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· 十一月 6 阅读大约需 6 分钟
FHIR 环境设置指南

我很清楚对于那些完全不熟悉 VS Code、Git、Docker、FHIR 和其他工具的人来说,设置环境时会遇到一些困难。 所以我决定写这篇文章,详细介绍整个设置过程,以便大家能够轻松上手。

如果您能在本文最后留下评论,告诉我说明是否清楚,是否有遗漏,或者是否有其他您觉得有用的东西,我将不胜感激。

设置包括:

✅ VS Code – 代码编辑器
✅ Git – 版本控制系统
✅ Docker – 运行 IRIS for Health Community 的实例
✅ VS Code REST 客户端扩展程序 – 用于运行 FHIR API 查询
✅ Python – 用于编写基于 FHIR 的脚本
✅ Jupyter Notebook – 用于 AI 和 FHIR 任务

准备工作:确保您在系统上拥有管理员权限

除了阅读本指南,您还可以按照视频中的步骤操作:

如果您是 Windows 系统(请注意:原文是YouTube视频,请跳转至EN原帖查看)

https://www.youtube.com/embed/IyvuHbxCwCY
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目录

  1. 本文目的
  2. 什么是容器,它们为什么对 IRIS 有意义
     2.1 容器和镜像简介
     2.2 为什么容器对开发者很有用
     2.3 为什么 IRIS 可以很好地与 Docker 配合使用
  3. 先决条件
  4. 安装 InterSystems IRIS 镜像
     4.1 使用 Docker Hub
     4.2 拉取镜像
  5. 运行 InterSystems IRIS 镜像
     5.1 启动 IRIS 容器
     5.2 检查容器状态
     5.3 在容器终端执行代码
     5.4 访问 IRIS 管理门户
     5.5 将容器连接到 VS Code
     5.6 停止或移除容器
     5.7 使用绑定挂载设置特定密码
     5.8 使用持久化 %SYS 卷
      5.8.1 可以使用持久化 %SYS 存储什么
      5.8.2 如何启用持久化 %SYS
  6. 使用 Docker Compose
     6.1 Docker Compose 示例
     6.2 运行 Docker Compose
  7. 使用 Dockerfile 运行自定义源代码
     7.1 Dockerfile 示例
     7.2 Docker Compose 示例
     7.3 了解层、镜像标记和构建与 运行时
     7.4 源代码和初始化脚本
     7.5 使用 Dockerfile 构建镜像
     7.6 在容器化 IRIS 终端中运行指令
  8. 结语和未来计划

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· 九月 23 阅读大约需 2 分钟
如何获取 InterSystems IRIS 社区版

大家好! 我最近才加入 InterSystems,但发现尽管我们推出了完全免费且出色的社区版,但大家并不是十分清楚如何获取。 因此我决定编写一份指南,详细介绍获取 InterSystems IRIS 社区版的所有不同方式:

以容器形式获取 InterSystems IRIS 社区版

对于刚刚接触 InterSystems IRIS 开发的伙伴,推荐使用社区版的容器化实例,在我看来,这是最简单直接的方式。 InterSystems IRIS 社区版可以在 DockerHub 上获取;如果您有 InterSystems SSO 帐户,还可以在 InterSystems 容器注册表中获取。

在这两种情况下,您都需要使用 docker CLI 拉取所需镜像:

docker pull intersystems/iris-community:latest-em
// or
docker pull containers.intersystems.com/intersystems/iris-community:latest-em

接下来,您需要启动容器:要从容器外部与 IRIS 进行交互(例如使用管理门户),您需要发布一些端口。 以下命令将运行 IRIS 社区版容器,并发布超级服务器和 Web 服务器端口;请注意,此时不能运行其他依赖 1972 或 52773 端口的程序!

docker run --name iris -d --publish 1972:1972 --publish 52773:52773 intersystems/iris-community:latest-em

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· 七月 18 阅读大约需 2 分钟
Fhir-丙型肝炎预测应用

大家好!

本文主要丰富了上一篇文章的内容,并介绍了应用程序的使用方法。

也许您已经读过上一篇文章,但我还是想说,
在完成初始化操作(包括模型创建和训练)后,Fhir HepatitisC Predict 应用程序将预测丙型肝炎(HepatitisC)。

首先

您需要在应用程序上输入一些信息,当然,只是一些检查结果,不包括隐私数据

SHOW显示

点击显示按钮,将显示该指标的数据是否在正常范围内,指标是高还是低。当然,每个指标的数据范围都是通过查询信息获得的,可能与实际范围略有不同。

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在这一系列文章中,我想向大家介绍并探讨使用 InterSystems 技术和 GitLab 进行软件开发可以采用的几种方式。 我将介绍以下主题:

  • Git 101
  • 流程(开发流程)
  • GitLab 安装
  • GitLab 工作流
  • 持续交付
  • GitLab 安装和配置
  • GitLab CI/CD
  • 为何使用容器?
  • 容器基础架构
  • 使用容器的 GitLab CI/CD

第一篇文章中,我们介绍了 Git 基础知识,以及为什么对 Git 概念的高层次理解对于现代软件开发如此重要,以及如何使用 Git 开发软件。

第二篇文章中,我们介绍了 GitLab 工作流 – 一个完整的软件生命周期流程和持续交付。

第三篇文章中,我们介绍了 GitLab 的安装和配置以及如何将环境连接到 GitLab。

第四篇文章中,我们编写了 CD 配置。

第五篇文章中,我们讨论了容器与如何(以及为什么)使用它们。

在本文中,我们将探讨运行使用容器的持续交付管道所需的主要组件,以及它们如何协同工作。

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在这一系列文章中,我想向大家介绍并探讨使用 InterSystems 技术和 GitLab 进行软件开发可以采用的几种方式。 我将介绍以下主题:

  • Git 101
  • Git 流程(开发流程)
  • GitLab 安装
  • GitLab 工作流
  • 持续交付
  • GitLab 安装和配置
  • GitLab CI/CD
  • 为何使用容器
  • 使用容器的 GitLab CI/CD

第一篇文章中,我们介绍了 Git 基础知识、深度理解 Git 概念对现代软件开发至关重要的原因,以及如何使用 Git 开发软件。

第二篇文章中,我们介绍了 GitLab 工作流 – 一个完整的软件生命周期流程,并介绍了持续交付。

第三篇文章中,我们介绍了 GitLab 安装和配置以及将环境连接到 GitLab

第四篇文章中,我们编写了 CD 配置。

在这篇文章中,我们将介绍容器以及使用容器的方法(和原因)。

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在这一系列文章中,我想向大家介绍并探讨使用 InterSystems 技术和 GitLab 进行软件开发可以采用的几种方式。 我将介绍以下主题:

  • Git 101
  • Git 流程(开发流程)
  • GitLab 安装
  • GitLab 工作流
  • 持续交付
  • GitLab 安装和配置
  • GitLab CI/CD

上一篇文章中,我们介绍了 Git 基础知识、深度理解 Git 概念对现代软件开发至关重要的原因,以及如何使用 Git 开发软件。 我们的侧重点仍是软件开发的实现部分,但本部分会介绍:

  • GitLab 工作流 - 从想法到用户反馈的完整软件生命周期流程
  • 持续交付 – 软件工程方式,团队通过这种方式在短周期内制作软件,从而确保软件可以随时实现可靠发布。 它的目的是更快速、更频繁地构建、测试和发布软件。

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大家都搭建了测试环境。

有些人很幸运,可以在完全独立的环境中运行生产。

-- 佚名

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在这一系列文章中,我想向大家介绍并探讨使用 InterSystems 技术和 GitLab 进行软件开发可以采用的几种方式。 我将介绍以下主题:

  • Git 101
  • Git 流程(开发流程)
  • GitLab 安装
  • GitLab 工作流
  • GitLab CI/CD
  • 包含容器的 CI/CD

第一部分将介绍现代软件开发的基础 – Git 版本控制系统和各种 Git 流程。

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· 三月 21, 2024 阅读大约需 2 分钟
IRIS 向量搜索

这是在 IRIS 中完全运行向量搜索演示的尝试。
没有外部工具,您需要的只是终端/控制台和管理门户。
特别感谢Alvin Ryanputra作为他的软件包iris-vector-search的基础
灵感和测试数据的来源。
我的软件包基于 IRIS 2024.1 版本,需要注意您的处理器功能。

我尝试用纯 ObjectScript 编写演示。
仅描述向量的计算是在嵌入式Python中完成的

计算 2247 个记录的 384 维向量需要时间。
在我的 Docker 容器中,它正在运行 01:53:14 来完全生成它们。

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· 三月 14, 2024 阅读大约需 3 分钟
Fhir-肝炎预测

使用 FHIR SQL BUILDER 处理 FHIR 资源以预测患丙型肝炎疾病的概率

随着科技的发展,医疗行业也在不断的进步,人类也往往更加关注自身的健康,
通过计算机学习和处理数据集,可以预测疾病。

前提条件:使用 FHIR 和 ML的能力
首先,我们的数据集从kaggle获得,并根据患者性别、年龄、ALP或ALT转化为FHIR资源,并导入到FHIR资源库中

要导入FHIR资源库,我们可以使用以下命令:

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· 二月 18, 2024 阅读大约需 11 分钟
向量搜索和 RAG(检索增强生成)模型

1. IRIS RAG Demo

IRIS RAG Demo

这是 IRIS 与 RAG(检索增强生成)示例的一个简单演示。
后端是使用 IRIS 和 IoP用 Python 编写的,LLM 模型是 orca-mini 并由 ollama 服务器提供。
前端是用 Streamlit 编写的聊天机器人。

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· 九月 18, 2023 阅读大约需 6 分钟
开发者作品展示--几乎实现的向量支持

如今,关于大语言模型、人工智能等的消息不绝于耳。向量数据库是其中的一部分,并且已经有非IRIS的技术实现了向量数据库。

为什么是向量?

  • 相似性搜索:向量可以进行高效的相似性搜索,例如在数据集中查找最相似的项目或文档。传统的关系数据库是为精确匹配搜索而设计的,不适合图像或文本相似性搜索等任务。
  • 灵活性:向量表示形式用途广泛,可以从各种数据类型派生,例如文本(通过 Word2Vec、BERT 等嵌入)、图像(通过深度学习模型)等。
  • 跨模态搜索:向量可以跨不同数据模态进行搜索。例如,给定图像的向量表示,人们可以在多模式数据库中搜索相似的图像或相关文本。

还有许多其他原因。

因此,对于这次 pyhon 竞赛,我决定尝试实现这种支持。不幸的是我没能及时完成它,下面我将解释原因。

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· 九月 14, 2023 阅读大约需 2 分钟
容器中的 InterSystems IRIS

InterSystems 还发布了容器化部署的IRIS。这篇文章旨在演示 InterSystems IRIS 和依赖 IRIS 后端的应用程序如何打包到镜像中并在容器中的其他计算机中运行,以及这样做有多么简单。

容器运行包含所有必需的可执行文件、二进制代码、库和配置文件的镜像。镜像可以从一台机器移动到另一台机器,像 Docker Hub 这样的镜像存储库可以简化这个过程。

我在本演示中使用了 Open Exchange 的应用程序。

演示视频: https://www.loom.com/share/93f9a760b5f54c0a8811b7a212387b9d

IRIS 数据平台社区版的镜像(image)可以在 InterSystems 容器注册表中找到:

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您好!社区的各位老师,

在我的上一篇文章中,我们学习了以下主题:

  1. 什么是 Docker?
  2. Docker 的一些好处
  3. Docker 是如何工作的?
  4. Docker 镜像
  5. Docker容器
  6. Docker 镜像存储库
  7. InterSystems 的 Docker 镜像存储库
  8. Docker安装
  9. Docker 基本命令
  10. 使用 Docker 运行 IRIS 社区版
  11. Docker 桌面图形用户界面

在本文中,我们将讨论以下主题:

  1. 使用 Docker Compose 文件( YAML 文件)
  2. Docker 文件的使用(用于构建 Docker 镜像)
  3. Docker 卷的使用

那么让我们开始吧。

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· 七月 12, 2023 阅读大约需 4 分钟
当 GPT 与 FHIR 碰撞出火花:利用Open API 的规范力量

FHIR 通过提供标准化数据模型来构建医疗保健应用程序并促进不同医疗保健系统之间的数据交换,彻底改变了医疗保健行业。由于 FHIR 标准基于现代 API 驱动的方法,因此移动和 Web 开发人员更容易使用它。然而,与 FHIR API 交互仍然具有挑战性,尤其是在使用自然语言查询数据时。

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· 八月 19, 2022 阅读大约需 2 分钟
IRIS 医疗版docker 容器初体验

我很高兴与大家分享我第一次使用docker容器版本的IRIS for Health的经验,以探索你对使用或试用的兴趣,利用docker容器的优势,它是轻量级的,易于部署。本文将通过使用Renan Lourenco编写的名为ENSDEMO的GitHub仓库的实施步骤。

设置IRIS for Health社区版docker容器环境的步骤:

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· 八月 9, 2022 阅读大约需 23 分钟
社区文章汇总--跟着社区学习InterSystems 技术

在这篇文章中,你可以访问InterSystems开发者社区中与学习InterSystems IRIS最相关主题的文章库。找到按机器学习、嵌入式Python、JSON、API和REST应用、管理和配置InterSystems环境、Docker和云、VSCode、SQL、分析/BI、全局、安全、DevOps、互操作性、Native API排列的顶级发表的文章。快来享受学习的乐趣吧!

机器学习

机器学习是建立先进的数据分析和自动化人工活动的一种必要的技术,具有很好的效率。它可以创建认知模型,从现有的数据中学习,并根据其自我调整的算法进行预测、概率计算、分类、识别和 "非创造性 "的人类活动的自动化。

在所有情况下,InterSystems IRIS作为一个数据平台和环境来创建、执行、提供和使用这些机器学习模型。IRIS能够从SQL命令(IntegratedML)中使用ML,使用嵌入式Python和PMML(预测模型标记语言)来执行ML。你可以在以下文章中查看它的功能:

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在这篇文章中,我们将使用docker和 参数配置文件模版 这一新特性来运行IRIS集群且轻松配置好。

在 UNIX® 和 Linux 上,您可以使用声明式参数配置合并文件来修改默认的 iris.cpf。合并文件是一个部分 CPF,在实例启动时为任何数量的参数设置所需的值。CPF 合并操作对每个实例只起一次作用。

我们的集群架构非常简单,它将由一个主节点(Node1)和两个数据节点(检查所有可用角色)组成。不幸的是,docker-compose不能部署到几个服务器上(尽管它可以部署到远程主机上),所以这对本地开发分片的数据模型、测试等很有用。如果是生产的InterSystems IRIS集群部署,你应该使用ICM云管理器IKO K8S调度器

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· 五月 8, 2021 阅读大约需 5 分钟
InterSystems IRIS 上的 COVID-19 分析

大家好!

约翰·霍普金斯大学每天都会发布有关 COVID-19 疫情的新数据。

我在部署于 GCP Kubernetes 上的 docker 中使用 InterSystems IRIS Community Edition 构建了一个简单的 InterSystems IRIS Analytics 仪表板,可显示疾病爆发的关键指标。

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· 四月 18, 2021 阅读大约需 5 分钟
IRIS Docker的安装

IRIS相比Caché在部署上的一个进步是支持docker。即便不是云部署, 使用docker也带来非常多的便利。 尤其是在开发测试环节,由于docker的使用更便捷,除非要模拟客户的环境或者做规定的性能测试,我在测试中基本已经不再使用本机的实例或者虚机。IRIS的联机文档有详细的IRIS docker安装使用指导,本文只是一个简单的,快速上手的在测试环境安装IRIS docker的简单步骤,尤其适合初学者。

注意Windows上docker可能会遇到这样那样的问题,因此通常还是推荐在Linux或者Mac OS上使用。正式的生产环境的IRIS docker container也是不支持Windows系统的。

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· 一月 21, 2021 阅读大约需 3 分钟
InterSystems IRIS History Monitor仪表盘界面展示

大家好!

我想跟大家分享一个个人项目,该项目始于工作中的一个简单需求:“能否知道我们使用了多少个Caché许可证?”

在阅读社区的其他文章时,我发现了一篇David Loveluck写的非常棒的文章:APM——使用Caché History Monitor

我根据David的这篇文章,开始使用Caché History Monitor并显示所有这些信息。

在面临“选择哪种很酷的技术”这个问题时,我决定使用简单而强大的CSP,这样我的客户可以认识到Caché不仅仅是MUMPS/终端。

在创建了页面以显示许可、数据库增长和CSP会话的历史记录后,我决定为System Dashboard和进程页面创建一个新设计。

我的Caché实例运行得良好。

但是,如果使用IRIS呢?

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· 一月 15, 2021 阅读大约需 2 分钟
npm-iris概览

什么是npm-iris?

NPM是“No Project Mess(项目不乱)”的缩写。

NPM是使用Intersystems IRIS和Bootstrp 4建成的项目和任务管理应用程序。

NPM的创建初衷是通过一个简单直观的项目和任务管理软件,帮助开发者和小型商业公司降低日常问题的复杂度。

它能提供不同的任务视图,包括电子表格、看板、日历,甚至甘特图!

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你好,开发者!

你们中的许多人在 Open Exchange 和 Github 上发布了 InterSystems ObjectScript 库。

但对于开发者来说,如何简化项目的使用和协作呢?

在本文中,我想介绍一种简单方法,只需将一组标准文件复制到你的仓库中,就可以启动任何 ObjectScript 项目和对其做出贡献。

我们开始吧!

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· 一月 7, 2021 阅读大约需 20 分钟
使用 GitHub Actions 在 EKS 上部署 InterSystems IRIS 解决方案

假设你想了解 InterSystems 在数据分析方面能提供什么。 你研究了理论,现在想要进行一些实践。 幸运的是,InterSystems 提供了一个项目:Samples BI,其中包含了一些很好的示例。 从 README 文件开始,跳过任何与 Docker 相关的内容,直接进行分步安装。 启动虚拟实例 安装 IRIS,按照说明安装 Samples BI,然后用漂亮的图表和表格让老板眼前一亮。 到目前为止还不错。

但是不可避免地,你需要进行更改。

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这次我想谈一谈不专门针对 InterSystems IRIS 的东西,不过如果你想使用 Docker,并且你工作环境是安装了 Windows 10 专业版或企业版的 PC 或笔记本电脑,那么我认为这个很重要。

你可能知道,容器技术基本上来自于 Linux 世界,如今在 Linux 主机上发挥出最大潜能。 那些平常使用 Windows 的人会看到,Microsoft 和 Docker 在过去的几年做出了重要的努力,让我们可以在 Windows 系统上以非常简单的方式运行基于 Linux 映像的容器... 但是生产系统不支持这种方式,这是个大问题,如果我们要将持久性数据保留在主机系统中的容器之外,这样做非常不可靠... 这主要是由于 Windows 和 Linux 文件系统之间的巨大差异导致的。 最终,Docker for Windows 自身使用了一个小型 linux 虚拟机 (_MobiLinux) 来运行容器... 此操作对于 Windows 用户是透明的,而且效果完美,只要你不需要你的数据库比容器存活的时间更长...

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