文章
· 四月 13, 2022 阅读大约需 7 分钟
用Globals 作为图数据库来存储和抽取图结构数据

image

这篇文章是对我的  iris-globals-graphDB 应用的介绍。
在这篇文章中,我将演示如何在Python Flask Web 框架和PYVIS交互式网络可视化库的帮助下,将图形数据保存和抽取到InterSystems Globals中。

建议

 

第一步 : 通过使用Python 原生SDK建立与IRIS Globals的链接

 #create and establish connection
  if not self.iris_connection:
         self.iris_connection = irisnative.createConnection("localhost", 1972, "USER", "superuser", "SYS")
                                     
  # Create an iris object
  self.iris_native = irisnative.createIris(self.iris_connection)
  return self.iris_native

 

第二步 : 使用 iris_native.set( ) 功能把数据保存到Globals 里     

#import nodes data from csv file
isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1nodes")
if isdefined == 0:
    with open("/opt/irisapp/misc/g1nodes.csv", newline='') as csvfile:

 reader = csv.DictReader(csvfile)
 for row in reader:
    self.iris_native.set(row["name"], "^g1nodes", row["id"])

 #import edges data from csv file
 isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1edges")
 if isdefined == 0:
    with open("/opt/irisapp/misc/g1edges.csv", newline='') as csvfile:
 reader = csv.DictReader(csvfile)
 counter = 0                
 for row in reader:
    counter = counter + 1
    #Save data to globals
    self.iris_native.set(row["source"]+'-'+row["target"], "^g1edges", counter)  

 

第三步: 使用iris_native.get() 功能把节点和边缘数据从Globals传递给PYVIS

 #Get nodes data for basic graph    
  def get_g1nodes(self):
        iris = self.get_iris_native()
        leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1nodes")
        result = []
        # Iterate over all nodes forwards
        for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
            #Get data from globals
            val = iris.get("^g1nodes",level1_subscript)
            element = {"id": level1_subscript, "label": val, "shape":"circle"}
            result.append(element)            
        return result

    #Get edges data for basic graph  
    def get_g1edges(self):
        iris = self.get_iris_native()
        leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1edges")
        result = []
        # Iterate over all nodes forwards
        for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
            #Get data from globals
            val = iris.get("^g1edges",level1_subscript)
            element = {"from": int(val.rpartition('-')[0]), "to": int(val.rpartition('-')[2])}
            result.append(element)            
        return result

 

Step4: Use PYVIS Javascript to generate graph data

<script type="text/javascript">
    // initialize global variables.
    var edges;
    var nodes;
    var network;
    var container;
    var options, data;
  
    // This method is responsible for drawing the graph, returns the drawn network
    function drawGraph() {
        var container = document.getElementById('mynetwork');
        let node = JSON.parse('{{ nodes | tojson }}');
        let edge = JSON.parse('{{ edges | tojson }}');
     
        // parsing and collecting nodes and edges from the python
        nodes = new vis.DataSet(node);
        edges = new vis.DataSet(edge);

        // adding nodes and edges to the graph
        data = {nodes: nodes, edges: edges};

        var options = {
            "configure": {
                "enabled": true,
                "filter": [
                "physics","nodes"
            ]
            },
            "nodes": {
                "color": {
                  "border": "rgba(233,180,56,1)",
                  "background": "rgba(252,175,41,1)",
                  "highlight": {
                    "border": "rgba(38,137,233,1)",
                    "background": "rgba(40,138,255,1)"
                  },
                  "hover": {
                    "border": "rgba(42,127,233,1)",
                    "background": "rgba(42,126,255,1)"
                 }
                },

                "font": {
                  "color": "rgba(255,255,255,1)"
                }
              },
            "edges": {
                "color": {
                    "inherit": true
                },
                "smooth": {
                    "enabled": false,
                    "type": "continuous"
                }
            },
            "interaction": {
                "dragNodes": true,
                "hideEdgesOnDrag": false,
                "hideNodesOnDrag": false,
                "navigationButtons": true,
                "hover": true
            },

            "physics": {
                "barnesHut": {
                    "avoidOverlap": 0,
                    "centralGravity": 0.3,
                    "damping": 0.09,
                    "gravitationalConstant": -80000,
                    "springConstant": 0.001,
                    "springLength": 250
                },

                "enabled": true,
                "stabilization": {
                    "enabled": true,
                    "fit": true,
                    "iterations": 1000,
                    "onlyDynamicEdges": false,
                    "updateInterval": 50
                }
            }
        }
        // if this network requires displaying the configure window,
        // put it in its div
        options.configure["container"] = document.getElementById("config");
        network = new vis.Network(container, data, options);
        return network;
    }
    drawGraph();
</script>

 

第五步: 从app.py 主文件调用上面的代码

#Mian route. (index)
@app.route("/")
def index():
    #Establish connection and import data to globals
    irisglobal = IRISGLOBAL()
    irisglobal.import_g1_nodes_edges()
    irisglobal.import_g2_nodes_edges()

    #getting nodes data from globals
    nodes = irisglobal.get_g1nodes()
    #getting edges data from globals
    edges = irisglobal.get_g1edges()

    #To display graph with configuration
    pyvis = True
    return render_template('index.html', nodes = nodes,edges=edges,pyvis=pyvis)    

下面是关于此项目的 介绍视频:

0 0
0 166

#Open Exchange

您可能已经看到邀请分享您的 Open Exchange 应用程序的演示:Share a Demo of Your Open Exchange Application

它背后的服务——InterSystems Online Demo Server (ODS)——这不是什么新事物

0 0
0 74
文章
· 八月 7, 2022 阅读大约需 2 分钟
最佳实践之改善日期范围查询的SQL性能

根据日期范围查询的SQL性能让你失望? 我有一个比较特别的技巧,可能会帮助你解决这个问题! (SQL开发人员讨厌这个!)*

如果你有一个类,在添加数据时记录时间戳,那么这些数据将与你的IDKEY值保持顺序--也就是说,当且仅当ID1<ID2时,表内所有ID和时间戳值的TimeStamp1<TimeStamp2--那么你可以利用这一知识来提高对时间戳范围的查询性能。 考虑一下下面这个表:

Class User.TSOrder extends %Persistent 
{ 

Property TS as %TimeStamp;

Property Data as %String (MAXLEN=100, MINLEN=200);

Index TSIdx on TS;

Index Extent [type=bitmap, extent];

}

用过去30天内的30,000,000条随机行来填充,每天将得到1,000,000条行。 现在,如果我们想查询某一天的信息,你可以这样写:

0 0
0 378
文章
· 十一月 2, 2022 阅读大约需 1 分钟
InterSystems IRIS医疗版的“专精特新”

门为医疗行业打造,深度整合国内外医疗行业标准,专有技术服务医疗行业44年,可能是全球最早从事医疗信息化的公司;

耕细做打磨数十年的稳定、可靠、易用、可扩展的数据平台;

色鲜明,不唯技术、终生负责、以解决客户问题为核心的特色企业文化;

0 0
0 38
文章
· 一月 19, 2023 阅读大约需 6 分钟
介绍使用嵌入式 Python 进行 Web 抓取

什么是网页抓取:

简单来说,网络抓取网络收获网络数据提取是从网站收集大数据(非结构化)的自动化过程。用户可以根据需要提取特定站点上的所有数据或特定数据。收集的数据可以以结构化格式存储以供进一步分析。

什么是网页抓取? — 詹姆斯·勒

网页抓取涉及的步骤:

  1. 找到您要抓取的网页的 URL
  2. 通过检查选择特定元素
  3. 编写代码获取被选元素的内容
  4. 以需要的格式存储数据

就这么简单!

0 0
0 133

第五十七章 开发Productions - ObjectScript Productions - 不常见的任务 - 以编程方式使用查找表

IRIS 提供了名为 Lookup() 的实用函数,以便可以轻松地从业务规则或 DTL 数据转换中执行表查找。此功能仅在创建至少一个查找表并用适当的数据填充后才起作用。

有关定义查找表的信息,请参阅配置产品中的定义数据查找表。

如果需要比管理门户提供的更直接的查找表操作,请在类中使用 Ens.Util.LookupTable。此类公开查找表以通过对象或 SQL 进行访问。此外,它还提供类方法来清除表、将数据导出为 XML 以及从 XML 导入数据。

Ens.Util.LookupTable提供以下字符串属性:

0 0
0 49
文章
· 九月 2, 2023 阅读大约需 2 分钟
第十六章 ObjectScript - 日期和时间值

第十六章 ObjectScript - 日期和时间值

日期和时间值

当地时间

要访问当前进程的日期和时间,可以使用 $HOROLOG 特殊变量。因此,在许多 IRIS 应用程序中,日期和时间都以此变量使用的格式存储和传输。这种格式通常称为$H 格式或$HOROLOG 格式。

$HOROLOG 从操作系统检索日期和时间,因此始终位于本地时区。

IRIS 类库包含以更常见的格式(例如 ODBC)表示日期的数据类型类,许多应用程序使用这些数据类型而不是 $H 格式。请注意,通过数据类型类中的 %Library.PosixTime支持 POSIX 时间,新应用程序应使用该类来表示日期/时间值。

0 0
0 29
文章
· 九月 20, 2023 阅读大约需 2 分钟
第三十二章 Objects

[toc]

第三十三章 Objects - OREFs

OREFs

对象类的 %New() 方法创建一个内部内存结构来包含对象的数据,并返回指向该结构的 OREF(对象引用)。 OREFIRIS 中的一种特殊值。应该记住以下几点:

  • 在终端中,OREF 的内容取决于所使用的语言:
    • ObjectScript 中,会看到一个由数字、@ 符号和类名称组成的字符串。
    • Python 中,会看到一个包含类名和内存中 18 个字符的唯一位置的字符串。

例如:

0 0
0 64
文章
· 十二月 11, 2023 阅读大约需 1 分钟
第三十二章 控制到 XML 模式的映射 - %ListOfObjects

第三十二章 控制到 XML 模式的映射 - %ListOfObjects

本部分显示了从支持 XML 的类生成的 XML架构的一部分,该类包含定义为 %ListOfObjects 的属性。例如,考虑以下属性定义:

Property PropName As list Of %Integer(XMLITEMNAME = "MyXmlItemName");

如果此属性位于名为 Test.DemoObjList1 的启用 XML 的类中,则该类的 XML 架构包含以下内容:

0 0
0 18
文章
· 十二月 29, 2023 阅读大约需 9 分钟
使用 FHIR 适配器在传统系统上提供 FHIR 服务 - 阅读资源

我们继续推出有关可供 HealthShare HealthConnect 和 InterSystems IRIS 用户使用的 FHIR 适配器工具的系列文章。

在前几篇文章中,我们介绍了小型应用程序,并在此基础上建立了我们的工作,并展示了安装 FHIR 适配器后在 IRIS 实例中部署的架构。在今天的文章中,我们将看到一个示例,说明如何执行最常见的 CRUD(创建 - 读取 - 更新 - 删除)操作之一,即读取操作,我们将通过恢复资源来完成此操作。

什么是资源?

FHIR 中的一个资源对应一种相关的临床信息,这种信息可以是病人(Patient)、对实验室的请求(ServiceRequest)或诊断(Condition)等。每种资源都定义了组成它的数据类型,以及对数据的限制和与其他类型资源的关系。每个资源都允许对其包含的信息进行扩展,从而满足 FHIR 80% 以外的需求(满足 80% 以上用户的需求)。

在本文的示例中,我们将使用最常见的资源 "Patient"。让我们来看看它的定义:

0 0
0 41
文章
· 二月 13, 2021 阅读大约需 2 分钟
第三十三章 Caché 变量大全 $ZMODE 变量

第三十三章 Caché 变量大全 $ZMODE 变量

包含当前I/O设备打开参数。

大纲

$ZMODE
$ZM

描述

$ZMODE包含使用OPENUSE命令为当前设备指定的参数。返回的字符串包含用于以规范形式打开当前I/O设备的参数。这些参数值由反斜杠分隔符分隔。TCP/IP IO上的开放参数(如“M”)被规范化为“PSTE”“Y”“K”参数值始终放在最后。

不能使用SET命令修改此特殊变量。尝试这样做会导致<SYNTAX>错误。

示例

以下示例使用$ZMODE返回当前设备的参数:

0 0
0 67

InterSystems IRIS/Caché的CDC

InterSystems IRIS/Caché未提供开箱即用的变更数据捕获(CDC)工具,而且由于其多模型建模能力和底层的多维存储模型,相对于关系型数据库的单一模型,针对于SQL的CDC在InterSystems IRIS/Caché上会更复杂一些。例如通过Journal日志记录的是底层持久化多维数组的数据变更,而不是SQL table的变更。

通常,在应用层面实现变更数据捕获是更灵活和简单的方式,例如通过设置触发器、类的DSTIME参数。但如果无法在应用层做CDC,可以考虑使用InterSystems IRIS/Caché的Journal和强大的开发能力获取数据变更。

这里介绍使用InterSystems IRIS/Caché的Reporting类型的异步镜像成员获取数据变更。

0 2
1 845
文章
· 四月 25, 2021 阅读大约需 10 分钟
第五章 优化查询性能(四)

第五章 优化查询性能(四)

注释选项

可以在SELECTINSERTUPDATEDELETETRUNCATE表命令中为查询优化器指定一个或多个注释选项。
注释选项指定查询优化器在编译SQL查询期间使用的选项。
通常,注释选项用于覆盖特定查询的系统范围默认配置。

语法

语法/*#OPTIONS */(在/*#之间没有空格)指定了一个注释选项。
注释选项不是注释;
它为查询优化器指定一个值。
注释选项使用JSON语法指定,通常是“key:value”对,例如: /*#OPTIONS {"optionName":value} */
支持更复杂的JSON语法,比如嵌套值。

0 0
0 104
文章
· 五月 12, 2021 阅读大约需 11 分钟
InterSystems 数据平台和性能 - 第 5 篇 使用 SNMP 进行监控

InterSystems 数据平台和性能 - 第 5 部分 使用 SNMP 进行监控

在之前的帖子中,我展示了如何使用 pButtons 收集历史性能指标。 我首选 pButtons 是因为我知道它随每个数据平台实例(Ensemble、Caché、...)一起安装。 不过,还有其他方法可以实时收集、处理和显示 Caché 性能指标,以进行简单的监视,或进行更重要的并且复杂得多的运营分析和容量计划。 最常见的数据收集方法之一是使用 SNMP(简单网络管理协议)。

SNMP 是 Caché 向各种管理工具提供管理和监控信息的标准方式。 Caché 在线文档包含了 Caché 和 SNMP 之间接口的详细信息。 虽然 SNMP 应该可以直接与 Caché 配合工作,但仍有一些配置技巧和陷阱。 我经历了很多次错误的开始,并且在 InterSystems 其他同事的帮助下,才让 Caché 与操作系统 SNMP 主代理建立对话,所以我写了这篇帖子,希望您可以避免同样的痛苦。

在本帖中,我将介绍如何为 Red Hat Linux 上的 Caché 设置和配置 SNMP,您应该能够对其他 *nix 版本使用相同步骤。 我使用 Red Hat 写这篇文章是因为在 Linux 上进行设置更棘手一些;在 Windows 上,Caché 会自动安装一个 DLL 来与标准 Windows SNMP 服务连接,所以应该更容易配置。

0 2
1 264
文章
· 五月 28, 2021 阅读大约需 4 分钟
第九章 创建、编写和阅读MIME邮件

第九章 创建、编写和阅读MIME邮件

Iris提供了一个可以用于创建MultiPart Mime消息(%Net.MimePart)的类。创建要添加到SOAP消息的附件时,请使用此类;请参阅创建Web服务和Web客户端。因为MIME是一个常见的标准,所以有许多其他可能的应用程序,例如电子邮件处理和HTTP Multipart Post。

# MIME消息概述

MIME格式的文档被称为MIME部分。每个MIME部件都有标题,包含邮件正文(文本或二进制)或包含额外的MIME部件。具有MIME版本标题的MIME部分可以用作顶级文档,称为MIME消息。下图显示了示例:

image

在该示例中,EF具有未显示的附加子部分。

要表示MIME部件,请使用 %Net.MIMEPart类,该类提供用于设置零件的标题和内容的属性。

# 创建MIME部分

0 0
0 101
文章
· 八月 20, 2021 阅读大约需 3 分钟
用于ObjectScript的IRIS 原生API

这些API虽然在IRIS 2020.1中已经实现了,但没有被放在官方文档里。

这都是直接从Class Reference中提取的,我只是收集了它来创建第一个概述。

ObjectScript的本地API遵循其他语言平台上使用的API。它从一个静态API开始,允许用户使用Iris Connection连接到IRIS命名空间,无论是本地还是远程。连接接口允许用户实例化IRIS本地API类(%Net.DB.Iris)。然后,该实例可用于访问IRIS全局数组,管理事务,调用例程或类中实现的函数和方法,以及实例化远程迭代器。

0 0
0 83
文章
· 九月 27, 2021 阅读大约需 34 分钟
IRIS 2021 技术文档 First Look 17 Globals
0 0
0 181
文章
· 十一月 2, 2021 阅读大约需 16 分钟
IRIS 2021 技术文档 First Look 28 - InterSystems 公钥基础设施 (PKI)

本文档介绍了 InterSystems 公钥基础设施(PKI),它可以在开发组织的安全策略中发挥重要作用。它提供有关公钥加密、证书颁发机构和 PKI 的信息。然后介绍一些与使用 InterSystems PKI 相关的初始任务。完成本指南后,您将有能力创建一个证书颁发机构 (CA),然后向 CA 客户端请求并接收证书。
虽然 InterSystems PKI 不用于生产系统,但您可以用它来熟悉 PKI 工具和安全基础设施。作为设计和探索过程的一部分,这对于创建全面的安全方法特别有帮助。
本指南使用 InterSystems IRIS®数据平台的默认设置,这使您能够熟悉 PKI 的基本原理,而不必处理其他在执行实现时很重要的细节问题。有关数据库加密的完整文档,请参见 The InterSystems Public Key Infrastructure(《 InterSystems 公钥基础设施》)。
要浏览所有的技术概要(First Look),包括可以在 InterSystems IRIS 免费的评估实例上执行的那些,请参见 InterSystems First Looks(《InterSystems 技术概要》)。

0 0
0 151

现代医疗有无数来自数字技术的机会,包括优化流程的指挥中心、支持洞察力和决策的人工智能和机器学习、提供实时数据的物联网和连接设备,以及管理和保护大型数据流的强大数字基础设施。创建数字孪生和使用虚拟技术来推动医疗行业的真实世界价值将这一切结合起来。

数字孪生在医疗领域的真实世界价值

数字孪生是一个物理对象或过程的虚拟副本,通过模拟和反馈物理对应物来学习和发展。它在动态系统建模的同时部署了人工智能和机器学习,并适用于医疗保健和生命科学环境。数字孪生创造了一个机会,在实施干预措施、路径变化和操作改进之前,对系统的影响进行建模和预测,以实现效益最大化和风险最小化。

这种模拟创造了以下机会:测试情景以预测影响和帮助决策(例如,在系统设计和病人治疗中);识别低效、瓶颈和机会,并模拟效益/副作用(例如,在流程优化中);自动化反应和决策(例如,在环境控制中);以及越来越多地在虚拟环境中进行测试(例如,硅研究 - 美国和欧洲监管机构都在探索在新医疗药物和技术的审批中使用此类 "数字证据")。

0 0
0 147
文章
· 五月 26, 2022 阅读大约需 1 分钟
互操作性的例子--DICOM production 与模拟器

Hi,大家好!

您曾经实施过DICOM集成吗?也许您已经百度了一些样例,甚至是模拟器。希望本文的例子能给您带来帮助。

DICOM 是一个广泛用于医疗诊断影像的消息标准。您可以使用IRIS For Health或者Health Connect在互操作性Production中使用DICOM标准,在这里您可以找到文档.

在很多情况下,当您开发一个DICOM集成时,您可以运行一个模拟器来扮演一些外部系统(如PACS),可以在连接到一个真正的系统之前充分测试您想要实现的流程,这一点真的很有用。

在这里您可以找到一个使用IRIS For Health的DICOM整合例子,还有一个叫做dcm4che的模拟器

在这个例子里, 实现了两个不同的场景:

0 0
0 69

医疗行业的互操作性在改善病人护理、降低医疗服务提供者的成本以及为提供者提供更准确的情况方面发挥着重要作用。然而,由于有这么多不同的系统,数据的格式也有很多不同的方式。有许多标准被创造出来以试图解决这个问题,包括HL7v2、HL7v3和CDA,但每一种都有其缺点。

FHIR,即快速医疗互操作性资源,是一种新的医疗数据格式,旨在解决这些问题。它是由国际卫生级七组织(HL7)开发的,该组织还开发了HL7v2、HL7v3和CDA。

今天我们将探讨如何在VS代码中借助IntelliSense和自动完成功能,通过使用FHIR Schema 创建和验证FHIR资源。

第 1 步 :从FHIR 官方网站 https://www.hl7.org/fhir/下载 JSON schema file 文件用来做资源校验

0 0
0 324
文章
· 九月 13, 2022 阅读大约需 1 分钟
医疗科技行业趋势

医疗科技市场正处于强劲的演变之中。Gartner的医疗科技的波浪图展示了这些技术是什么,非常好地反映了医疗行业的数字化趋势。

其中很多技术都可以使用InterSystems的技术(ISC Health Tech)来实现:

知情同意管理使用InterSystems Healthshare Stack来做患者主索引和知情同意管理。

0 0
0 58
文章
· 三月 19, 2023 阅读大约需 4 分钟
第二章 高可用性解决方案 - 虚拟化平台高可用

第二章 高可用性解决方案 - 虚拟化平台高可用

虚拟化平台高可用

虚拟化平台通常提供 HA 功能,通常会监控来宾操作系统及其运行的硬件的状态。在任何一个失败时,虚拟化平台都会根据需要在备用硬件上自动重启失败的虚拟机。当 IRIS 实例重新启动时,它会自动执行正常的启动恢复,保持结构和逻辑的完整性,就好像 IRIS 在物理服务器上重新启动一样。

虚拟环境中的故障转移

虚拟化 HA 具有内置于虚拟化平台基础架构中的优势,因此只需很少的配置工作,在某些情况下根本不需要。此外,虚拟化平台允许有计划地将虚拟机重新定位到备用硬件以进行维护,从而实现物理服务器的升级,例如,无需任何停机时间。

IRIS 镜像

具有自动故障转移功能的 IRIS 镜像采用不同的 HA 方法,依靠完全独立系统之间的逻辑数据复制来避免共享存储的单点故障风险,并确保生产可以立即故障转移到几乎所有的备用 IRIS 实例故障场景——系统、存储和网络。

0 0
0 112

当数据资产已经成为医院的核心资产,如何有效利用数据核心资产,持续挖掘互联互通平台和各种数据中心的价值,成为医疗信息化工作的重中之重。欢迎扫码注册(或点击链接注册)观看多位大咖针对这一话题的解读。

0 0
0 80

第三十五章 开发Productions - ObjectScript Productions - Defining Business Metrics - 定义单实例业务指标

定义单实例业务指标

要定义单实例业务指标,请定义一个满足以下要求的类:

  • 它必须是 Ens.BusinessMetric的子类。

对于此类,ADAPTER 参数是 Ens.InboundAdapter,它提供了 CallInterval 设置。这确保定期调用业务指标。

  • 它必须定义一个或多个业务度量属性。简单属性和具有自动历史的属性的细节不同。
  • 它可以选择性地为属性参数指定值,例如,以控制值的范围。
  • 它必须为业务度量属性分配值。为此,它必须实施 OnCalculateMetrics() 方法。

定义简单的业务指标属性

要定义一个简单的业务指标属性,请将一个属性添加到业务指标类,如下所示:

0 0
0 53