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关键字:IRIS,IntegratedML,Flask,FastAPI,TensorFlow Serving,HAProxy,Docker,Covid-19

目的:

过去几个月里,我们提到了一些深度学习和机器学习的快速演示,包括一个简单的 Covid-19 X 射线图像分类器和一个用于可能的 ICU 入院的 Covid-19 实验室结果分类器。 我们还介绍了 ICU 分类器的 IntegratedML 演示实现。 虽然“数据科学”远足仍在继续,但从“数据工程”的角度来看,或许也是尝试一些 AI 服务部署的好时机 - 我们能否将目前所接触到的一切都封装成一套服务 API? 我们可以利用哪些常用的工具、组件和基础架构,以最简单的方式实现这样的服务堆栈?

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· 四月 24, 2023 阅读大约需 2 分钟
SqlDbx连接IRIS攻略new

SqlDbx是我们常用的数据库查询与操作工具,因其轻量且无须安装而无处不在,然而习惯了在Intersystems的CACHE和ENSEMBLE版本下使用SqlDbx在升级到IRIS版本后却无法使用了,为此进行了一系列尝试,并最终获得成功,形成本文攻略,分享给大家。

1、在SqlDbx的连接登录窗口,从DBMS Type中直接选择 “InterSystems CACHE”连接IRIS会报错,提示“通过IRISconnect失败”,说明“InterSystems CACHE”不再适用于IRIS。

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· 一月 4, 2022 阅读大约需 6 分钟
第十四章 SQL窗口函数概述(一)

第十四章 SQL窗口函数概述(一)

指定用于计算聚合和排名的每行“窗口框架”的函数。

窗口函数和聚合函数

在应用WHEREGROUP byHAVING子句之后,窗口函数对SELECT查询选择的行进行操作。

窗口函数将一组行中的一个(或多个)字段的值组合在一起,并在结果集中为生成的列中的每一行返回一个值。

虽然窗口函数与聚合函数类似,因为它们将多行结果组合在一起,但它们与聚合函数的不同之处在于,它们本身并不组合行。

窗函数的语法

窗口函数被指定为SELECT查询中的选择项。
窗口函数也可以在SELECT查询的ORDER BY子句中指定。

窗口函数执行与由PARTITION by子句、ORDER by子句和ROWS子句指定的逐行窗口相关的任务,并为每一行返回一个值。
这三个子句都是可选的,但是如果指定了,必须按照以下语法中的顺序指定:

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· 十月 8, 2022 阅读大约需 6 分钟
10分钟快速开发一个连接到InterSystems IRIS数据库的C#应用

安装InterSystems IRIS数据库的ODBC驱动,在Windows系统中配置数据源后,可以使用Microsoft Visual Studio 开发工具 中的服务器资源管理器很方便地连接到InterSystems IRIS数据库服务器,利用数据库连接的可视化视图,可以非常方便快捷地进行连接到InterSystems IRIS数据库的应用开发。本文将展示一个利用以上方式实现的例子,开发工具为Microsoft Visual Studio 2019,开发语言为C#,10分钟快速开发实现一个连接到InterSystems IRIS数据库的C#应用,在本例子中,可以通过选择日期和科室,查询指定日期和科室的就诊日志。

1、在成功安装InterSystems IRIS数据库的ODBC驱动后,从Windows的“控制面板”中选择“管理工具”,在“管理工具”中选择“ODBC数据源”。

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· 十月 5, 2022 阅读大约需 4 分钟
Caché数据库私有apache版本升级

操作系统:
CentOS Linux release 7.9.2009 (Core)

1.查看数据相关信息

1)查看Caché数据库实例信息

[root@TestServer /]# ccontrol list

Configuration 'CACHE'   (default)
    directory: /opt/cache
    versionid: 2016.2.3.907.11.20719
    conf file: cache.cpf  (SuperServer port = 1972, WebServer = 57772)
    status:    running, since Tue Oct  4 12:54:05 2022
    state:     ok

2)查看Caché数据库私有apache版本信息

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InterSystems IRIS/Caché的CDC

InterSystems IRIS/Caché未提供开箱即用的变更数据捕获(CDC)工具,而且由于其多模型建模能力和底层的多维存储模型,相对于关系型数据库的单一模型,针对于SQL的CDC在InterSystems IRIS/Caché上会更复杂一些。例如通过Journal日志记录的是底层持久化多维数组的数据变更,而不是SQL table的变更。

通常,在应用层面实现变更数据捕获是更灵活和简单的方式,例如通过设置触发器、类的DSTIME参数。但如果无法在应用层做CDC,可以考虑使用InterSystems IRIS/Caché的Journal和强大的开发能力获取数据变更。

这里介绍使用InterSystems IRIS/Caché的Reporting类型的异步镜像成员获取数据变更。

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· 三月 12, 2022 阅读大约需 5 分钟
在Linux上设置TZ环境变量

在Linux上设置TZ环境变量

v2015.1的更新检查表建议在Linux平台上设置TZ环境变量,并指出了tzset的手册。建议这样做是为了提高Caché的时间相关功能的性能。你可以在下文找到更多关于这个的信息:

Linux TZ环境变量未被设置以及对Caché的影响

我的CentOS 7测试系统上的manpage(RHEL 6也是这样说的)有这样的说法。

"tzset()函数从TZ环境变量初始化tzname变量。 这个函数会被其他依赖时区的时间转换函数自动调用"。

那么,你如何设置TZ?它是如何影响Linux服务器上的时间的?让我们来看看我们能学到什么:

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医疗数据集应用(这个应用主要目的是获得医疗数据样本来进行自动化机器学习和其他应用)现在有了6个真实世界的医疗数据集(更多数据集在路上,敬请期待!)

  • 糖尿病数据集: 预测糖尿病诊断
  • 心脏病数据集: 预测心脏病
  • 肾病数据集: 预测肾病
  • 乳腺癌数据集: 预测乳腺癌
  • 孕产妇风险数据集 (新): 预测孕产妇风险等级
  • 医院死亡率数据集 (新): 预测医院死亡率

赶快来下载吧: https://openexchange.intersystems.com/package/Health-Dataset

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· 二月 5, 2021 阅读大约需 5 分钟
精华文章置顶--使用VSCode 进行IRIS 开发

VSCode 是目前很流行的一款免费开发工具,IRIS也支持使用其进行连接和开发,相比Studio 只能在windows 环境使用,Vscode 可以跨平台使用。

我们传统的工具Studio 是连接代码服务器的形式,不能便捷的使用目前流行的有本地代码的版本控制工具(如git),但VSCode可以存在本地代码,并且能方便的使用各类存在本地代码的版本控制工具。

以下的内容会帮助大家来配置使用VSCode连接IRIS 进行开发。

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· 十二月 31, 2022 阅读大约需 10 分钟
HL7 ADT消息的类型和ADT^A04的例子

在上一篇文章中,我们讨论了标准 HL7v2 的起源、结构和消息类型。现在让我们看一下最常用的消息类型之一及其结构示例。我说的是 ADT。

HL7 ADT 消息(入院、出院、转院)用于在医疗机构传达基本患者信息、就诊信息和患者状态。 ADT 消息是使用最广泛且容量最大的 HL7 消息类型之一,因为它为许多触发事件提供信息,包括患者入院、注册、取消、更新、出院、患者数据合并等。

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· 九月 30, 2022 阅读大约需 11 分钟
使用Prometheus监控Cache集群

使用Prometheus监控Cache集群

Executive Summary

生产级别的Cache集群往往由多个Cache实例组成,而Cache自带的管理界面不能满足对整个集群的监控,因此在实际使用中,往往需要投入人力对实例进行性能巡检。即便如此,这种巡检模式实时性低、告警的漏报错报率高、对既往数据追溯能力差。针对Cache/IRIS集群管理的这一缺憾,本文提出以Prometheus监控Cache集群的方案,最终实现了对集群全实例监控指标的自动化采集,以及准实时监控数据展示和告警提示。

监控大屏3.主机实例监控

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这次我想谈一谈不专门针对 InterSystems IRIS 的东西,不过如果你想使用 Docker,并且你工作环境是安装了 Windows 10 专业版或企业版的 PC 或笔记本电脑,那么我认为这个很重要。

你可能知道,容器技术基本上来自于 Linux 世界,如今在 Linux 主机上发挥出最大潜能。 那些平常使用 Windows 的人会看到,Microsoft 和 Docker 在过去的几年做出了重要的努力,让我们可以在 Windows 系统上以非常简单的方式运行基于 Linux 映像的容器... 但是生产系统不支持这种方式,这是个大问题,如果我们要将持久性数据保留在主机系统中的容器之外,这样做非常不可靠... 这主要是由于 Windows 和 Linux 文件系统之间的巨大差异导致的。 最终,Docker for Windows 自身使用了一个小型 linux 虚拟机 (_MobiLinux) 来运行容器... 此操作对于 Windows 用户是透明的,而且效果完美,只要你不需要你的数据库比容器存活的时间更长...

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· 四月 24, 2021 阅读大约需 6 分钟
置顶--InterSystems 中文开发者社区精华文章集锦

欢迎大家将相关的经验在这个讨论区分享。

板块 文章列表
征文大赛作品集锦

2022年首届InterSystems 技术征文大赛集锦

2023年第二届InterSystems 技术征文大赛集锦

官方文档

我司即将推出中文官方文档门户,欢迎大家把需要的官方文档发在评论区,我们会优先发布。谢谢!

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· 七月 6, 2021 阅读大约需 16 分钟
精华文章--虚拟化大型数据库 - VMware CPU 容量规划

供应商或内部团队要求说明如何为 VMware vSphere 上运行的大型生产数据库进行 CPU 容量规划。

总的来说,在调整大型生产数据库的 CPU 规模时,有几个简单的最佳做法可以遵循:

  • 为每个物理 CPU 核心规划一个 vCPU。
  • 考虑 NUMA 并按理想情况调整虚拟机规模,以使 CPU 和内存对于 NUMA 节点是本地的。
  • 合理调整虚拟机规模。 仅在需要时才添加 vCPU。

通常,这会引出几个常见问题:

  • 由于使用超线程技术,VMware 创建的虚拟机的 CPU 数量可以是物理 CPU 数量的两倍。 那不就是双倍容量吗? 创建的虚拟机不应该有尽可能多的 CPU 吗?
  • 什么是 NUMA 节点? 我应该在意 NUMA 吗?
  • 虚拟机应该合理调整规模,但我如何知道什么时候合理?

我以下面的示例回答这些问题。 但也要记住,最佳做法并不是一成不变的。 有时需要做出妥协。 例如,大型生产数据库虚拟机很可能不适合 NUMA 节点,但我们会看到,其实是没问题的。 最佳做法是指必须针对应用程序和环境进行评估和验证的准则。

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· 十月 12, 2022 阅读大约需 10 分钟
前端操作自动生成BS、BP、BO

概述

现有Ensemble平台BS(服务)、BP(流程)、BO(操作)需对平台及开发语言有一定的了解才能实现,为简化用户操作,现对现有平台进行二次封装,通过API接口的形式进行前后端分离,通过前端界面操作实现BS(对外提供的服务)、BP、BO(逻辑处理或调用外部的服务)自动生成(通过%Dictionary实现),具体实现如下。

一、开发技术和工具

版本:Ensemble 2017.2.1

二、涉及公用类

2.1 %Dictionary.ClassDefinition(自定义类)

• property Super as %CacheString;
Specifies one or more superclasses for the class.
定义一个或多个父类,继承父类

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· 四月 19, 2022 阅读大约需 26 分钟
Linux系统IRIS安装总结

本文档只是给您一个大致的概念,方便您了解IRIS安装的方方面面。并非官方安装手册或者安装建议。生产环境的安装请仔细研究并参照IRIS官方的安装文档

操作系统的选择

IRIS支持多种Linux系统。详细的列表请参见各个版本的支持列表,比如这个是最新的2021IRIS的支持列表。需要注意的是, CentOS只支持作为测试系统, 并不支持生产系统的安装。

官方文档是以Redhat为主介绍的IRIS安装, 这是IRIS在生产环境中最常用的Linux系统之一。另一个Ubantu, InterSystems提供的docker版本是安装在Ubantu上的。

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在使用xDBC连接到字符集为US7ASCII的Oracle数据库时,大家可能遇到过中文的乱码问题,尤其是使用Oracle自己的xDBC驱动的时候。

字符集为US7ASCII的Oracle数据库虽然可以保存中文数据,但给客户端带来了很多麻烦,需要对获取和提交的数据进行转码。

在Ensemble/Health Connect/InterSystems IRIS 中使用SQL适配器连接到这样的Oracle数据库时,可以使用$ZCVT函数进行转码。

1. $ZCVT函数

$ZCVT函数是广泛使用的字符串转换函数,可以做大小写转换、编码转换、URL 和 URI 转换等。我们用其编码转换能力来解决字符集转码问题。

2. 获取的SQL结果集数据有中文时

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Google Cloud Platform (GCP) 为基础架构即服务 (IaaS) 提供功能丰富的环境,其作为云提供完备的功能,支持所有的 InterSystems 产品,包括最新的 InterSystems IRIS 数据平台。 与任何平台或部署模型一样,必须留心以确保考虑到环境的各个方面,例如性能、可用性、操作和管理程序。 本文将详细阐述所有这些方面。

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一些熟悉SQL的用户希望用SQL表的方式获取InterSystems IRIS/Caché的变更数据。知道了Global和SQL表的对应关系,就可以知道是哪一张SQL表数据变化了,甚至通过SQL查询获取变更的数据。
下面介绍如何实现这种方式,和注意事项。

获取Global和SQL表的对应关系

通常InterSystems IRIS/Caché的持久化的对象模型(类)和SQL表之间有一一对应的关系;而持久化的对象模型和Global之间也有一一对应关系。建立Global和SQL表的对应关系,通常可以使用以下的SQL查询特定SQL schema下所有表对应的Global:

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· 九月 27, 2022 阅读大约需 6 分钟
Cache / IRIS 操作数据的3种基本方式

背景

Cache起源于没有SQL的1970时代,当时各种高级计算机语言才刚刚诞生,其中M语言较为独特,它的诞生就是为了在没有操作系统的机器上,进行数据存储。别忘了,Unix在1971年才发布。M语言别具一格地采用了Global多维数组,统一了复杂的内存操作和文件读写,使之成为了1970年代数据库的事实标准,特别是在医疗行业。而后Intersystems在1978年接过M语言的旗帜,在M语言上添加了SQL兼容层和ObjectScript层,前者顺应了时代的潮流,后者不仅为M语言提供了强大的OOP和各种便捷的语法糖,还让数据能以对象形式进行访问,让数据和代码更加紧密。

本文将简述多维数组、SQL、对象这3种数据操作方式,提供实例代码片段,并在运行效率、开发效率、管理效率、实用性方面讨论它们的优缺点。
为方便讨论,以学校与学生为例。对每种操作方法,都列举3种典型的用例,分别为,访问某特定ID的学生(即数据库ID索引)、访问某特定studentID的学生(即遍历唯一索引)、和访问某学校的所有人(即遍历非唯一索引)。

现假设学生表/对象定义如下:

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· 一月 30, 2021 阅读大约需 6 分钟
精华文章--WebGateway系列(1): Web Gateway介绍

本文介绍InterSystems Web Gateway的安装和配置。

在2018以前的ISC产品中, InterSystems Web Gateway被称为CSP Gateway。, CSP是Cache'的页面技术。InterSystems的产品页面,Web服务等大多是CSP写成的。IRIS发布后CSP Gateway改名成Web Gateway, 但内部的配置文件,说明等等还到处可见CSP Gateway的叫法。在本文里不同的地方有这两个说法别奇怪,他们是一个东西。
IRIS通过它和外部Web服务器连接。 本文的内容适用任何ISC产品的部署,包括页面的选项Cache'. IRIS,HealthConnect, Ensemble等等。它的作用和表现是一样的。 无论您使用的是Cache',IRIS , HealthConnect还是HealthShare, 只有在生产环境中使用HTTP请求,基本上都需要使用Web Gateway。

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· 十二月 18, 2021 阅读大约需 12 分钟
精华文章--从软件架构发展谈业务集成技术演进与展望

应用集成技术是市场上被广泛使用的,也是充斥着术语和概念的一个技术领域。集成平台、消息引擎、消息中间件、集成引擎、集成中间件、企业服务总线(ESB)、API网关、API管理… 很多概念与名词。到底它们是什么意思?有什么区别?哪种技术适合解决哪种集成问题?

业务集成的需求和技术的演进是紧随业务系统的软件架构发展而发展的。通过小结软件架构的发展,我们更容易梳理业务集成技术的演进、更容易看清楚各种集成架构的优势和未来发展方向。

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· 三月 30, 2021 阅读大约需 9 分钟
第十四章 使用SQL Shell界面(一)

第十四章 使用SQL Shell界面(一)

执行SQL的其他方式

可以使用$SYSTEM.SQL.Execute() 方法从Terminal命令行执行一行SQL代码,而无需调用SQL Shell。以下示例显示如何在终端提示下使用此方法:

DHC-APP>SET result=$SYSTEM.SQL.Execute("SELECT TOP 5 name,dob,ssn FROM Sample.Person")

DHC-APP>DO result.%Display()
Name    DOB     SSN
yaoxin  54536   111-11-1117
xiaoli          111-11-1111
姚鑫    63189   111-11-1112
姚鑫    63189   111-11-1113
姚鑫    50066   111-11-1114

5 Rows(s) Affected

如果SQL语句包含错误,则Execute()方法成功完成;否则,该方法无效。 %Display()方法返回错误信息,例如:

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· 六月 11, 2023 阅读大约需 7 分钟
统一语义数据平台

数据平台一直在进化:从数据中心到数据中台,离散的数据资产得到进一步梳理和整合、按业务封装数据和操作数据的方法,并逐步提供了企业统一的访问、更新、检索、查询等数据服务。

然而市场上不乏听到数据平台的成功案例,却鲜见这些案例得到大规模推广。原因是什么呢?

一. 传统数据平台建设的挑战

传统数据平台的数据模型基于各自厂商的理解,缺乏统一行业数据模型和行业语义。可供参考的国内卫生信息数据元、数据集标准并非完整的行业语义,例如没有业务实体模型和数据元关系定义。传统的数据平台建设通常根据业务域,围绕数据应用需求组织数据。经常看到按业务域划分为CDR(临床数据中心)、ODR(运营数据中心)、RDR(科研数据中心)......

这造成了几个挑战:

1. 按业务域、而非业务实体来划分数据,虽然方便相应的业务域数据分析,但跨业务域重叠的业务实体数据,例如患者,需要跨数据中心同步。这些同步由于数据模型上的差异,往往非全息拷贝。随着同步次数越多,跨数据中心的数据越失真,造成数据资产多源不统一、数据资产一致性问题和时效性问题。

2. 数据平台产品语义表达上参差不齐,业务用户依赖数据工程师对数据理解和操作,无论是统计分析还是机器学习,海量的实施工作无法满足业务敏捷性要求;

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