各位开发者好
欢迎观看InterSystems Bilibili官方频道的最新视频 InterSystems Developers Bilibili:
InterSystems IRIS for Health™ 是全球第一个也是唯一一个专门为医疗应用程序的快速开发而设计的数据平台,用于管理全世界最重要的数据。它包括强大的开箱即用的功能:事务处理和分析、可扩展的医疗保健数据模型、基于 FHIR 的解决方案开发、对医疗保健互操作性标准的支持等等。所有这些将使开发者能够快速实现价值并构建具有突破性的应用程序。了解更多信息。
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此视频帮助大家了解InterSystems如何帮助CRO来加快临床数据采集和更快地推广市场。
演讲嘉宾:
Jim Coutcher, Senior Director/Principal, Global Head of Enriched Studies, Real World Solutions, IQVIA
Qi Li, Physician Executive, InterSystems
Matt Stannard, life Sciences Advisor, InterSystems
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2024年3月26日,InterSystems数据平台全球主管Scott Gnau发文,宣布InterSystems IRIS数据平台新增了向量搜索(vector search)功能。
本文作者为Scott Gnau,InterSystems数据平台全球主管。
2024年3月29日-3月31日,由国家卫生健康委医院管理研究所主办、《中国数字医学》杂志社有限公司承办的“2024中华医院信息网络大会(CHINC)”将在青岛国际会展中心(红岛馆)举办。InterSystems诚邀您莅临展会,我们带来了内容丰富的Demo演示,包括:InterSystems IRIS 2024.1新特性、 InterSystems IRIS矢量存储和矢量查询、InterSystems FHIR数据资产化解决方案,以及InterSystems IRIS医疗版互联互通套件解决方案。
2024 CHINC期间,InterSystems在合作伙伴东华医为展位(B3馆-A02)设立Demo演示区,即日起即可预约现场Demo咨询,欢迎点击【此处】注册预约。
这是在 IRIS 中完全运行向量搜索演示的尝试。
没有外部工具,您需要的只是终端/控制台和管理门户。
特别感谢Alvin Ryanputra作为他的软件包iris-vector-search的基础
灵感和测试数据的来源。
我的软件包基于 IRIS 2024.1 版本,需要注意您的处理器功能。
我尝试用纯 ObjectScript 编写演示。
仅描述向量的计算是在嵌入式Python中完成的
计算 2247 个记录的 384 维向量需要时间。
在我的 Docker 容器中,它正在运行 01:53:14 来完全生成它们。
然后被警告了!
所以我将这一步调整为可重入,以允许暂停向量计算。
每 50 条记录,您就会收到一次停止的提议。
该演示如下所示:
用户>做^A.DemoV 测试向量搜索 ============================= 1 - 初始化表 2 - 生成数据 3 - VECTOR_余弦 4 - VECTOR_DOT_产品 5 - 制作苏格兰威士忌 6 - 加载 Scotch.
本文汇聚了与FHIR相关的内容,包括新闻资讯、线上研讨会、视频、客户案例、行业洞察等,欢迎收藏保存!
01| 新闻资讯
02 | 线上研讨会
InterSystems IRIS ®,InterSystems IRIS ® for Health TM和HealthShare ® Health Connect 2024.1版现已全面上市 (GA)。
发布亮点
在此版本中,您可以期待许多令人兴奋的更新,包括:
请通过开发者社区分享您的反馈,以便我们共同构建更好的产品。
有关所有突出显示功能的详细信息可通过以下链接获得:
近来生成式大语言模型掀起了革命性的AI浪潮。生成式大语言模型是什么原理?我们怎么在业务中利用它?
生成式大语言模型是生成式人工智能底层的机器学习模型,是一种用于自然语言处理的深度学习模型。
人工智能、机器学习与大语言模型的关系如下图:
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大语言模型的“大”体现在多个方面:
大语言模型是事先训练好的模型。
训练时,大语言模型基于各种语料 - 人类知识库(例如Wikipedia)、公共数据集、网络爬虫数据,让模型进行“填空”练习,并经过人工编辑和“校对” 训练出来的,需要成千上万的GPU建立集群进行训练。根据Meta的信息,其Llama 2 的训练数据达到了两万亿个token,上下文长度为4096,对话上也是使用100万人类标记的数据微调。
运行时,训练产生的大语言模型可以在小的多的硬件上运行。
冰冻三尺,非一日之寒;滴水穿石,非一日之功。生成式大语言模型能够落地经历了相当漫长的技术积累与进步。
IRIS 2024.1已经发布,它引入了诸多新特性,其中之一是JSON_TABLE。
数据表达和交换中,JSON已经是日益主流的存在。在之前的IRIS版本中,可以轻易将JSON数据以对象解析并保存到IRIS,也可以将IRIS数据使用SQL、对象等多种方式输出为JSON。对于得到的JSON序列化的数据,如果我们想通过SQL去解析,甚至进行检索和查询,就可以利用JSON_TABLE这个新特性。
对于一些大规模的JSON序列化数据,例如从FHIR服务器查询获得的FHIR资源Bundle,里面包含了大量数据。例如下面的FHIR查询结果,后面的示例以这个的复杂的JSON作为用例:
{
"resourceType": "Bundle",
"id": "cf34e50f-e350-11ee-821c-005056b6b4c5",
"type": "searchset",
"timestamp": "2024-03-16T04:51:10Z",
"total": 2,
"link": [
{
"relation": "self",
"url": "http://172.19.85.随着科技的发展,医疗行业也在不断的进步,人类也往往更加关注自身的健康,
通过计算机学习和处理数据集,可以预测疾病。
前提条件:使用 FHIR 和 ML的能力
首先,我们的数据集从kaggle获得,并根据患者性别、年龄、ALP或ALT转化为FHIR资源,并导入到FHIR资源库中
要导入FHIR资源库,我们可以使用以下命令:
Set sc= ##class (HS.FHIRServer.Tools.DataLoader).SubmitResourceFiles( "/usr/local/src/json/" , "FHIRSERVER" , "/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4" )其中文件地址和fhir资源库URL可以根据情况进行修改。
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配置转换规则,这一点非常重要。它们可以获得你想要的数据,也可以省略患者的一些敏感信息,保证数据安全
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配置完成后,创建一个投影,以查询数据库中的相应表
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创建投影后,通过创建表或视图将表汇总成训练所需的结构
create view T2.HepatitisData AS SELECT TP.ID, TP.在上一篇文章中,我们了解了如何恢复存储在特定 HIS 数据库中的资源,因此今天我们将了解如何在 HIS 中添加新记录,其来源是我们在系统中收到的 FHIR 资源。
FHIR 的主要功能之一是通过 Rest API 支持 CRUD 操作,这意味着任何使用 FHIR 的系统都必须提供对 GET、POST、PUT 和 DELETE 类型的 HTTP 调用的支持。在今天的文章中,我们将了解如何管理对安装 FHIR 适配器时自动配置的端点的 POST 调用。
如果我们回顾资源存储调用的 FHIR 规范,我们会发现它告诉我们,用于调用的 URL 必须遵循以下格式:
http(s)://server_url/{endpoint}/{Resource}
在我们的示例中,我们将不使用安全调用,因此我们的 URL 将如下所示:
http://localhost:52774/Adapter/r4/Patient
由于我们想要记录新患者,因此我们必须在调用正文中使用患者数据进行 POST 调用。在我们的例子中,调用格式将是 application/fhir+json,不过我们也可以使用XML格式的application/fhir+xml,不会有任何问题。
在上一篇文章中我们已经看到了Patient资源的定义,所以这里不再重复,我们将看到的是我们格式化的测试患者是什么样子的。
世界各地的医院和医疗系统、支付方、技术提供商和研究人员都使用InterSystems解决方案来打破互操作性障碍,简化FHIR应用程序的开发和交付工作。
纽约州健康信息网络Hixny使用InterSystems HealthShare Unified Care Record®,为美国最大的公共卫生信息交换机构Healthix开发了一个SMART on FHIR应用程序。每当临床医生查看患者记录时,该创新应用程序都会并排显示患者的社交和病史。该解决方案允许临床医生评估健康的社会决定因素,并直接从其现有的应用程序和工作流程中进行社会服务转介,从而简化互动并提高提供者的效率。HealthShare Unified Care Record 使 Hixny 能够轻松地以单一、一致的格式维护所有数据,无论其来源如何。
英国林肯郡NHS使用InterSystems HealthShare和InterSystems HealthShare护理社区来支持一个综合护理门户,并为当地护理团队和患者提供个性化的护理计划。InterSystems解决方案使医生、护士、健康从业者、护理提供者和护理经理能够在任何环境中有效地共享信息并协调护理。Care Community 通过提供对准确治疗计划和患者偏好的全面和即时访问,帮助护理提供者节省时间和精力,并改善护理质量和患者体验。
HL7® FHIR®(快速医疗互操作性资源)是以电子方式访问、交换和管理医疗信息的国际标准。与以往的标准不同,FHIR 可让帮助行业从业者轻松构建创新应用程序,有效地收集、汇总和分析来自不同来源的各种医疗保健和管理数据。医疗机构、社保/保险公司、政府机构、生命科学公司、医疗设备制造商和医疗科技等多种主体利用 FHIR 来简化信息流、提高数据洞察力、改善临床效果和业务成果。
FHIR 基于 JSON、HTTP 和 REST 等流行的网络技术。有了 FHIR,没有医疗信息化背景的软件开发人员也能使用熟悉的开发工具和开源技术,快速、轻松地满足政府机构、临床医生、研究人员、医疗行业从业者以及各类市场主体的数据需求。
FHIR 是一种灵活、适应性强的医疗数据模型,可轻松定制,以实现各种用例的互操作性。FHIR 由称为 "资源 "的离散、可计算的数据对象组成,以实现最佳效率。通过 FHIR 资源,应用程序可以访问单个医疗记录元素,而无需检索摘要文档中包含的所有数据。
本文回顾了 FHIR 的实际应用,并提供了 InterSystems 客户如何使用 FHIR 连接不同系统、加速数字化转型和提高数据洞察力的真实案例。
FHIR 正在改变医疗健康数据的访问和交换。
本篇文章会介绍一个简单的示例:如何使用IRIS 2023版自带的EnsLib.SQL.Service.GenericService 和EnsLib.SQL.Operation.GenericOperation将MySQL的数据库读取出来并灌入Oracle数据库,本示例以Windows环境为例。
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系统管理 -> 配置 -> 连接 -> SQL网关连接,连接类型选择‘ODBC’,给一个连接名称,现有的DSN选择在1.1中所有建立的DSN名称,填写连接用户名和密码,然后点击下方‘连接测试’,如果出现‘连接成功’,说明此连接能够正常工作
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系统管理 -> 配置 -> 连接 -> SQL网关连接,连接类型选择‘JDBC’,给一个连接名称,填写连接用户名和密码,填写驱动器名称和要连接的Oracle数据库的URL和本地OJDBC.jar的java类路径,然后点击下方‘连接测试’,如果出现‘连接成功’,说明此连接能够正常工作
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添加EnsLib.SQL.Service.
医院目前即将使用iris2023.1;里面包含了%External.Messaging.KafkaClient 类,需要设置kafka的链接,发送kafka消息,然后断开链接,能否跟springboot 一样;自动配置,kafka的链接交给iris来管理,保持长链接,不要断开;直接使用%External.Messaging.KafkaClient 发送消息;
InterSystems IRIS、Health Connect和上一代的Ensemble提供了优秀的互操作架构,但即便有低代码开发能力,很多开发者还是希望能用自己的技术栈语言在InterSystems的产品上开发互操作产品。
考虑到互操作产品本身的开放性要求和各个技术栈背后庞大的生态价值,InterSystems IRIS和Health Connect提供了Production EXtension (PEX)架构,让开发者使用自己的技术栈语言来开发互操作解决方案。目前PEX支持Java、.net、Python。
这里我们介绍使用Java利用PEX进行互操作产品的开发。
在进入PEX主题前,需要简单介绍一下Java在InterSystems IRIS上开发的各种技术选项,因为PEX也是以这些技术选项为基础的。
如果系统24小时没有停止,旧的日志文件将根据“日志文件删除设置”在0:30删除。
导致日志文件保留的时间早于“日志文件删除设置”的一个可能原因是存在仍处于开放状态的事务。
在这种情况下,您将能够通过搜索执行事务的进程并完成事务来删除日志文件。
下面的示例检查是否存在未完成的事务,如果存在,则输出目标文件名和日志记录信息。
(示例可以从这里下载
*注意*如果要检查的日志文件较大或日志文件较多,则执行需要时间,因此请联系我们的支持中心。
Class ISJ.JournalUtility { ClassMethod GetOpenTransaction() As %Status { set status= $$$OK #dim ex As %Exception.AbstractException #dim rset As %ResultSet try { //current journal file write !, "Current journal file name:" , ##class ( %SYS.Journal.System ).GetCurrentFileName(),!要实现同义词表,请将该表定义为扩展 iFind.Synonym 抽象类的持久类。
此类定义了两个属性:FromTerm 和 ToTerm。一对 FromTerm 和 ToTerm 属性将 ToTerm 定义为 FromTerm 的同义词。如果查询包含 FromTerm,SQL 搜索将使用 ToTerm 来扩展查询。
该查询使用此类的 GetMatch() 方法根据查询词在同义词表中搜索同义词。
在查询执行期间,SQL 搜索会检查单个单词单元或位置搜索短语是否存在任何同义词。例如,在同义词表中定义了两个同义词对(“persons”、“people”)和(“walk”、“run”)。对短语“persons walk”执行 SQL 搜索查询。如果同义词表与查询关联,则 SQL 搜索不仅返回与原始查询匹配的文档,还返回与以下任一查询匹配的文档:“people run”、“people walk”和“people run”。
但是,如果 search_items 字符串为 '"persons walk"',则不会发生查询扩展,因为 SQL 搜索不会扩展位置短语搜索中的任何单词。位置短语本身是查询扩展的最小单位。
作为针对数据导入处理性能和错误(锁定表已满)的衡量标准,可能需要调整常规内存堆 (gmheap) 和锁定表大小 (locksiz) 参数。
事实上,您可以使用终端和管理门户来检查当前分配了多少通用内存堆。
★终端用
// 一般メモリヒープサマリUSER> w $system .Config.SharedMemoryHeap.GetUsageSummary() 4992226 , 6029312 , 59441152通用内存堆摘要以使用量、分配量和配置量(字节)的形式显示返回值。
使用量是分配的锁表、进程表等实际使用的量。
分配量是gmheap区域中锁表、进程表等分配的量。
配置量为gmheap(KB)+IRIS系统附加区,即当前最大可用量(实际通用内存堆区值)。
如上所述,配置数量与配置参数 gmheap 的独立值不匹配。
这是因为IRIS自动将内部使用的内存区域添加到配置参数gmheap中来配置通用内存堆区域。详情请参阅下面的文档。
您可以使用以下命令获取锁表的使用情况:
返回值显示为可用量、用户可用量和已用量(字节)。详情请参阅这篇文章。
%SYS > w ##class (SYS. Lock ).GetLockSpaceInfo() 16772624 , 16764624 , 4592
★用于管理门户
您可以从“系统操作”>“系统使用情况”>“共享内存堆使用状态”进行检查。
Hi 开发者们,
我们非常高兴地邀请大家参加新的 InterSystems 在线编程竞赛,此次编程大赛关注于“FHIR与数字医疗互操作性”这个主题。
🏆 InterSystems编程大赛:FHIR 与数字医疗互操作性🏆
时间: 2024年1月15日至2月5日(美国东部时间)
奖金池: 14,000 美元
本文汇聚了InterSystems IRIS医疗版互联互通套件产品用例视频,共19个视频,欢迎收藏、观看!您也可以通过B站视频合集观看全部内容。
Gartner魔力象限是业内知名的分析报告,针对特定市场进行严谨、基于事实的研究后发布的魔力象限报告,可为用户提供全面视图,以便其了解在高速增长、差异化明显的市场中供应商的相对位置。在魔力象限中,供应商被定位在四个象限中:领导者(Leader)、挑战者(Challenger)、远见者(Visionary)和利基玩家(Niche Player)。
2023年年底,在 Gartner 2023年最新发布的“云数据库管理系统(Cloud DBMS)魔力象限”中,InterSystems再次荣膺“挑战者”(Challenger)称号,这是InterSystems第三次入围这一报告并得到认可(2022年“远见者”,2021年“挑战者”)。
Gartner此次评估面向包括InterSystems在内的19家云数据库管理系统供应商进行。我们相信,Gartner魔力象限“挑战者”这一定位,证明了InterSystems有能力挑战现状、推动创新,为市场提供独特的解决方案。
InterSystems IRIS数据平台提供的结缔组织(connective tissue)可将不同来源的分散数据转换为单一、完整的视图,从而在医疗保健、金融服务和供应链等关键市场中为具有关键数据需求的客户提供更好的结果。
Callout 库是一个共享库(DLL 或 SO 文件),其中包含 $ZF Callout 接口的挂钩,允许各种 $ZF 函数在运行时加载它并调用其函数。 $ZF Callout 接口提供了四种不同的接口,可用于在运行时加载 Callout 库并从该库调用函数。这些接口的主要区别在于如何识别库并将其加载到内存中:
$ZF() 访问 iriszf 标注库描述了如何使用名为 iriszf 的特殊共享库。当该库可用时,可以通过 $ZF("funcname",args) 形式的调用来访问其函数,而无需事先加载该库或指定库名称。$ZF(-3) 进行简单库函数调用描述了如何通过指定库文件路径和函数名来加载库并调用函数。它使用简单,但虚拟内存中一次只能有一个库。与其他接口不同,它在调用库函数之前不需要任何初始化。$ZF(-5) 通过系统 ID 访问库描述了一种可用于一次有效维护和访问多个库的接口。可以同时加载和使用多个库,每个库所需的处理开销比 $ZF(-3) 少得多。内存中的库由加载库时生成的系统定义的 ID 来标识。$ZF(-6) 按用户索引访问库描述了处理大量标注库的最有效接口。该接口通过Global定义的索引表提供对库的访问。该索引可供 IRIS 实例中的所有进程使用,并且多个库可以同时位于内存中。UNIX 信号处理错误在 UNIX 及相关操作系统下运行时,如果进程收到信号,某些系统调用可能会失败,最常见的是打开、读取、写入、关闭、ioctl 和暂停。如果函数使用任何这些系统调用,代码必须能够区分真正的错误、Ctrl-C 和应重新启动的调用。
以下函数允许检查异步事件并在 $ZF 中设置新的警报处理程序。函数声明包含在 iris-cdzf.h 中:
sigrtclr()int sigrtclr(); — 清除重试标志。应在使用 sigrtchk() 之前调用一次。
dzfalarm()int dzfalarm(); — 建立新的 `SIGALRM 处理程序。
进入 $ZF 时,会自动保存先前的处理程序。退出时会自动恢复。用户程序不应改变任何其他信号的处理。
sigrtchk()int sigrtchk(); — 检查异步事件。每当以下系统调用之一失败时就应该调用:open、close、read、write、ioctl、pause 或进程收到信号时失败的任何调用。它返回一个代码,指示用户应采取的操作:
-1 — 不是信号。检查 I/O 错误。查看 errno 变量的内容。0 — 其他信号。从中断点重新开始操作。1 — SIGINT/SIGTERMJ 链接类型传递标准计数字符串iris-callin.h 头文件定义了计数字符串结构 IRIS_EXSTR,表示标准 IRIS 字符串。
我们继续推出有关可供 HealthShare HealthConnect 和 InterSystems IRIS 用户使用的 FHIR 适配器工具的系列文章。
在前几篇文章中,我们介绍了小型应用程序,并在此基础上建立了我们的工作,并展示了安装 FHIR 适配器后在 IRIS 实例中部署的架构。在今天的文章中,我们将看到一个示例,说明如何执行最常见的 CRUD(创建 - 读取 - 更新 - 删除)操作之一,即读取操作,我们将通过恢复资源来完成此操作。
FHIR 中的一个资源对应一种相关的临床信息,这种信息可以是病人(Patient)、对实验室的请求(ServiceRequest)或诊断(Condition)等。每种资源都定义了组成它的数据类型,以及对数据的限制和与其他类型资源的关系。每个资源都允许对其包含的信息进行扩展,从而满足 FHIR 80% 以外的需求(满足 80% 以上用户的需求)。
在本文的示例中,我们将使用最常见的资源 "Patient"。
在医疗行业中,处方是个非常重要的临床工作数据概念。因此,在考察用FHIR能如何构造我国所需医疗行业数据模型时,就会需要考虑如何用FHIR表达处方。
在2019年,FHIR的工作组已否认需要使用特定的资源来表达处方(不是药嘱)这个概念,见:
https://jira.hl7.org/browse/FHIR-24905

奇妙的是,IHE规范中却明确有处方(Prescription)的定义并需要引用药嘱(Medication Treatment Plan Item)。
https://www.ihe.net/uploadedFiles/Documents/Pharmacy/IHE_Pharmacy_Suppl_PRE.pdf?#page=12
FHIR官网指出这种复合式的request有三种表达方式:
• Shared requisition id
• "Based on" chain
• RequestOrchestration
https://build.fhir.org/request.html#compound
在FHIR实际应用中,则可以见到多种形态使用容器类资源表达处方并包含药嘱的表达形式,例如:
Callout library 库是一个共享库,其中包含自定义Callout函数和允许 IRIS使用它们的启用代码。本章描述如何创建Callout库并在运行时访问它。
Callout library 简介-描述如何创建和访问Callout library 。ZFEntry链接选项 - 提供了决定如何传递函数参数的链接选项的详细描述。Callout库。Callout Library运行和运行函数-描述两个可选函数,可将其设置为在加载或卸载标注库时自动运行。注:共享库和标注库的术语,共享库shared library是指动态链接的文件(Windows上的DLL文件或UNIX及相关操作系统上的SO文件)。Callout library是一个共享库,它包含到$ZF Callout接口的钩子,允许各种$ZF函数在运行时加载和访问它。
Callout库简介从ObjectScript代码访问Callout库有几种不同的方法,但一般原则是指定库名、函数名和任何必需的参数(请参阅“调用Callout库函数”)。例如,下面的代码调用一个简单的Callout库函数:
从Callout库simplecallout.