-iris-jenny...

关于InterSystems广播站的更多信息,请访问https://datapoints.intersystems.com

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如果想快速查看锁表空间的使用情况,可以通过GetLockSpaceInfo()方法来获得。

%SYS>w ##class(SYS.Lock).GetLockSpaceInfo()
4717392,4712512,1200

返回值是 "AvailableSpace,UsableSpace,UsedSpace",每个值的单位都是Byte。

AvailableSpace:锁表的总空间减去已用空间的大小(UsedSpace)。
UsableSpace:预估的可用空间。AvailableSpace里有一些空间是系统内部保留的,所以UsableSpace比AvailableSpace要小。UsableSpace是用户在锁表中可用的自由空间的数量。
UsedSpace:已经使用的空间。

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