文章
· 四月 13, 2022 阅读大约需 7 分钟
用Globals 作为图数据库来存储和抽取图结构数据

image

这篇文章是对我的  iris-globals-graphDB 应用的介绍。
在这篇文章中,我将演示如何在Python Flask Web 框架和PYVIS交互式网络可视化库的帮助下,将图形数据保存和抽取到InterSystems Globals中。

建议

 

第一步 : 通过使用Python 原生SDK建立与IRIS Globals的链接

 #create and establish connection
  if not self.iris_connection:
         self.iris_connection = irisnative.createConnection("localhost", 1972, "USER", "superuser", "SYS")
                                     
  # Create an iris object
  self.iris_native = irisnative.createIris(self.iris_connection)
  return self.iris_native

 

第二步 : 使用 iris_native.set( ) 功能把数据保存到Globals 里     

#import nodes data from csv file
isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1nodes")
if isdefined == 0:
    with open("/opt/irisapp/misc/g1nodes.csv", newline='') as csvfile:

 reader = csv.DictReader(csvfile)
 for row in reader:
    self.iris_native.set(row["name"], "^g1nodes", row["id"])

 #import edges data from csv file
 isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1edges")
 if isdefined == 0:
    with open("/opt/irisapp/misc/g1edges.csv", newline='') as csvfile:
 reader = csv.DictReader(csvfile)
 counter = 0                
 for row in reader:
    counter = counter + 1
    #Save data to globals
    self.iris_native.set(row["source"]+'-'+row["target"], "^g1edges", counter)  

 

第三步: 使用iris_native.get() 功能把节点和边缘数据从Globals传递给PYVIS

 #Get nodes data for basic graph    
  def get_g1nodes(self):
        iris = self.get_iris_native()
        leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1nodes")
        result = []
        # Iterate over all nodes forwards
        for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
            #Get data from globals
            val = iris.get("^g1nodes",level1_subscript)
            element = {"id": level1_subscript, "label": val, "shape":"circle"}
            result.append(element)            
        return result

    #Get edges data for basic graph  
    def get_g1edges(self):
        iris = self.get_iris_native()
        leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1edges")
        result = []
        # Iterate over all nodes forwards
        for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
            #Get data from globals
            val = iris.get("^g1edges",level1_subscript)
            element = {"from": int(val.rpartition('-')[0]), "to": int(val.rpartition('-')[2])}
            result.append(element)            
        return result

 

Step4: Use PYVIS Javascript to generate graph data

<script type="text/javascript">
    // initialize global variables.
    var edges;
    var nodes;
    var network;
    var container;
    var options, data;
  
    // This method is responsible for drawing the graph, returns the drawn network
    function drawGraph() {
        var container = document.getElementById('mynetwork');
        let node = JSON.parse('{{ nodes | tojson }}');
        let edge = JSON.parse('{{ edges | tojson }}');
     
        // parsing and collecting nodes and edges from the python
        nodes = new vis.DataSet(node);
        edges = new vis.DataSet(edge);

        // adding nodes and edges to the graph
        data = {nodes: nodes, edges: edges};

        var options = {
            "configure": {
                "enabled": true,
                "filter": [
                "physics","nodes"
            ]
            },
            "nodes": {
                "color": {
                  "border": "rgba(233,180,56,1)",
                  "background": "rgba(252,175,41,1)",
                  "highlight": {
                    "border": "rgba(38,137,233,1)",
                    "background": "rgba(40,138,255,1)"
                  },
                  "hover": {
                    "border": "rgba(42,127,233,1)",
                    "background": "rgba(42,126,255,1)"
                 }
                },

                "font": {
                  "color": "rgba(255,255,255,1)"
                }
              },
            "edges": {
                "color": {
                    "inherit": true
                },
                "smooth": {
                    "enabled": false,
                    "type": "continuous"
                }
            },
            "interaction": {
                "dragNodes": true,
                "hideEdgesOnDrag": false,
                "hideNodesOnDrag": false,
                "navigationButtons": true,
                "hover": true
            },

            "physics": {
                "barnesHut": {
                    "avoidOverlap": 0,
                    "centralGravity": 0.3,
                    "damping": 0.09,
                    "gravitationalConstant": -80000,
                    "springConstant": 0.001,
                    "springLength": 250
                },

                "enabled": true,
                "stabilization": {
                    "enabled": true,
                    "fit": true,
                    "iterations": 1000,
                    "onlyDynamicEdges": false,
                    "updateInterval": 50
                }
            }
        }
        // if this network requires displaying the configure window,
        // put it in its div
        options.configure["container"] = document.getElementById("config");
        network = new vis.Network(container, data, options);
        return network;
    }
    drawGraph();
</script>

 

第五步: 从app.py 主文件调用上面的代码

#Mian route. (index)
@app.route("/")
def index():
    #Establish connection and import data to globals
    irisglobal = IRISGLOBAL()
    irisglobal.import_g1_nodes_edges()
    irisglobal.import_g2_nodes_edges()

    #getting nodes data from globals
    nodes = irisglobal.get_g1nodes()
    #getting edges data from globals
    edges = irisglobal.get_g1edges()

    #To display graph with configuration
    pyvis = True
    return render_template('index.html', nodes = nodes,edges=edges,pyvis=pyvis)    

下面是关于此项目的 介绍视频:

0 0
0 260
文章
· 五月 9, 2023 阅读大约需 5 分钟
接收从 PACS 到 IRIS for Health 的 DICOM 消息

在上一篇文章中,我们看到了如何捕获位于我们服务器上一个文件夹中的DICOM类型的文件,以及如何将它们发送到PACS软件(在我们的案例中是ORTHANC开源解决方案)进行存储和咨询。那么,在这篇文章中,我们要处理的是相反的动作。

在我们的例子中,我们将配置我们的IRIS for Health Prodcution,以接收从我们的PACS通过TCP/IP发送的图像。要做到这一点,我们必须包括一个标准EnsLib.DICOM.Service.TCP类的业务服务,它将允许我们配置接收端。让我们来看看这个配置:

如您所见,我们已经声明了将监听的端口,通过该端口将接收从 PACS 发送的图像。我们还配置了本地 AET (Application Entity Title,应用实体名称)(IRIS) 和将向我们发送 DICOM (ORTHANC) 的 PACS,请记住这些字段是强制性的,并且将用于检查发送和接收 DICOM 消息的有效性。不要忘记必须从 DICOM 设置菜单配置和关联两个 AET:

1 1
0 259
文章
· 三月 17, 2021 阅读大约需 9 分钟
第十二章 使用嵌入式SQL(一)

第十二章 使用嵌入式SQL(一)

可以将SQL语句嵌入InterSystemsIRIS®数据平台使用的ObjectScript代码中。这些嵌入式SQL语句在运行时转换为优化的可执行代码。

嵌入式SQL有两种:

  • 一个简单的嵌入式SQL查询只能返回单行中的值。简单嵌入式SQL还可以用于单行插入,更新和删除以及其他SQL操作。
  • 基于游标的嵌入式SQL查询可以遍历查询结果集,并从多行中返回值。基于游标的嵌入式SQL也可以用于多行更新和删除SQL操作。

注意:嵌入式SQL不能输入到Terminal命令行,也不能在XECUTE语句中指定。要从命令行执行SQL,请使用$SYSTEM.SQL.Execute()方法或SQL Shell接口。

0 0
0 258

2021年9月13日,中国 北京—— 致力于帮助客户解决最关键的可扩展性、互操作性和速度问题的创新数据技术提供商InterSystems今日宣布在中国推出InterSystems IRIS医疗版互联互通套件,以满足医院信息化建设的标准化要求,促进业务协同,助力公立医院高效建设互联互通平台。

0 1
0 258
文章
· 五月 12, 2021 阅读大约需 15 分钟
InterSystems 数据平台和性能 - 第 4 篇 - 关注内存

本帖将展示为 InterSystems 数据平台上运行的数据库应用调整共享内存需求(包括 global 和例程缓冲区、gmheap 以及 locksize)的方法,以及在配置服务器和虚拟化 Caché 应用程序时应考虑的一些性能提示。 和以往一样,当我谈到 Caché 时,我指的是所有数据平台(Ensemble、HealthShare、iKnow 和 Caché)。


本系列其他帖子的列表


当我最初开始使用 Caché 时,大多数客户的操作系统是 32 位的,Caché 应用程序的内存有限且昂贵。 通常部署的英特尔服务器只有几个核心,唯一的扩展方式是选择大型服务器,或者使用 ECP 横向扩展。 现在,即使是基本的生产级服务器也具有多个处理器、几十个核心,并且最小内存为 128 或 256 GB,可能达到 TB。 对于大多数数据库安装,ECP 已被遗忘,我们现在可以在单台服务器上大幅提高应用事务处理速率。

0 0
1 257
文章
· 三月 6, 2021 阅读大约需 16 分钟
第五章 SQL定义表(一)

第五章 SQL定义表

表名称和架构名称

可以通过定义表(使用CREATE TABLE)或通过定义投影到表的持久类来创建表:

  • DDL:InterSystemsIRIS®数据平台使用CREATE TABLE中指定的表名来生成相应的持久类名,并使用指定的架构名来生成相应的包名。
  • 类定义:InterSystemsIRIS®数据平台使用持久类名称来生成对应的表名,并使用包名称来生成对应的模式名。

由于以下原因,这两个名字之间的对应关系可能不相同:

2 2
0 253

InterSystems非常高兴地宣布,InterSystems IRIS数据平台、InterSystems IRIS for Health和HealthShare Health Connect的2021.1版本现已向我们的客户和合作伙伴全面开放。

这个版本的为开发者提供了更大的自由度,使他们可以用自己选择的编程语言在服务器端和客户端建立快速和强大的应用程序。这个版本还使用户能够通过新的和更快的分析能力更有效地消费大量的信息。

0 0
0 252
文章
· 四月 1, 2021 阅读大约需 7 分钟
第十四章 使用SQL Shell界面(三)

第十四章 使用SQL Shell界面(三)

SQL元数据、查询计划和性能指标

显示元数据

SQL Shell支持MMetadata命令以显示有关当前查询的元数据信息。

对于每个结果集项目,此命令列出以下元数据:列名称(SQL字段名称),键入(ODBC数据类型整数代码),PRE(精度或最大长度),比例(最大分数数字),NULL(BOOLEAN:1 = NULL允许,0 =不允许空值),标签(标题标签,请参阅列别名),表(SQL表名称),架构(架构名称),CTYPE(客户端数据类型,请参阅%SQL.statementColumn ClientType属性)。

SHOW STATEMENT

可以执行查询,然后发出show语句或显示st以显示准备好的SQL语句。默认情况下,必须执行查询。可以避免通过设置executemode =延迟执行查询,从而发出查询,然后发出show语句sql shell命令。

0 0
0 250
文章
· 十二月 22, 2021 阅读大约需 5 分钟
使用内置REST API监控InterSystems IRIS

IRIS 2019.4 预览版中发布了/api/monitor服务,以Prometheus格式展示IRIS指标,但没有正式公布。对于任何想要使用IRIS指标作为其监控和警报解决方案的一部分的人来说,这是一个大新闻。该API是新的IRIS 系统警报和监控(SAM)解决方案的一个组成部分,将在IRIS的一个即将到来的版本中发布。

然而,你不必等待SAM开始规划和试用这个API来监控你的IRIS实例。在未来的文章中,我将深入挖掘可用的指标和它们的含义,并提供交互式仪表盘的例子。但首先,让我从一些背景和一些问题和答案开始。

0 0
0 248
文章
· 一月 19, 2023 阅读大约需 6 分钟
介绍使用嵌入式 Python 进行 Web 抓取

什么是网页抓取:

简单来说,网络抓取网络收获网络数据提取是从网站收集大数据(非结构化)的自动化过程。用户可以根据需要提取特定站点上的所有数据或特定数据。收集的数据可以以结构化格式存储以供进一步分析。

什么是网页抓取? — 詹姆斯·勒

网页抓取涉及的步骤:

  1. 找到您要抓取的网页的 URL
  2. 通过检查选择特定元素
  3. 编写代码获取被选元素的内容
  4. 以需要的格式存储数据

就这么简单!

0 0
0 248
文章
· 一月 5, 2021 阅读大约需 4 分钟
增强型日志监视器

各位开发者们大家好!

此前,我向各位介绍了一个非常好用的运行分析监控面板,它能使消息处理过程中的关键指标可视化,例如入站/出站消息的数量和平均处理时间等。

现在,我想用一项许多人已熟悉的工作流程,来展示一个增强型日志监视器——将警告信息作为Production中的消息来处理。我们可以通过创建路由规则来实现对告警消息的过滤和路由,并运用预先构建的组件(例如电子邮件适配器等)来发送粒度级别的通知。

如你所知,监视和管理警告信息是确保任何应用程序平稳运行的关键。对诸如HealthShare和IRIS医疗版这样支撑医疗系统运转的一级应用程序和集成引擎来说对告警信息的处理更显得尤为重要。

1 0
0 244
文章
· 六月 5, 2021 阅读大约需 5 分钟
第七章 Caché JSON %JSON快速参考

第七章 Caché JSON %JSON快速参考

%JSON快速参考

本节提供本章中讨论的%JSON方法、属性和参数的快速参考。

%JSON.Adaptor方法

这些方法提供了从JSON序列化和序列化到JSON的能力。

%JSONExport()

%JSON.Adaptor.%JSONExport()将启用JSON的类序列化为JSON文档,并将其写入当前设备。

0 0
0 243
文章
· 三月 27, 2021 阅读大约需 11 分钟
第十三章 使用动态SQL(五)

第十三章 使用动态SQL(五)

从结果集中返回特定的值

要从查询结果集中返回特定的值,必须一次一行遍历结果集。
要遍历结果集,请使用%Next()实例方法。
(对于单一值,结果对象中没有行,因此%Next()返回0,而不是错误。)
然后,可以使用%Print()方法显示整个当前行的结果,或者检索当前行的指定列的值。

%Next()方法获取查询结果中下一行的数据,并将该数据放入结果集对象的data属性中。
%Next()返回1,表示它位于查询结果中的某一行上。
%Next()返回0,表示它位于最后一行(结果集的末尾)之后。
每次调用%Next()返回1个增量%ROWCOUNT;
如果游标定位在最后一行之后(%Next()返回0),%ROWCOUNT表示结果集中的行数。

0 1
0 242
文章
· 五月 2, 2021 阅读大约需 5 分钟
第一章 简介global

第一章 简介global

InterSystems IRIS®的核心功能之一是其多维存储引擎。此功能允许应用程序以紧凑、高效的多维稀疏数组存储数据。这些数组称为全局数组。

本章介绍:
- 什么是全局变量(globals ),以及可以对其执行的操作。
- 全局变量的逻辑和物理结构,包括在分布式数据库体系结构中使用全局变量。
- 如何使用全局变量在应用程序中存储和检索数据。
- 如何使用全局变量。

特点

全局变量提供了一种在持久的多维数组中存储数据的易于使用的方法。

例如,可以使用名为^Settings的全局变量将值“Red”与键“Color”相关联:

SET ^Settings("Color")="Red"

可以利用全局变量的多维特性来定义更复杂的结构:

0 0
0 242
文章
· 七月 7, 2023 阅读大约需 2 分钟
FAQ常见问题系列 - Production基础问题
  1. 主机和备机为什么总是切换,会不会是与仲裁机连接的心跳检测出问题了
    • 查看镜像状态 打开管理门户 - ‘系统操作’ - ‘镜像监视器’
    • 如遇到主备切换,可以通过消息日志查看切换原因 打开管理门户 - ‘系统操作’ - ‘系统日志’ - ‘消息日志’
  2. 基础问题怎么查询
    • 通过管理门户查看日志 打开管理门户 - ‘系统操作’ - ‘系统日志’ - ‘消息日志’
    • 通过监控告警日志 告警日志文件:<intall-dir>/mgr/alerts.log文件
1 0
0 241
文章
· 三月 26, 2021 阅读大约需 6 分钟
第十三章 使用动态SQL(四)

第十三章 使用动态SQL(四)

返回完整结果集

使用%Execute()%ExecDirect()执行语句将返回一个实现%SQL.StatementResult接口的对象。该对象可以是单一值,结果集或从CALL语句返回的上下文对象。

%Display()方法

可以通过调用%SQL.StatementResult类的%Display()实例方法来显示整个结果集(结果对象的内容),如以下示例所示:

  DO rset.%Display()

请注意,%Display()方法不会返回%Status值。

显示查询结果集时,%Display()通过显示行数来结束:“受影响的5行”。 (这是%Display()遍历结果集之后的%ROWCOUNT值。)请注意,%Display()不会在此行计数语句之后发出行返回。

0 0
0 241
文章
· 五月 20, 2021 阅读大约需 7 分钟
互操作消息统一管理系列:SearchTable加速检索

在上一篇文章《互操作消息统一管理系列:Message Bank》中,我们了解到在Message Bank中,消息均以半结构化(XML)或非结构化(Stream)的形式保存,因此无法与客户端的结构化消息一样,直接支持基于索引的检索。为此,需要在Message Bank中定义Search Table以支持查询。关于Search Table的定义和作用,请查阅https://docs.intersystems.com/healthconnectlatest/csp/docbook/DocBook.UI...

1 0
0 241
文章
· 十一月 2, 2021 阅读大约需 7 分钟
IRIS 2021 技术文档 First Look 13 - InterSystems IRIS Native API for Java

本文档解释了如何使用 InterSystems IRIS Native 功能从 Java 应用程序中访问 InterSystems IRIS®数据平台的 globals。在本文中,您将首先连接到 InterSystems IRIS。然后您将在 InterSystems IRIS 中设置和检索一个 global 节点的值,并在另一个 global 节点上进行迭代。您还将调用 InterSystems IRIS 类方法。所有这些活动都将在 Java 应用程序中执行。
为了让您体验 IRIS Native,而又不陷入细节困境,本次探索特意设计得很简单。这些活动被设计成只使用默认设置和功能,这样您就可以熟悉功能的基本原理,而不必处理那些离题或过于复杂的细节。当您把 IRIS Native 引入您的生产系统时,您可能需要做一些不同的事情。请确保不要把这种对 IRIS Native 的探索与真实的情况相混淆! 本文档末尾提供的参考资料将使您对在生产中使用 IRIS Native 的情况有一个很好的了解。
要浏览所有的技术概要(First Look),包括可以在 InterSystems IRIS 免费的评估实例上执行的那些,请参见 InterSystems First Looks(《InterSystems 技术概要》)。

0 0
0 240
文章
· 十二月 30, 2021 阅读大约需 7 分钟
用API描述文件创建REST服务

可以使用内嵌REST API用描述文件生成REST服务

请求消息如下:

POST: http://[YourServer]/api/mgmnt/v2/INTEROP/cmAPI

Body: API 描述文件,例如下面的Json文件

Basic Authorization Username: 用户名

Basic Authorization Password: 密码

Content-Type Header: application/json

1 0
0 240

在InterSystems IRIS数据平台管理门户中,有一些工具用于导入和导出数据。这些工具使用动态SQL,这意味着查询是在运行时准备和执行的。可以导入或导出的行的最大尺寸是3,641,144个字符。

你也可以使用%SQL.Import.Mgr类或LOAD DATA SQL命令导入数据,并使用%SQL.Export.Mgr类导出数据。

从文本文件中导入数据(.csv 和.txt)

你可以从一个文本文件中导入数据到一个合适的InterSystems IRIS类。当你这样做时,系统会在该类的表中创建并保存新的行。该类必须已经存在并且必须被编译。

步骤如下:

0 0
0 240
文章
· 十月 26, 2022 阅读大约需 3 分钟
运行池大小配置的解读

“池大小”(PoolSize)设置的值决定了一个组件的作业的量和启动方式。在这篇文章中我们将具体讨论对于不同类型的组件来说“池大小”设置的可能值和这些值所代表的含义。

Pool Size = 1

对于所有的组件来说,运行池大小为1的含义都是一样的: 该组件有且只有一个作业,单独运行该组件的代码,顺序处理发送到该组件的消息(FIFO)。

Pool Size > 1

对于业务进程(BP)和业务操作(BO)来说,当运行池大小大于1时,该组件将运行多个作业(作业数=运行池大小设置数)。每个作业都只运行该组件的代码,但消息处理的顺序将被打乱。将运行池的大小设为大于1的值可以在一定程度上提升组件处理消息的性能,但是每个作业的性能还是受限于系统资源的,所以并不是说组件的性能可以随着运行池的大小增加而无限提升。

对于轮询类业务服务(Polling BS)来说,当运行池大小大于1时,该服务也将运行多个作业(作业数=运行池大小设置数)。但这种配置会导致多个进程对轮询结果产生竞争(race condition),所以一般情况下轮询服务不应将运行池大小设为大于1的数值。

1 1
0 239
文章
· 十月 9, 2023 阅读大约需 4 分钟
FHIR与微服务架构

市场上有太多的技术体系和应用开发架构,C/S、三层架构、面向服务架构… 以三层架构为例,展现层可能是网页或Java/.net客户端、应用层可能是java、.net、Python,数据层可能是SQL、NoSQL、NewSQL。但大多建立的是单体架构应用 – 为特定业务目标从底层数据模型到业务逻辑再到用户界面的一体化设计,也就是孤岛型应用。

单体架构应用最大问题是没有哪一部分是以复用为主要目的设计和建设的,而且和其开发技术体系绑定:

2 0
0 239

InterSystems IRIS,IRIS for Health和IRIS Studio的2020.4版本现已正式发布。

InterSystems IRIS Data Platform 2020.4使开发、部署和管理增强型应用和业务流程变得更加容易,从而弥合了数据和应用孤岛。它具有许多新功能,包括

增强了应用程序和接口开发人员的能力,包括:

  • 支持Java SE 11 LTS,在使用Oracle OpenJDK和AdoptOpenJDK时均可支持
  • 支持JDBC的连接池
  • 分段式虚拟文档路由规则中新的 "foreach "组件

增强了数据库和系统管理员的能力,包括:

1 0
0 238
文章
· 三月 9, 2021 阅读大约需 11 分钟
第六章 SQL定义和使用视图

第六章 SQL定义和使用视图

视图是一种虚拟表,由执行时通过SELECT语句或几个SELECT语句的UNION从一个或多个物理表中检索到的数据组成。 SELECT可以通过指定表或其他视图的任意组合来访问数据。因此,存储了视图的视图提供了物理表的所有灵活性和安全性特权。

InterSystemsIRIS®数据平台上的InterSystems SQL支持在视图上定义和执行查询的功能。

注意:不能对以只读方式安装的数据库中存储的数据创建视图。
无法在通过ODBC或JDBC网关连接链接的Informix表中存储的数据上创建视图。这是因为InterSystems IRIS查询转换对这种类型的查询使用FROM子句中的子查询。 Informix不支持FROM子句子查询。

# 创建一个视图

可以通过几种方式定义视图:

0 0
0 237