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· 四月 4, 2021 阅读大约需 3 分钟
第十六章 导入SQL Code

第十六章 导入SQL Code

本章介绍如何将SQL代码从文本文件导入Intersystems SQL。导入SQL代码时,IntersystemsIris®数据平台使用动态SQL准备并执行每行SQL。如果遇到无法解析的代码行,则SQL导入跳过该行代码并继续准备和执行后续行,直到它到达文件的末尾。所有SQL代码导入操作导入到当前名称空间。

SQL导入主要用于导入数据定义语言(DDL)命令(例如Create Table),并使用InsertUpdateDelete命令填充表。 SQL导入确实准备并执行SELECT查询,但不创建结果集。

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· 四月 13, 2021 阅读大约需 14 分钟
第二章 定义和构建索引(一)

第二章 定义和构建索引(一)

概述

索引是由持久类维护的结构,InterSystems IRIS®数据平台可以使用它来优化查询和其他操作。

可以在表中的字段值或类中的相应属性上定义索引。(还可以在多个字段/属性的组合值上定义索引。)。无论是使用SQL字段和表语法还是类属性语法定义相同的索引,都会创建相同的索引。当定义了某些类型的字段(属性)时,InterSystems IRIS会自动定义索引。可以在存储数据或可以可靠派生数据的任何字段上定义附加索引。InterSystems IRIS提供了几种类型的索引。可以为同一字段(属性)定义多个索引,为不同的目的提供不同类型的索引。

无论是使用SQL字段和表语法,还是使用类属性语法,只要对数据库执行数据插入、更新或删除操作,InterSystems IRIS就会填充和维护索引(默认情况下)。可以覆盖此默认值(通过使用%NOINDEX关键字)来快速更改数据,然后作为单独的操作生成或重新生成相应的索引。可以在用数据填充表之前定义索引。还可以为已经填充了数据的表定义索引,然后作为单独的操作填充(构建)索引。

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· 四月 13, 2022 阅读大约需 7 分钟
用Globals 作为图数据库来存储和抽取图结构数据

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这篇文章是对我的  iris-globals-graphDB 应用的介绍。
在这篇文章中,我将演示如何在Python Flask Web 框架和PYVIS交互式网络可视化库的帮助下,将图形数据保存和抽取到InterSystems Globals中。

建议

 

第一步 : 通过使用Python 原生SDK建立与IRIS Globals的链接

 #create and establish connection
  if not self.iris_connection:
         self.iris_connection = irisnative.createConnection("localhost", 1972, "USER", "superuser", "SYS")
                                     
  # Create an iris object
  self.iris_native = irisnative.createIris(self.iris_connection)
  return self.iris_native

 

第二步 : 使用 iris_native.set( ) 功能把数据保存到Globals 里     

#import nodes data from csv file
isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1nodes")
if isdefined == 0:
    with open("/opt/irisapp/misc/g1nodes.csv", newline='') as csvfile:

 reader = csv.DictReader(csvfile)
 for row in reader:
    self.iris_native.set(row["name"], "^g1nodes", row["id"])

 #import edges data from csv file
 isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1edges")
 if isdefined == 0:
    with open("/opt/irisapp/misc/g1edges.csv", newline='') as csvfile:
 reader = csv.DictReader(csvfile)
 counter = 0                
 for row in reader:
    counter = counter + 1
    #Save data to globals
    self.iris_native.set(row["source"]+'-'+row["target"], "^g1edges", counter)  

 

第三步: 使用iris_native.get() 功能把节点和边缘数据从Globals传递给PYVIS

 #Get nodes data for basic graph    
  def get_g1nodes(self):
        iris = self.get_iris_native()
        leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1nodes")
        result = []
        # Iterate over all nodes forwards
        for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
            #Get data from globals
            val = iris.get("^g1nodes",level1_subscript)
            element = {"id": level1_subscript, "label": val, "shape":"circle"}
            result.append(element)            
        return result

    #Get edges data for basic graph  
    def get_g1edges(self):
        iris = self.get_iris_native()
        leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1edges")
        result = []
        # Iterate over all nodes forwards
        for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
            #Get data from globals
            val = iris.get("^g1edges",level1_subscript)
            element = {"from": int(val.rpartition('-')[0]), "to": int(val.rpartition('-')[2])}
            result.append(element)            
        return result

 

Step4: Use PYVIS Javascript to generate graph data

<script type="text/javascript">
    // initialize global variables.
    var edges;
    var nodes;
    var network;
    var container;
    var options, data;
  
    // This method is responsible for drawing the graph, returns the drawn network
    function drawGraph() {
        var container = document.getElementById('mynetwork');
        let node = JSON.parse('{{ nodes | tojson }}');
        let edge = JSON.parse('{{ edges | tojson }}');
     
        // parsing and collecting nodes and edges from the python
        nodes = new vis.DataSet(node);
        edges = new vis.DataSet(edge);

        // adding nodes and edges to the graph
        data = {nodes: nodes, edges: edges};

        var options = {
            "configure": {
                "enabled": true,
                "filter": [
                "physics","nodes"
            ]
            },
            "nodes": {
                "color": {
                  "border": "rgba(233,180,56,1)",
                  "background": "rgba(252,175,41,1)",
                  "highlight": {
                    "border": "rgba(38,137,233,1)",
                    "background": "rgba(40,138,255,1)"
                  },
                  "hover": {
                    "border": "rgba(42,127,233,1)",
                    "background": "rgba(42,126,255,1)"
                 }
                },

                "font": {
                  "color": "rgba(255,255,255,1)"
                }
              },
            "edges": {
                "color": {
                    "inherit": true
                },
                "smooth": {
                    "enabled": false,
                    "type": "continuous"
                }
            },
            "interaction": {
                "dragNodes": true,
                "hideEdgesOnDrag": false,
                "hideNodesOnDrag": false,
                "navigationButtons": true,
                "hover": true
            },

            "physics": {
                "barnesHut": {
                    "avoidOverlap": 0,
                    "centralGravity": 0.3,
                    "damping": 0.09,
                    "gravitationalConstant": -80000,
                    "springConstant": 0.001,
                    "springLength": 250
                },

                "enabled": true,
                "stabilization": {
                    "enabled": true,
                    "fit": true,
                    "iterations": 1000,
                    "onlyDynamicEdges": false,
                    "updateInterval": 50
                }
            }
        }
        // if this network requires displaying the configure window,
        // put it in its div
        options.configure["container"] = document.getElementById("config");
        network = new vis.Network(container, data, options);
        return network;
    }
    drawGraph();
</script>

 

第五步: 从app.py 主文件调用上面的代码

#Mian route. (index)
@app.route("/")
def index():
    #Establish connection and import data to globals
    irisglobal = IRISGLOBAL()
    irisglobal.import_g1_nodes_edges()
    irisglobal.import_g2_nodes_edges()

    #getting nodes data from globals
    nodes = irisglobal.get_g1nodes()
    #getting edges data from globals
    edges = irisglobal.get_g1edges()

    #To display graph with configuration
    pyvis = True
    return render_template('index.html', nodes = nodes,edges=edges,pyvis=pyvis)    

下面是关于此项目的 介绍视频:

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· 六月 5, 2021 阅读大约需 5 分钟
第七章 Caché JSON %JSON快速参考

第七章 Caché JSON %JSON快速参考

%JSON快速参考

本节提供本章中讨论的%JSON方法、属性和参数的快速参考。

%JSON.Adaptor方法

这些方法提供了从JSON序列化和序列化到JSON的能力。

%JSONExport()

%JSON.Adaptor.%JSONExport()将启用JSON的类序列化为JSON文档,并将其写入当前设备。

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· 四月 9, 2021 阅读大约需 4 分钟
第二十一章 导入和导出SQL数据

第二十一章 导入和导出SQL数据

在InterSystems IRIS®Data Platform Management Portal中,有用于导入和导出数据的工具:
- 从文本文件导入数据
- 将数据导出到文本文件

这些工具使用动态SQL,这意味着查询是在运行时准备和执行的。可以导入或导出的行的最大大小为3,641,144个字符。

还可以使用%SQL.Import.Mgr类导入数据,使用%SQL.Export.Mgr类导出数据。

从文本文件导入数据

可以将数据从文本文件导入到合适的InterSystems IRIS类中。执行此操作时,系统将在表中为该类创建并保存新行。该类必须已经存在并且必须编译。要将数据导入到此类中,请执行以下操作:
1. 从管理门户中选择系统资源管理器,然后选择SQL。使用页面顶部的切换选项选择一个命名空间;这将显示可用命名空间的列表。
2. 在页面顶部,单击向导下拉列表,然后选择数据导入。

  1. 在向导的第一页上,从指定外部文件的位置开始。对于导入文件所在的位置,请单击要使用的服务器的名称。

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· 三月 5, 2021 阅读大约需 9 分钟
第四章 SQL标识符

第四章 标识符

标识符

标识符是SQL实体的名称,例如表、视图、列(字段)、模式、表别名、列别名、索引、存储过程、触发器或其他SQL实体。
标识符名称在其上下文中必须是唯一的;
例如,同一模式中的两个表或同一表中的两个字段不能具有相同的名称。
但是,不同模式中的两个表或不同表中的两个字段可以具有相同的名称。
在大多数情况下,相同的标识符名称可以用于不同类型的SQL实体;
例如,一个模式、该模式中的表以及该表中的字段都可以具有相同的名称,而不会产生冲突。
但是,同一个模式中的表和视图不能具有相同的名称。

InterSystems IRIS®数据平台SQL标识符遵循一组命名约定,根据标识符的使用,这可能会受到进一步的限制。
标识符不区分大小写。

标识符可以是简单标识符,也可以是分隔符。
InterSystems SQL默认支持简单标识符和分隔标识符。

简单标识符

简单标识符有以下语法:

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· 五月 20, 2021 阅读大约需 7 分钟
互操作消息统一管理系列:SearchTable加速检索

在上一篇文章《互操作消息统一管理系列:Message Bank》中,我们了解到在Message Bank中,消息均以半结构化(XML)或非结构化(Stream)的形式保存,因此无法与客户端的结构化消息一样,直接支持基于索引的检索。为此,需要在Message Bank中定义Search Table以支持查询。关于Search Table的定义和作用,请查阅https://docs.intersystems.com/healthconnectlatest/csp/docbook/DocBook.UI...

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· 十二月 2, 2022 阅读大约需 9 分钟
通过智能数据编织应对数据挑战

1.数据的价值

数据的核心价值是帮助我们决策。

我们无时无刻不在决策,大到战略决策——为一家新医院选址,还有战术决策——鉴别产品的目标市场或抵押贷款审批,更频繁的是操作决策——决定患者的手术方案或患者药物的调整。

这些决策要求不同的决策速度,传统的数据中心已经能较好地帮助我们做战略决策、战术决策,甚至一些操作决策。但新的业务需求要求我们的决策速度越来越快,甚至借助机器学习自动为我们做出即时的决策,例如批准还是拒绝一笔信用卡交易或基于算法自动交易。

无论是人工决策还是基于机器学习的自动决策,决策的依据是数据。数据的速度和质量决定了决策的速度和质量。要支持决策,需要数据具有如下特征:

(1)完整 :关联且具有完整上下文;

(2)干净 :数据质量没有问题;

(3)及时 :在决策点上没有延迟。

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· 三月 28, 2023 阅读大约需 1 分钟
安装本地 FHIR 服务器的最快最简单的方法!

嗨大家好!

最近我需要使用 IRIS For Health 设置本地 FHIR 服务器,我认为我找到了有史以来最简单的方法!

只需在终端中运行以下两行:

 docker run --rm --name my-iris -d --publish 9091:1972 --publish 9092:52773 intersystemsdc/irishealth-community

docker exec -it my-iris iris session iris -U "USER" '##class(%ZPM.PackageManager).Shell("install fhir-server")'

您将在 http://localhost:9092/fhir/r4 本地运行 FHIR 服务器。

就是这么简单!

FHIR 服务器将使用最新版本的 InterSystems IRIS for Health Community Edition,并将通过 FHIRSERVER 命名空间中的 IPM 包从该应用程序部署 FHIR 服务器

这是针对 Mac OS的,所以请在评论中添加它在 Windows 中的工作方式。

这是一篇非常短的文章,因为使用 InterSystems IRIS for Health 和IPM Package Manager 设置本地 FHIR 服务器真的很容易。

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· 十一月 2, 2021 阅读大约需 7 分钟
IRIS 2021 技术文档 First Look 13 - InterSystems IRIS Native API for Java

本文档解释了如何使用 InterSystems IRIS Native 功能从 Java 应用程序中访问 InterSystems IRIS®数据平台的 globals。在本文中,您将首先连接到 InterSystems IRIS。然后您将在 InterSystems IRIS 中设置和检索一个 global 节点的值,并在另一个 global 节点上进行迭代。您还将调用 InterSystems IRIS 类方法。所有这些活动都将在 Java 应用程序中执行。
为了让您体验 IRIS Native,而又不陷入细节困境,本次探索特意设计得很简单。这些活动被设计成只使用默认设置和功能,这样您就可以熟悉功能的基本原理,而不必处理那些离题或过于复杂的细节。当您把 IRIS Native 引入您的生产系统时,您可能需要做一些不同的事情。请确保不要把这种对 IRIS Native 的探索与真实的情况相混淆! 本文档末尾提供的参考资料将使您对在生产中使用 IRIS Native 的情况有一个很好的了解。
要浏览所有的技术概要(First Look),包括可以在 InterSystems IRIS 免费的评估实例上执行的那些,请参见 InterSystems First Looks(《InterSystems 技术概要》)。

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· 十一月 2, 2021 阅读大约需 16 分钟
IRIS 2021 技术文档 First Look 28 - InterSystems 公钥基础设施 (PKI)

本文档介绍了 InterSystems 公钥基础设施(PKI),它可以在开发组织的安全策略中发挥重要作用。它提供有关公钥加密、证书颁发机构和 PKI 的信息。然后介绍一些与使用 InterSystems PKI 相关的初始任务。完成本指南后,您将有能力创建一个证书颁发机构 (CA),然后向 CA 客户端请求并接收证书。
虽然 InterSystems PKI 不用于生产系统,但您可以用它来熟悉 PKI 工具和安全基础设施。作为设计和探索过程的一部分,这对于创建全面的安全方法特别有帮助。
本指南使用 InterSystems IRIS®数据平台的默认设置,这使您能够熟悉 PKI 的基本原理,而不必处理其他在执行实现时很重要的细节问题。有关数据库加密的完整文档,请参见 The InterSystems Public Key Infrastructure(《 InterSystems 公钥基础设施》)。
要浏览所有的技术概要(First Look),包括可以在 InterSystems IRIS 免费的评估实例上执行的那些,请参见 InterSystems First Looks(《InterSystems 技术概要》)。

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许多使用InterSystems IRIS的用户在调试代码的时候习惯使用命令行的方式,比如运行一个函数查看输出或者查看代码运行过程中保存在global中的数据等等。

对于将 InterSystems IRIS 安装在 Windows 操作系统的用户,只需要点击右下角图标选择Terminal 就可以很方便的使用。

但是对于将其安装到 Linux 或者Docker 容器中的用户,要使用命令行却不那么方便,下面我将会介绍在我们 Openexchange 中的一个应用 -- Web Terminal。

也就是说可以在网页中直接执行Terminal中的命令。

2016-09-18_212035

或者查看SQL执行结果:

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· 五月 2, 2021 阅读大约需 5 分钟
第一章 简介global

第一章 简介global

InterSystems IRIS®的核心功能之一是其多维存储引擎。此功能允许应用程序以紧凑、高效的多维稀疏数组存储数据。这些数组称为全局数组。

本章介绍:
- 什么是全局变量(globals ),以及可以对其执行的操作。
- 全局变量的逻辑和物理结构,包括在分布式数据库体系结构中使用全局变量。
- 如何使用全局变量在应用程序中存储和检索数据。
- 如何使用全局变量。

特点

全局变量提供了一种在持久的多维数组中存储数据的易于使用的方法。

例如,可以使用名为^Settings的全局变量将值“Red”与键“Color”相关联:

SET ^Settings("Color")="Red"

可以利用全局变量的多维特性来定义更复杂的结构:

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现代医疗有无数来自数字技术的机会,包括优化流程的指挥中心、支持洞察力和决策的人工智能和机器学习、提供实时数据的物联网和连接设备,以及管理和保护大型数据流的强大数字基础设施。创建数字孪生和使用虚拟技术来推动医疗行业的真实世界价值将这一切结合起来。

数字孪生在医疗领域的真实世界价值

数字孪生是一个物理对象或过程的虚拟副本,通过模拟和反馈物理对应物来学习和发展。它在动态系统建模的同时部署了人工智能和机器学习,并适用于医疗保健和生命科学环境。数字孪生创造了一个机会,在实施干预措施、路径变化和操作改进之前,对系统的影响进行建模和预测,以实现效益最大化和风险最小化。

这种模拟创造了以下机会:测试情景以预测影响和帮助决策(例如,在系统设计和病人治疗中);识别低效、瓶颈和机会,并模拟效益/副作用(例如,在流程优化中);自动化反应和决策(例如,在环境控制中);以及越来越多地在虚拟环境中进行测试(例如,硅研究 - 美国和欧洲监管机构都在探索在新医疗药物和技术的审批中使用此类 "数字证据")。

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· 三月 6, 2021 阅读大约需 16 分钟
第五章 SQL定义表(一)

第五章 SQL定义表

表名称和架构名称

可以通过定义表(使用CREATE TABLE)或通过定义投影到表的持久类来创建表:

  • DDL:InterSystemsIRIS®数据平台使用CREATE TABLE中指定的表名来生成相应的持久类名,并使用指定的架构名来生成相应的包名。
  • 类定义:InterSystemsIRIS®数据平台使用持久类名称来生成对应的表名,并使用包名称来生成对应的模式名。

由于以下原因,这两个名字之间的对应关系可能不相同:

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· 五月 24, 2021 阅读大约需 1 分钟
大数据平台的五个等级

作为一个软件架构师,如果要设计一个企业级的架构来满足当前的业务需求时,你需要达到5级的水平,这是一个巨大的挑战。有了InterSystems IRIS。
这是有可能的。通过1个产品,你可以得到SQL + NoSQL + ESB + BI + Open Analytics + Real Time Virtual cubes + NLP + AutoML + ML(使用Python)和高级云支持 + Sharding支持。

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· 四月 18, 2021 阅读大约需 13 分钟
第三章 优化表(一)

第三章 优化表(一)

要确保InterSystems IRIS®Data Platform上的InterSystems SQL表的最高性能,可以执行多种操作。优化可以对针对该表运行的任何查询产生重大影响。本章讨论以下性能优化注意事项:

  • ExtentSizeSelectiveBlockCount用于在用数据填充表之前指定表数据估计;此元数据用于优化未来的查询。
  • 运行tune Table来分析填充表中的代表表数据;生成的元数据用于优化未来的查询。
  • 优化表计算的值包括扩展大小、选择性、异常值选择性、平均字段大小和块计数
  • 导出和重新导入优选表统计数据

扩展大小、选择性和块数(ExtentSize, Selectivity, and BlockCount)

当查询优化器决定执行特定SQL查询的最有效方式时,它会考虑以下三种情况:

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· 八月 19, 2022 阅读大约需 5 分钟
第六章 配置命名空间(一)

第六章 配置命名空间(一)

命名空间是虚拟工作空间中的数据和程序的集合。在命名空间中,可以定义各种组或人员需要的全局变量Global。例如,如果审计部门需要使用存在于不同系统或不同目录中的某些全局变量Global,可以设置一个单一的命名空间来引用网络上的所有会计全局变量和数据库。

IRIS 带有以下预定义的命名空间:

  • %SYS — 系统管理信息和实用程序。
    -USER — 安装时为空。通常用于应用程序开发。

可以在管理门户的命名空间页面上执行以下过程来配置命名空间,可以通过在主页上依次选择系统管理、配置、系统配置和命名空间来导航到该页面:

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· 十月 26, 2022 阅读大约需 3 分钟
运行池大小配置的解读

“池大小”(PoolSize)设置的值决定了一个组件的作业的量和启动方式。在这篇文章中我们将具体讨论对于不同类型的组件来说“池大小”设置的可能值和这些值所代表的含义。

Pool Size = 1

对于所有的组件来说,运行池大小为1的含义都是一样的: 该组件有且只有一个作业,单独运行该组件的代码,顺序处理发送到该组件的消息(FIFO)。

Pool Size > 1

对于业务进程(BP)和业务操作(BO)来说,当运行池大小大于1时,该组件将运行多个作业(作业数=运行池大小设置数)。每个作业都只运行该组件的代码,但消息处理的顺序将被打乱。将运行池的大小设为大于1的值可以在一定程度上提升组件处理消息的性能,但是每个作业的性能还是受限于系统资源的,所以并不是说组件的性能可以随着运行池的大小增加而无限提升。

对于轮询类业务服务(Polling BS)来说,当运行池大小大于1时,该服务也将运行多个作业(作业数=运行池大小设置数)。但这种配置会导致多个进程对轮询结果产生竞争(race condition),所以一般情况下轮询服务不应将运行池大小设为大于1的数值。

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可以使用%SYS.Journal.File类中的ByTimeReverseOrder查询,以及%SYS.Journal.Record类中的List查询来实现。

下面是这两个查询的具体作用:

A) %SYS.Journal.File类中的ByTimeReverseOrder查询
这个查询会获取journal日志文件名并按降序排列

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· 七月 31, 2023 阅读大约需 2 分钟
ChatGPT 与 InterSystems FHIR SQL 数据库构建器

FHIR® SQL Builder或 Builder 是 InterSystems IRIS 医疗版数据平台 的一个组件。它是一种复杂的投射工具,用于将 InterSystems IRIS 医疗版数据平台FHIR 存储库中的数据创建为自定义的 SQL 模式,而无需将数据移动到单独的 SQL 存储库中。 Builder 专门设计用于与 InterSystems IRIS 医疗版数据平台中的 FHIR 存储库和多模型数据库配合使用。

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· 五月 9, 2023 阅读大约需 5 分钟
接收从 PACS 到 IRIS for Health 的 DICOM 消息

在上一篇文章中,我们看到了如何捕获位于我们服务器上一个文件夹中的DICOM类型的文件,以及如何将它们发送到PACS软件(在我们的案例中是ORTHANC开源解决方案)进行存储和咨询。那么,在这篇文章中,我们要处理的是相反的动作。

在我们的例子中,我们将配置我们的IRIS for Health Prodcution,以接收从我们的PACS通过TCP/IP发送的图像。要做到这一点,我们必须包括一个标准EnsLib.DICOM.Service.TCP类的业务服务,它将允许我们配置接收端。让我们来看看这个配置:

如您所见,我们已经声明了将监听的端口,通过该端口将接收从 PACS 发送的图像。我们还配置了本地 AET (Application Entity Title,应用实体名称)(IRIS) 和将向我们发送 DICOM (ORTHANC) 的 PACS,请记住这些字段是强制性的,并且将用于检查发送和接收 DICOM 消息的有效性。不要忘记必须从 DICOM 设置菜单配置和关联两个 AET:

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