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· 四月 13, 2021 阅读大约需 14 分钟
第二章 定义和构建索引(一)

第二章 定义和构建索引(一)

概述

索引是由持久类维护的结构,InterSystems IRIS®数据平台可以使用它来优化查询和其他操作。

可以在表中的字段值或类中的相应属性上定义索引。(还可以在多个字段/属性的组合值上定义索引。)。无论是使用SQL字段和表语法还是类属性语法定义相同的索引,都会创建相同的索引。当定义了某些类型的字段(属性)时,InterSystems IRIS会自动定义索引。可以在存储数据或可以可靠派生数据的任何字段上定义附加索引。InterSystems IRIS提供了几种类型的索引。可以为同一字段(属性)定义多个索引,为不同的目的提供不同类型的索引。

无论是使用SQL字段和表语法,还是使用类属性语法,只要对数据库执行数据插入、更新或删除操作,InterSystems IRIS就会填充和维护索引(默认情况下)。可以覆盖此默认值(通过使用%NOINDEX关键字)来快速更改数据,然后作为单独的操作生成或重新生成相应的索引。可以在用数据填充表之前定义索引。还可以为已经填充了数据的表定义索引,然后作为单独的操作填充(构建)索引。

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· 六月 12, 2023 阅读大约需 2 分钟
使用 Synthea 生成 FHIR 测试数据

文章相关视频参见Synthea生成FHIR测试数据,以及FHIR服务器加载FHIR资源文件

1. 什么是Synthea

Synthea是一个开源软件包,可以模拟生成患者就诊数据。他的github地址在这里

生成的就诊模版从最初的模拟美国前十种常见病、前十种慢性病到现今超过90种不同的模型。详细模型参见这里

基于当前版本,Synthea的特性包括:

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· 三月 12, 2021 阅读大约需 5 分钟
第九章 SQL查询数据库(一)

第九章 SQL查询数据库

查询类型

查询是执行数据检索并生成结果集的语句。查询可以包含以下任意项:
- 一个简单的SELECT语句,用于访问指定表或视图中的数据。
- 具有JOIN语法的SELECT语句,用于访问多个表或视图中的数据。
- 合并多个SELECT语句的结果的UNION语句。
- 使用SELECT语句为封闭的SELECT查询提供单个数据项的子查询。
- 在嵌入式SQL中,这是一个使用SQL游标通过FETCH语句访问多行数据的SELECT语句。

使用SELECT语句

SELECT语句从一个或多个表或视图中选择一行或多行数据。下面的示例显示了一个简单的SELECT

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以下步骤展示如何显示 /api/monitor 服务提供的指标列表示例。

在上个帖子中,我概述了以 Prometheus 格式显示 IRIS 指标的服务。 该贴介绍了如何在容器中设置和运行 IRIS 预览版 2019.4,然后列出了指标。


本帖假定您已安装 Docker。 如果未安装,现在就为您的平台安装吧 :)


步骤 1. 下载并运行 docker 形式的 IRIS 预览版

按照预览发行版的下载说明下载预览版许可证密钥IRIS Docker 映像。 例如,我选择了 InterSystems IRIS for Health 2019.4

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· 八月 17, 2023 阅读大约需 2 分钟
第一章 IRIS 编程简介

第一章 IRIS 编程简介

简介

IRIS 是一个高性能多模型数据平台,具有内置的通用编程语言 ObjectScript,以及对 Python 的内置支持。

IRIS 支持多进程并提供并发控制。每个进程都可以直接、高效地访问数据。

IRIS 中,可以根据喜好编写类、例程或它们的组合。在所有情况下,存储的数据最终都包含在称为全局变量的结构中。 IRIS 编程具有以下特点:
- 类和例程可以互换使用。
- 类和例程可以互相调用。
- 类提供面向对象的功能。
- 数据库存储已集成到 ObjectScriptPython 中。
- 类可以以简化编程的方式保存数据。如果使用持久类,数据可以同时作为对象、SQL 表和全局变量使用。
- 可以直接从类或例程访问全局变量,这意味着可以灵活地按照想要的方式存储和访问数据。

可以选择适合需求的方法。

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本文提供了一个参考架构,作为示例说明基于 InterSystems Technologies(适用于 CachéEnsembleHealthShareTrakCare 以及相关的嵌入式技术,例如 DeepSeeiKnowZen Zen Mojo)提供的强大性能和高可用性应用。
Azure 有两种用于创建和管理资源的不同部署模型:Azure Classic Azure Resource Manager 本文中的详细信息基于 Azure Resource Manager (ARM) 模型。

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· 九月 27, 2021 阅读大约需 34 分钟
IRIS 2021 技术文档 First Look 17 Globals
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· 三月 15, 2021 阅读大约需 1 分钟
JDBC 兼容性状态

JDBC 兼容性状态 **这是一篇 [InterSystems 常见问题解答网站](https://faq.intersystems.co.jp/)文章。

版本 2009.1 及更高版本与 JDBC 4.0 API 兼容。 有关详细信息,请查阅以下文档。 [关于 JDBC 支持](First Look: JDBC and InterSystems Databases - InterSystems IRIS Data Platform 2020.3
)

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· 二月 18, 2022 阅读大约需 6 分钟
SQL语句与数据模式(Select Mode)

在InterSystems IRIS和InterSystems Caché 里,是否您遇到过执行一个SQL Insert/Update语句,明明给的是正确的日期值,但被告知“值‘2022-01-01’ 校验失败”的类似情况,并感到困惑?

如果有,那么您需要了解一下InterSystems IRIS和InterSystems Caché保存和显示数据的模式。



一 数据模式

InterSystems IRIS和InterSystems Caché里,数据有3种模式,称之为SELECT MODE:
逻辑模式:这是数据被保存到InterSystems IRIS和InterSystems Cache'时的格式。例如,%Date类型的数据,在数据库里被保存为一个整数,即从1840年12月31号到这个日期的天数,而不是YYYY-MM-DD的格式。

ODBC模式:这是ODBC对数据定义的格式。在这个模式下,%Date类型的数据就会显示为YYYY-MM-DD的格式。

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· 三月 5, 2021 阅读大约需 9 分钟
第四章 SQL标识符

第四章 标识符

标识符

标识符是SQL实体的名称,例如表、视图、列(字段)、模式、表别名、列别名、索引、存储过程、触发器或其他SQL实体。
标识符名称在其上下文中必须是唯一的;
例如,同一模式中的两个表或同一表中的两个字段不能具有相同的名称。
但是,不同模式中的两个表或不同表中的两个字段可以具有相同的名称。
在大多数情况下,相同的标识符名称可以用于不同类型的SQL实体;
例如,一个模式、该模式中的表以及该表中的字段都可以具有相同的名称,而不会产生冲突。
但是,同一个模式中的表和视图不能具有相同的名称。

InterSystems IRIS®数据平台SQL标识符遵循一组命名约定,根据标识符的使用,这可能会受到进一步的限制。
标识符不区分大小写。

标识符可以是简单标识符,也可以是分隔符。
InterSystems SQL默认支持简单标识符和分隔标识符。

简单标识符

简单标识符有以下语法:

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痴呆症是一个重大的全球性问题,困扰着5400万人,到2050年这个数字将上升到1.3亿。由英国剑桥大学的学者创立的Cognetivity Neurosciences公司设计了一个尖端的解决方案,以帮助缓解全球痴呆症的流行。

根植于先进神经科学的简单解决方案

在出现临床症状之前的早期检测,为专家干预和改变生活方式打开了大门,可以减缓痴呆症的发展,提高生活质量。生活方式的改变有可能将症状的出现推迟五年,进而将普通人群中的痴呆症发病率降低50%。

Cognetivity Neurosciences的综合认知评估测试(ICA)是基于人类对动物刺激的强烈反应,以及健康的大脑在不到200毫秒内处理动物图像的能力。

ICA将基于云的人工智能和神经科学的进展结合起来,进行快速的动物/非动物视觉分类测试,目的是在记忆症状出现之前发现疾病的迹象。它涉及在阿尔茨海默症的前症状阶段受到影响的大脑区域,并检测出信息处理速度的细微损伤。

ICA基于云的敏捷性使临床医生和用户能够在熟悉的硬件上进行ICA测试,如iPad和智能手机,并在任何有互联网连接的地方进行。

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本文档将向您展示如何开发 REST 接口。您可以将这些 REST 接口与 UI 工具(如 Angular)一起使用,以提供对数据库和互操作性产品的访问。您也可以使用它们支持外部系统访问 InterSystems IRIS®数据平台应用程序。
要浏览所有的技术概要(First Look),包括可以在 InterSystems IRIS 免费的评估实例上执行的那些,请参见 InterSystems First Looks(《InterSystems 技术概要》)。

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(ECP) Caché 出色的可用性和扩展特性之一是企业缓存协议 (ECP)。 在应用程序开发过程中,如对使用 ECP 的分布式处理加以考虑,可以横向扩展 Caché 应用程序的架构。 应用程序处理可以调整为非常高的速率,处理能力从单个应用程序服务器扩展到最多 255 个应用程序服务器,并且不需要任何应用程序更改。

在我参与的 TrakCare 部署中,ECP 已广泛使用多年。 十年前,主要供应商之一的一台“大型”x86 服务器可能总共只有八个核心。 对于大型部署来说,ECP 是横向扩展商业服务器处理能力的方式,不适合单台昂贵的大型企业服务器。 即使是高核心数的企业服务器也有限制,因此 ECP 也用于扩展这些服务器上的部署。

如今,大多数的新 TrakCare 部署或升级到当前硬件不需要 ECP 即可扩展。 目前的双插槽 x86 生产服务器可以拥有数十个核心和巨大容量的内存。 我们看到,在最近的 Caché 版本中,TrakCare 以及许多其他 Caché 应用程序具有可预测的线性扩展能力,能够随着单台服务器中 CPU 核心数量和内存的增加而支持逐渐增多的用户和事务。 在现场,我看到大多数的新部署都是虚拟化的,即使如此,虚拟机也可以根据需要扩展到主机服务器的规模。 如果资源需求超过单个物理主机可以提供的资源,则使用 ECP 进行横向扩展。

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· 八月 19, 2022 阅读大约需 5 分钟
第六章 配置命名空间(一)

第六章 配置命名空间(一)

命名空间是虚拟工作空间中的数据和程序的集合。在命名空间中,可以定义各种组或人员需要的全局变量Global。例如,如果审计部门需要使用存在于不同系统或不同目录中的某些全局变量Global,可以设置一个单一的命名空间来引用网络上的所有会计全局变量和数据库。

IRIS 带有以下预定义的命名空间:

  • %SYS — 系统管理信息和实用程序。
    -USER — 安装时为空。通常用于应用程序开发。

可以在管理门户的命名空间页面上执行以下过程来配置命名空间,可以通过在主页上依次选择系统管理、配置、系统配置和命名空间来导航到该页面:

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· 三月 17, 2021 阅读大约需 9 分钟
第十二章 使用嵌入式SQL(一)

第十二章 使用嵌入式SQL(一)

可以将SQL语句嵌入InterSystemsIRIS®数据平台使用的ObjectScript代码中。这些嵌入式SQL语句在运行时转换为优化的可执行代码。

嵌入式SQL有两种:

  • 一个简单的嵌入式SQL查询只能返回单行中的值。简单嵌入式SQL还可以用于单行插入,更新和删除以及其他SQL操作。
  • 基于游标的嵌入式SQL查询可以遍历查询结果集,并从多行中返回值。基于游标的嵌入式SQL也可以用于多行更新和删除SQL操作。

注意:嵌入式SQL不能输入到Terminal命令行,也不能在XECUTE语句中指定。要从命令行执行SQL,请使用$SYSTEM.SQL.Execute()方法或SQL Shell接口。

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· 四月 13, 2022 阅读大约需 7 分钟
用Globals 作为图数据库来存储和抽取图结构数据

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这篇文章是对我的  iris-globals-graphDB 应用的介绍。
在这篇文章中,我将演示如何在Python Flask Web 框架和PYVIS交互式网络可视化库的帮助下,将图形数据保存和抽取到InterSystems Globals中。

建议

 

第一步 : 通过使用Python 原生SDK建立与IRIS Globals的链接

 #create and establish connection
  if not self.iris_connection:
         self.iris_connection = irisnative.createConnection("localhost", 1972, "USER", "superuser", "SYS")
                                     
  # Create an iris object
  self.iris_native = irisnative.createIris(self.iris_connection)
  return self.iris_native

 

第二步 : 使用 iris_native.set( ) 功能把数据保存到Globals 里     

#import nodes data from csv file
isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1nodes")
if isdefined == 0:
    with open("/opt/irisapp/misc/g1nodes.csv", newline='') as csvfile:

 reader = csv.DictReader(csvfile)
 for row in reader:
    self.iris_native.set(row["name"], "^g1nodes", row["id"])

 #import edges data from csv file
 isdefined = self.iris_native.isDefined("^g1edges")
 if isdefined == 0:
    with open("/opt/irisapp/misc/g1edges.csv", newline='') as csvfile:
 reader = csv.DictReader(csvfile)
 counter = 0                
 for row in reader:
    counter = counter + 1
    #Save data to globals
    self.iris_native.set(row["source"]+'-'+row["target"], "^g1edges", counter)  

 

第三步: 使用iris_native.get() 功能把节点和边缘数据从Globals传递给PYVIS

 #Get nodes data for basic graph    
  def get_g1nodes(self):
        iris = self.get_iris_native()
        leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1nodes")
        result = []
        # Iterate over all nodes forwards
        for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
            #Get data from globals
            val = iris.get("^g1nodes",level1_subscript)
            element = {"id": level1_subscript, "label": val, "shape":"circle"}
            result.append(element)            
        return result

    #Get edges data for basic graph  
    def get_g1edges(self):
        iris = self.get_iris_native()
        leverl1_subscript_iter = iris.iterator("^g1edges")
        result = []
        # Iterate over all nodes forwards
        for level1_subscript, level1_value in leverl1_subscript_iter:
            #Get data from globals
            val = iris.get("^g1edges",level1_subscript)
            element = {"from": int(val.rpartition('-')[0]), "to": int(val.rpartition('-')[2])}
            result.append(element)            
        return result

 

Step4: Use PYVIS Javascript to generate graph data

<script type="text/javascript">
    // initialize global variables.
    var edges;
    var nodes;
    var network;
    var container;
    var options, data;
  
    // This method is responsible for drawing the graph, returns the drawn network
    function drawGraph() {
        var container = document.getElementById('mynetwork');
        let node = JSON.parse('{{ nodes | tojson }}');
        let edge = JSON.parse('{{ edges | tojson }}');
     
        // parsing and collecting nodes and edges from the python
        nodes = new vis.DataSet(node);
        edges = new vis.DataSet(edge);

        // adding nodes and edges to the graph
        data = {nodes: nodes, edges: edges};

        var options = {
            "configure": {
                "enabled": true,
                "filter": [
                "physics","nodes"
            ]
            },
            "nodes": {
                "color": {
                  "border": "rgba(233,180,56,1)",
                  "background": "rgba(252,175,41,1)",
                  "highlight": {
                    "border": "rgba(38,137,233,1)",
                    "background": "rgba(40,138,255,1)"
                  },
                  "hover": {
                    "border": "rgba(42,127,233,1)",
                    "background": "rgba(42,126,255,1)"
                 }
                },

                "font": {
                  "color": "rgba(255,255,255,1)"
                }
              },
            "edges": {
                "color": {
                    "inherit": true
                },
                "smooth": {
                    "enabled": false,
                    "type": "continuous"
                }
            },
            "interaction": {
                "dragNodes": true,
                "hideEdgesOnDrag": false,
                "hideNodesOnDrag": false,
                "navigationButtons": true,
                "hover": true
            },

            "physics": {
                "barnesHut": {
                    "avoidOverlap": 0,
                    "centralGravity": 0.3,
                    "damping": 0.09,
                    "gravitationalConstant": -80000,
                    "springConstant": 0.001,
                    "springLength": 250
                },

                "enabled": true,
                "stabilization": {
                    "enabled": true,
                    "fit": true,
                    "iterations": 1000,
                    "onlyDynamicEdges": false,
                    "updateInterval": 50
                }
            }
        }
        // if this network requires displaying the configure window,
        // put it in its div
        options.configure["container"] = document.getElementById("config");
        network = new vis.Network(container, data, options);
        return network;
    }
    drawGraph();
</script>

 

第五步: 从app.py 主文件调用上面的代码

#Mian route. (index)
@app.route("/")
def index():
    #Establish connection and import data to globals
    irisglobal = IRISGLOBAL()
    irisglobal.import_g1_nodes_edges()
    irisglobal.import_g2_nodes_edges()

    #getting nodes data from globals
    nodes = irisglobal.get_g1nodes()
    #getting edges data from globals
    edges = irisglobal.get_g1edges()

    #To display graph with configuration
    pyvis = True
    return render_template('index.html', nodes = nodes,edges=edges,pyvis=pyvis)    

下面是关于此项目的 介绍视频:

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2021年9月13日,中国 北京—— 致力于帮助客户解决最关键的可扩展性、互操作性和速度问题的创新数据技术提供商InterSystems今日宣布在中国推出InterSystems IRIS医疗版互联互通套件,以满足医院信息化建设的标准化要求,促进业务协同,助力公立医院高效建设互联互通平台。

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· 五月 12, 2021 阅读大约需 15 分钟
InterSystems 数据平台和性能 - 第 4 篇 - 关注内存

本帖将展示为 InterSystems 数据平台上运行的数据库应用调整共享内存需求(包括 global 和例程缓冲区、gmheap 以及 locksize)的方法,以及在配置服务器和虚拟化 Caché 应用程序时应考虑的一些性能提示。 和以往一样,当我谈到 Caché 时,我指的是所有数据平台(Ensemble、HealthShare、iKnow 和 Caché)。


本系列其他帖子的列表


当我最初开始使用 Caché 时,大多数客户的操作系统是 32 位的,Caché 应用程序的内存有限且昂贵。 通常部署的英特尔服务器只有几个核心,唯一的扩展方式是选择大型服务器,或者使用 ECP 横向扩展。 现在,即使是基本的生产级服务器也具有多个处理器、几十个核心,并且最小内存为 128 或 256 GB,可能达到 TB。 对于大多数数据库安装,ECP 已被遗忘,我们现在可以在单台服务器上大幅提高应用事务处理速率。

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· 三月 6, 2021 阅读大约需 16 分钟
第五章 SQL定义表(一)

第五章 SQL定义表

表名称和架构名称

可以通过定义表(使用CREATE TABLE)或通过定义投影到表的持久类来创建表:

  • DDL:InterSystemsIRIS®数据平台使用CREATE TABLE中指定的表名来生成相应的持久类名,并使用指定的架构名来生成相应的包名。
  • 类定义:InterSystemsIRIS®数据平台使用持久类名称来生成对应的表名,并使用包名称来生成对应的模式名。

由于以下原因,这两个名字之间的对应关系可能不相同:

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· 五月 9, 2023 阅读大约需 5 分钟
接收从 PACS 到 IRIS for Health 的 DICOM 消息

在上一篇文章中,我们看到了如何捕获位于我们服务器上一个文件夹中的DICOM类型的文件,以及如何将它们发送到PACS软件(在我们的案例中是ORTHANC开源解决方案)进行存储和咨询。那么,在这篇文章中,我们要处理的是相反的动作。

在我们的例子中,我们将配置我们的IRIS for Health Prodcution,以接收从我们的PACS通过TCP/IP发送的图像。要做到这一点,我们必须包括一个标准EnsLib.DICOM.Service.TCP类的业务服务,它将允许我们配置接收端。让我们来看看这个配置:

如您所见,我们已经声明了将监听的端口,通过该端口将接收从 PACS 发送的图像。我们还配置了本地 AET (Application Entity Title,应用实体名称)(IRIS) 和将向我们发送 DICOM (ORTHANC) 的 PACS,请记住这些字段是强制性的,并且将用于检查发送和接收 DICOM 消息的有效性。不要忘记必须从 DICOM 设置菜单配置和关联两个 AET:

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· 四月 1, 2021 阅读大约需 7 分钟
第十四章 使用SQL Shell界面(三)

第十四章 使用SQL Shell界面(三)

SQL元数据、查询计划和性能指标

显示元数据

SQL Shell支持MMetadata命令以显示有关当前查询的元数据信息。

对于每个结果集项目,此命令列出以下元数据:列名称(SQL字段名称),键入(ODBC数据类型整数代码),PRE(精度或最大长度),比例(最大分数数字),NULL(BOOLEAN:1 = NULL允许,0 =不允许空值),标签(标题标签,请参阅列别名),表(SQL表名称),架构(架构名称),CTYPE(客户端数据类型,请参阅%SQL.statementColumn ClientType属性)。

SHOW STATEMENT

可以执行查询,然后发出show语句或显示st以显示准备好的SQL语句。默认情况下,必须执行查询。可以避免通过设置executemode =延迟执行查询,从而发出查询,然后发出show语句sql shell命令。

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· 十二月 22, 2021 阅读大约需 5 分钟
使用内置REST API监控InterSystems IRIS

IRIS 2019.4 预览版中发布了/api/monitor服务,以Prometheus格式展示IRIS指标,但没有正式公布。对于任何想要使用IRIS指标作为其监控和警报解决方案的一部分的人来说,这是一个大新闻。该API是新的IRIS 系统警报和监控(SAM)解决方案的一个组成部分,将在IRIS的一个即将到来的版本中发布。

然而,你不必等待SAM开始规划和试用这个API来监控你的IRIS实例。在未来的文章中,我将深入挖掘可用的指标和它们的含义,并提供交互式仪表盘的例子。但首先,让我从一些背景和一些问题和答案开始。

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